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Sommaire

• 1 Introduction
• 2 Requis biologique
• 3 Cartographie
  • 3.1 Cartes génétiques
  • 3.2 Cartographie physique
    • 3.2.1 Cartes de restriction par digestion enzymatique
  • 3.3 Cartographie basée sur les fragments chevauchants
• 4 Analyse structurale
  • 4.1 Détermination et visualisation de structures d'ARN
    • 4.1.1 Détermination de structures secondaires d'ARN
    • 4.1.2 Visualisation de structures secondaires d'ARN
    • 4.1.3 Détermination de structures tertiaires d'ARN
      • Détermination d'un modèle atomique :
      • Détermination d'un modèle consensus :
  • 4.2 Détermination de structures de protéines
    • 4.2.1 Détermination de structures de protéines par analyse de spectres RMN
    • 4.2.2 Détermination des topologies des structures
• 5 Planification d'expériences
• 6 Conclusion
  • Nature des données :
  • Nature des requêtes :
• Références

Abstract:

A basic goal of many experiments in molecular biology is to accumulate, with a minimum of effort, sufficient information concerning an object so that its biologically interesting features can be determined unambiguously. Very often, the data collected from a series of experiments form a fragmentary picture with information of different kinds tainted with errors and uncertainties as to the state of a biological object (a DNA or RNA molecule, a protein...), from which it is desirable to determine features (the sequence of a RNA, the tertiary structure of a molecule...). In this article, several ``classical'' mathematical problems for which methods of artificial intelligence have been used, particularly the framework of constraint satisfaction problems (CSP), are considered and analyzed : physical and genetic mapping ; determination and visualization of molecule structures (RNA, proteins) ; experiment planning (peptide synthesis...). Finally, further developments which could contribute to an improved solving of these problems are discussed.

MOTS-CLéS : Satisfaction de contraintes, biologie moléculaire.
KEY WORDS : Constraint satisfaction, molecular biology.

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