Computer science / Optimization
- Modèles et algorithmes pour les problèmes d'optimisation complexes de l'IA
Master 2 informatique, Université Paul Sabatier, Toulouse, France.
Avec M. Cooper, S. de Givry et H. Fargier. - Modèles, algorithmes de branchement
- Production de conséquences
- Complexité
- Classes polynomiales
- Simplification, Filtrage
- Méthodes hybrides
- Méta-heuristiques
- Choco 2.1.5 (JAR)
- La doc de Choco 2.1.5
- Des squelettes de programmes Choco pour démarrer le TP (cliquer sur le numéro de version, dans la colonne "Rev" pour télécharger)
- Examens et corrigés (cliquer dans la colonne "Rev" pour récupérer chaque document).
- Modèles probabilistes et algorithmes pour la bio-informatique
Master 2 informatique, Université Paul Sabatier, Toulouse, France.
Avec S. de Givry et T. Faraut. - Modèle probabiliste
- Chaînes de Markov
- Chaînes de Markov cachées
- HMM et applications avec ses exercices et les sources Python qui vont avec (MarkovModel.py et test_HMM.py).
- Champs de Markov, message passing et protéines
- Réseaux Bayésiens - Introduction
- Réseaux Bayésiens - Inférence
- Réseaux bayésiens - Estimation
- Exercices (cliquer dans la colonne "Rev" pour récupérer chaque document).
- Examens et corrigés (cliquer dans la colonne "Rev" pour récupérer chaque document).
- Non utilisé: Introduction Bioinfo: cartographie génétique
- Non utilisé: Introduction Bioinfo: alignement de séquences
- Graphes et algorithmes
ISAE, Toulouse, France.
Avec S. de Givry et G. Katsirelos.
Bioinformatics / Génomique et Génétique
- Cartographie génétique et physique
Master 1 MABS, Université Paul Sabatier, Toulouse, France. - Copie des transparents
- Un livre sur le sujet et un autre (plus général).
- Le TD de marqueurs et cartographie en PDF
- Le corrigé du TD en PDF
- Le texte PDF du TP Marqueurs et cartographie
- Les fichiers de données: bm4zb.cg, bs4zb.cg, rh02_dog.cg, order02_human.cg,
- Publication Zeng et al, 2000.
- Les fichiers de configuration CarthaGene qui peuvent manquer lors d'une installation. A copier à la racine de votre "home directory" (à l'UPS, sous Windows, dans le répertoire Z:\). carthagenerc.tcl, cgwopt, cgwdefalgo (sous Windows, attention de ne pas ajouter l'extension ".txt" : ouvrir les fichiers avec Firefpx, puis clic-droit "Enregistrer sous" avec le type "Tous les fichiers").
- Annotation structurelle
Master 2 MABS, Université Paul Sabatier, Toulouse, France. - Copie des transparents