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Détermination d'un modèle atomique :

Dans MC-SYM [ Maj 91], les auteurs s'appuient sur la structure secondaire et les données expérimentales pour spécifier les propriétés du modèle tridimensionnel recherché. La formulation dans le cadre CSP peut se décrire comme suit :

variables :

à chaque nucléotide est associée une variable ;

valeurs :

ce sont les conformations spatiales autorisées du nucléotide ; sachant qu'une telle conformation est liée à sept angles de rotation (définissant ainsi un très grand nombre de conformations possibles), les auteurs proposent de calculer un domaine restreint de valeurs en s'appuyant sur un ensemble statistiquement établi de conformations spatiales (atomiques) connues ;

contraintes :

un indicateur conformationnel, associé à chaque nucléotide, décrit les relations spatiales entre ce nucléotide et les autres ; c'est un moyen d'incorporer des données spécifiques à la molécule étudiée ; à chaque indicateur est associée une fonction permettant de générer les valeurs possibles de la variable associée au nucléotide (les contraintes unaires sont encodées dans ce descripteur, en quelque sorte) ; les autres contraintes se ramènent à des contraintes de distances (égalités/inégalités) ; par exemple, contrainte de distance pour une boucle << d'épingle à cheveux >> à 3 nucléotides (, , ) qui doit fermer sur sa base d'hélice.

Cette approche est encore limitée à des séquences de petite taille et l'importance de la connaissance des interactions 3D y est cruciale pour obtenir des modèles << faisables >> et corrects.