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L'objectif final de l' analyse structurale est d'appréhender les relations entre la structure d'une molécule et sa fonction. Or, la fonction biologique d'une molécule est intimement liée à l'arrangement spatial des atomes entre eux et la seule connaissance de la composition en nucléotides (ARN) ou en acides aminés (protéines) est loin d'être suffisante. Il faut donc d'abord construire, proposer un modèle structural spatial de la macromolécule étudiée qui soit en accord avec l'ensemble des données disponibles sur cette molécule. Ces données ne sont pas les mêmes, qu'il s'agisse de protéines ou d'ARN car ces molécules n'ont pas les mêmes propriétés et ne peuvent pas être explorées avec les mêmes outils biologiques. Pour chacune de ces molécules, plusieurs étapes sont nécessaires avant d'obtenir un modèle structural satisfaisant.
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