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3.2 Cartographie physique

La cartographie physique a pour objectif de localiser, à l'aide de mesures physiques (exprimées en nombre de bases) les distances séparant des << repères >> chromosomiques : sites de restriction, gènes, marqueurs... Elle constitue bien souvent un pré-requis pour l'ingénierie génétique. Finalement elle fournira la séquence du génome étudié. On peut noter ici que pour des raisons techniques, la séquence entière d'un génome ne peut être obtenue que par découpage en fragments de l'ADN correspondant.

Plusieurs stratégies sont possibles pour construire la carte physique d'un génome. Nous en détaillerons deux qui ont fait l'objet de développements dans le cadre des systèmes à propagation de contraintes. Toutes deux s'appuient sur le découpage de l'ADN en fragments. Selon la manière dont ce découpage est réalisé, on cherchera à construire une carte de restriction ou bien une carte de fragments chevauchants.

• 3.2.1 Cartes de restriction par digestion enzymatique