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La complexité liée à l'élaboration d'un modèle tridimensionnel d'une molécule d'ARN a pour conséquence une hiérarchisation dans le processus de détermination de ce modèle. À partir de la séquence, le repliement en structure secondaire est d'abord recherché. La détermination d'une structure tertiaire s'appuie ensuite sur l'existence de données expérimentales et des motifs structuraux secondaires.
Des systèmes utilisant le cadre CSP comme outil de représentation et de résolution tout au long du processus de détermination d'un modèle structural d'ARN ont été développés pour traiter les problèmes suivants : détermination de structures secondaires [ Gas 94] ; visualisation de structures secondaires [ Mul 93] ; détermination d'une structure tertiaire [ Maj 91, Alt 94].
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