Offre de poste à la mobilité : Ingénieur-e workflow pour la génomique

La plate-forme bio-informatique Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr) est une équipe de l’Unité de Mathématiques et Informatique d’INRAE Toulouse (MIAT). L’unité MIAT développe des recherches en mathématiques, informatique et statistique motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l’environnement. L’unité poursuit une double ambition de production disciplinaire sur ses domaines de compétences et de production finalisée en construisant des projets et en collaboration avec des partenaires des disciplines finalisées. Ces recherches s’accompagnent d’une activité de production de logiciels pour leur valorisation et d’une activité de formation pour leur diffusion.

L’unité comporte actuellement deux équipes de recherche (SCIDyn - Simulation, Contrôle et Inférence de Dynamiques Agro-environnementales et Biologiques - et SaAB - Statistiques et Algorithmique pour la Biologie -) et trois équipes de service (Plateformes Bioinfo GENOTOUL, RECORD et SIGEN@E).

La plateforme Bioinfo GENOTOUL travaille sur les applications de la génomique et de la transcriptomique. Elle a contribué à l’assemblage et l’annotation de nombreux génomes notamment dans le cadre du projet SeqOccIn pour des espèces d’intérêt dans INRAE (Aeschynomene evenia (https://doi.org/10.1038/s41467-021-21094-7 ), Ganoderma boninense (doi: 10.1016/j.funbio.2017.01.001), la tomate (https://doi.org/10.1038/nature11119 ), SeqOccin (https://get.genotoul.fr/seqoccin/ ). La plateforme développe et maintient des workflows qui s’enrichissent et évoluent pour prendre en considération de nouvelles applications ou spécificités liées aux projets menés en collaboration. Ces projets peuvent notamment concerner les problématiques d’assemblage et d’annotation de métagénomes et de génomes eucaryotes complexes ou encore l’analyse de petits ARNs (Acide RiboNucléique).

L’équipe est impliquée dans plusieurs projets ambitieux nécessitant “d’industrialiser” certains traitements pour répondre aux besoins d’analyses à haut débit. Parmi ceux-ci, on peut mentionner le projet BReIF - projet cible du PEPR (Programme et Équipement Prioritaires de Recherche) “Agroécologie & Numérique” - sur les questions d’assemblage, d’annotation et de génération de pan-génomes eucaryotes, le projet ABRomics du PPR (Programme Prioritaire de Recherche) “Antibiorésistance” sur les questions d’assemblage et d’annotation de métagénomes et de compositions taxonomiques et fonctionnelles des milieux étudiés, le projet MuDiS4LS (PIA3 Equipex+) sur les questions de gestion de données durant leur valorisation.

Vos missions consisteront à faire évoluer et mettre à jours les workflows en production, ainsi qu’à en développer de nouveaux. Vous respecterez les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) : vous utiliserez un gestionnaire de workflow couplé à des containers permettant sa reproductibilité sur une autre infrastructure de calcul. Vous diffuserez le code, la documentation d’installation et d’utilisation, les containers et des exemples de configuration auprès de la communauté via une forge logicielle (forgemia). Vous pourrez participer à la construction et à la mise en oeuvre de cycles d’apprentissage à destination des biologistes que nous organisons pour leur apprendre à utiliser les outils que nous mettons à disposition.

L’équipe Genotoul Bioinfo travaille en collaboration avec les chercheurs de l’équipe SaAB, d’autres plates-formes (comme Sigenae, Migale ou GeT-PlaGe), et est membre de différentes infrastructures de recherche (BioinfOmics dans INRAE, Institut Français de Bioinformatique et France Génomique au plan national) ainsi que du GIS (Groupement d’Intérêt Scientifique) GenoToul en région. Vous aurez, donc, l’opportunité de vous intégrer dans ces collectifs. En particulier, ce poste ouvrant droit à la prime informatique, vous contribuerez au CATI (Centre Automatisé du Traitement de l’Information) BIOS4biol (BIOinformatics and Statistics FOR biology).

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d’attribution de ladite prime. Vous contribuerez au CATI (Centre Automatisé du Traitement de l’Information) BIOS4biol (BIOinformatics and Statistics FOR biology).

Information pratiques:

• Lieu d’accueil : INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan
• Date de début : entre le 1er février 2024 et le 1er septembre 2024
• Modalités pour postuler : lien url

Document important à lire avant de postuler : Guide du candidat