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Élise Maigné (2024). SK8 : Pour des applications shiny qui se déploient comment sur des roulettes. Rencontres R 2024.

Article de conférence

David Benaben, Christophe Blanchet, Matéo Boudet, Guillaume Brysbaert, Anthony Bretaudeau, Micaël Calvas, Nicole Charriere, Stéphane Delmotte, Hervé Gilquin, Nadia Goué, Jean-François Guillaume, Jean-Christophe Haessig, Didier Laborie, Arthur Le Bars, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler, Jérôme Pansanel, Guillaume Seith, Bruno Spataro, Cyrille Toulet (2024). Services deployed on the IFB National Network of Computing Resources (NNCR). JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques.

Poster

Noémien Maillard, Juliette Riquet, Katia Feve, Raphaël Mourad, Julie Demars (2024). Prioritize Regulating Variants in a Quantitative Trait Locus (QTL). Journée Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques.

Poster

E. Laclef, Eliel González García, Nathalie Debus, Patrick Taillandier, C. de Boissieu, E. Morin, Amandine Lurette (2024). Inseminate without hormonal treatment in dairy sheep farms: exploring the consequences on the sustainability of several contrasted production systems. Animal.

Article de revue

Aurélie Mercadié, Eleonore Gravier, Gwendal Josse, Nathalie Vialaneix, Céline Brouard (2024). Utilisation de la NMF supervisée intégrative pour l'étude d'altérations de la peau. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Nathalie Vialaneix (2024). Réseaux de gènes : inférence, évaluation, utilisation et au-delà. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Élise Jorge, Pierre Neuvial, Nathalie Vialaneix, Sylvain Foissac (2024). Procédure de test hiérarchique pour l'analyse différentielle de données Hi-C. Journées de statistique de la SFdS.

Article de conférence

Frédérick Garcia, Aurelie Javelle (2024). Du soin à l'assujettissement : utilisation d'un dispositif sonore en productions végétales. New perspectives in plant ethics.

Article de conférence

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Deep reinforcement learning for controlled piecewise deterministic Markov process in cancer treatment follow-up. 55ièmes Journées de Statistique.

Article de conférence

Samuel Buchet, David Allouche, Simon de Givry, Thomas Schiex (2024). Bi-Objective Discrete Graphical Model Optimization. The 21st International Conference on the Integration of Constraint Programming, Artificial Intelligence, and Operations Research.

Article de conférence

Tania Malonga, Nathalie Vialaneix, Martin Beaumont (2024). BEST4 + cells in the intestinal epithelium. American Journal of Physiology - Cell Physiology.

Article de revue

Céline Vandecasteele, Paul Terzian, Joanna Lledo, Rémy-Félix Serre, Jules Sabban, Claire Kuchly, Frédérique Pitel, Sophie Leroux, Julie Demars, Christine Gaspin, Denis Milan, Carole Iampietro, Christophe Klopp, Cécile Donnadieu (2024). Benchmarking of sequencing technologies for~CpG~methylation detection: applications to quail and pig. London Calling 2024.

Poster

Camille Guilmineau, Rémi Servien, Marie Tremblay-Franco, Nathalie Vialaneix (2024). Analyse différentielle longitudinale des voies métaboliques. 55e Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Jeong Hwan Ko, Andrea Rau, Nathalie Vialaneix (2024). Analyse de la spécificité des associations génétiques dans les études multi-population. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Benoîte de Saporta, Alice Cleynen, Orlane Rossini, Régis Sabbadin, Amélie Vernay, Aymar Thierry d'Argenlieu (2024). Stochastic control for medical treatment optimization. Journées de lancement de la fédération OcciMath.

Article de conférence

Jean-Marc Azaïs, Federico Dalmao, Céline Delmas (2024). Multivariate CLT for critical points.

Preprint

Julie Demars, Jean-Noël Hubert, Nathalie Iannuccelli, Sophie Leroux, Céline Vandecasteele, Paul Terzian, Thomas Faraut, Christophe Klopp, Cécile Donnadieu (2024). Genomic imprinting in livestock species -Challenges of long reads sequencing from ONT. Advances in Genome Biology and Technology (AGBT).

Poster

Céline Brouard, Raphaël Mourad, Nathalie Vialaneix (2024). Should we really use graph neural networks for transcriptomic prediction?. Briefings in Bioinformatics.

Article de revue

Tania Malonga, Christelle Knudsen, Emeline Lhuillier, Patrick Aymard, Elodie Riant, Cédric Cabau, Nathalie Vialaneix, Martin Beaumont (2024). La transcriptomique en cellule unique révèle les processus de maturation induits dans chaque type de cellule épithéliale intestinale lors de l'introduction de l'alimentation solide. CECED 2024.

Article de conférence

Sarah A Naudin, Aude A Ferran, Pedro Henrique Imazaki, Nathalie Arpaillange, Camille Marcuzzo, Maïna Vienne, Sofia Demmou, Alain Bousquet-Mélou, Felipe Ramon-Portugal, Marlene Z Lacroix, Claire Hoede, Maialen Barret, Véronique Dupouy, Delphine Bibbal (2024). Development of an in vitro biofilm model for the study of the impact of fluoroquinolones on sewer biofilm microbiota. Frontiers in Microbiology.

Article de revue

Patrick Jacques, Sarah Maman, Régis Debruyne, Brice Ephrem, Aurélie Manicki, Christophe Klopp, Myriam Sternberg, Gaston Rognon, Léonard Ransan, Chloé Bellanger, Joëlle Chat, Philippe Béarez, Natacha Nikolic (2024). Decoding ancient genomes: Genomics approaches and innovative species recognition pipeline for diadromous fish. The 20th Portugaliæ Genetica: DNA - Ancient and New (21-22 March 2024).

Poster

Cleynen Alice, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2024). Contrôle dynamique stochastique : une approche à base demodèles semi-Markov. 10èmes Rencontres des Jeunes Statistien.ne.s.

Article de conférence

Patrick Taillandier, Kevin Chapuis, Benoit Gaudou, Arthur Brugière, Alexis Drogoul (2024). COMOKIT v2: A multi-scale approach to modeling and simulating epidemic control policies. PLoS ONE.

Article de revue

S. S. Prasanna Maddila, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Anti-Poaching as a Partially Observable Stochastic Game. 25ème édition du congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision ROADEF 2024.

Article de conférence

Pierre Neuvial, Nathanael Randriamihamison, Marie Chavent, Sylvain Foissac, Nathalie Vialaneix (2024). A two-sample tree-based test for hierarchically organized genomic signals. Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics.

Article de revue

Sonia Eynard, Christophe Klopp, Kamila Canale-Tabet, William Marande, Céline Vandecasteele, Céline Roques, Cécile Donnadieu, Quentin Boone, Bertrand Servin, Alain Vignal (2024). The black honey bee genome: insights on specific structural elements and a first step towards pan-genomes.

Preprint

Noémien Maillard, Juliette Riquet, Katia Feve, Julie Demars, Raphaël Mourad (2024). Cross-species use of neural networks to improve pig genome annotation -a proof of concept. Environmental and Agronomical Genomics.

Poster

Nina Marthe (2024). Transfert d'annotation dans des graphes de pangénome. Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique.

Poster

Didier Aurelle, Anne Haguenauer, Chloé Blaise, Lauric Reynes, Sophie Arnaud-Haond, Joana Boavida, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Tomas Lundalv, Camille Noûs, Stéphane Sartoretto, Claudia Wienberg, Carlos Jiménez, Covadonga Orejas (2024). On the specific status of eastern Mediterranean Dendrophyllia corals (Cnidaria, Anthozoa): Genetic characterization and speciation scenarios. Zoologica Scripta.

Article de revue

Benoîte de Saporta, Aymar Thierry d'Argenlieu, Régis Sabbadin, Alice Cleynen (2024). Medical follow-up optimization: A Monte-Carlo planning strategy.

Preprint

Tamara Ben-Ari, Gaëlle Lefort, Jérôme Mariette, Olivier Aumont, Laurent Jeanneau, Alexandre Santerne, Aymeric Spiga, Philippe-E Roche (2024). Flight quotas outperform focused mitigation strategies in reducing the carbon footprint of academic travel. Environmental Research Letters.

Article de revue

Fabien Degalez, Mathieu Charles, Sylvain Foissac, Haijuan Zhou, Dailu Guan, Lingzhao Fang, Christophe Klopp, Coralie Allain, Laetitia Lagoutte, Frédéric Lecerf, Hervé Acloque, Elisabetta Giuffra, Frédérique Pitel, Sandrine Lagarrigue (2024). Enriched atlas of lncRNA and protein-coding genes for the GRCg7b chicken assembly and its functional annotation across 47 tissues. Scientific Reports.

Article de revue

Mohamed Anwar Abouabdallah, Olivier Coulaud, Nathalie Peyrard, Alain Franc (2024). Computing WSBM marginals with Tensor-Train decomposition.

Preprint

Slim Ben-Jemaa, Gabriele Adam, Mekki Boussaha, Philippe Bardou, Christophe C. Klopp, Nathalie Mandonnet, Michel Naves (2023). Whole genome sequencing reveals signals of adaptive admixture in Creole cattle. Scientific Reports.

Article de revue

Nathalie Rousse, Simon de Givry (2023). Requêtes d'optimisation déportées : utilisation du solveur toulbar2 par services web.

Rapport

Pierre Montalbano (2023). Linear constraints and conflict-free learning for graphical models.

Thèse

Fabio Lilliu, Diego Reforgiato Recupero, Meritxell Vinyals, Roman Denysiuk (2023). Incentive mechanisms for the secure integration of renewable energy in local communities: A game-theoretic approach. Sustainable Energy, Grids and Networks.

Article de revue

Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche (2023). Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome. Microbiome.

Article de revue

Valentin Durante (2023). Convex Optimization for Discrete Graphical Models.

Thèse

Nina Marthe (2023). Annotation transfer in pangenome graphs. XI JORNADES DE BIOINFORMÀTICA I GENÒMICA.

Poster

Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias ZYTNICKI, Claire Lemaitre, Thomas Faraut (2023). Towards an edit distance between pangenome graphs. SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques.

Article de conférence

Anne-Isabelle Graux, Alice Cadero, Samuel Buis, Eric Casellas, Marie-Laure Decau, Patrice Lecharpentier, Frédérique Louault, Strullu Loïc, Francoise Vertès, Fabien Ferchaud (2023). STICS ability to simulate long-term soil organic matter dynamics in crop-grassland rotations. XIII STICS Seminar.

Article de conférence

Anne-Isabelle Graux, Patrick Chabrier, Eric Casellas, Klervi Le-Floch, Patrice Lecharpentier, Renan Le Roux, Fabien Ferchaud (2023). Evolution under climate change of the resilience of the services provided by the cultivated areas of the Pays de Fougères. XIII STICS Seminar.

Article de conférence

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2023). Contrôle dynamique stochastique : une approche à base de modèles semi-Markov Application à l'optimisation d'un traitement médical. 8èmes rencontres de statistique.

Article de conférence

Marianne de Paepe, Laurent Jeanneau, Jérôme J. Mariette, Olivier Aumont, André Estevez-Torres (2023). Purchases dominate the carbon footprint of research laboratories.

Preprint

Florian Besnard, Ana Guintard, Cécile Grohs, Laurence Guzylack-Piriou, Margarita Cano, Clémentine Escouflaire, Chris Hozé, Hélène Leclerc, Thierry Buronfosse, Lucie Dutheil, Jeanlin Jourdain, Anne Barbat, Sébastien Fritz, Marie-Christine Deloche, Aude Remot, Blandine Gaussères, Adèle Clément, Marion Bouchier, Elise Contat, Anne Relun, Vincent Plassard, Julie Rivière, Christine Péchoux, Marthe Vilotte, Camille Eche, Claire Kuchly, Mathieu Charles, Arnaud Boulling, Guillaume Viard, Stéphanie Minéry, Sarah Barbey, Clément Birbes, Coralie Danchin-Burge, Frédéric Launay, Sophie Mattalia, Aurélie Allais-Bonnet, Bérangère Ravary, Yves Millemann, Raphaël Guatteo, Christophe Klopp, Christine Gaspin, Carole Iampietro, Cécile Donnadieu, Denis Milan, Marie-Anne Arcangioli, Mekki Boussaha, Gilles Foucras, Didier Boichard, Aurélien Capitan (2023). Massive detection of cryptic recessive genetic defects in cattle mining millions of life histories.

Preprint

Cyril Kurylo, Matthias ZYTNICKI, Sylvain Foissac, Élise Maigné (2023). HiCDOC : A/B compartment detection and differential analysis. version 3.1.2.

Logiciel

HAL Citation Code DOI

Élise Maigné, Céline Noirot, Julien Henry, Yaa Adu Kesewaah, Ludovic Badin, Sébastien Déjean, Camille Guilmineau, Arielle Krebs, Fanny Mathevet, Audrey Segalini, Laurent Thomassin, David Colongo, Christine Gaspin, Laurence Liaubet, Nathalie Vialaneix (2023). ASTERICS: A Simple Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data. BMC Bioinformatics.

Article de revue

Matthias ZYTNICKI (2023). srnaMapper: an optimal mapping tool for sRNA-Seq reads. version.

Logiciel

HAL Citation Code

Sota Yagi, Aditya Padhi, Jelena Vucinic, Sophie Barbe, Thomas Schiex, Reiko Nakagawa, David SIMONCINI, Kam Zhang, Shunsuke Tagami (2023). Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase.

Preprint

Geneviève Gésan-Guiziou, Aude Alaphilippe, Joël Aubin, Christian Bockstaller, Rachel Boutrou, Patrice Buche, Catherine C. Collet, Agnès Girard, Vincent Martinet, Jeanne-Marie Membré, Régis Sabbadin, Marie Thiollet-Scholtus, Hayo van Der Werf (2023). Evaluation MultiCritère des Systèmes Agricoles et Alimentaires (EMC-SAgA) Bilan des activités et Poursuites envisagées. Animations transversales INRAE sur l’évaluation multicritères.

Article de conférence

Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi (2023). Computing Phylo-k-mers. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.

Article de revue

Chloé Cerutti, Sophie Leroux, Paul Terzian, Joanna Lledo, David Gourichon, Jean-Noël Hubert, Yann Labrune, Rémy-Félix Serre, Céline Vandecasteele, Christophe C. Klopp, Carole Iampietro, Christine Gaspin, Denis Milan, Cécile Donnadieu, Vincent Coustham, Frédérique Pitel, Guillaume Devailly (2023). Transgenerational epigenetics in quail: whole genome DNA methylation analysis. Epigenetic Inheritance: Impact for Biology and Society.

Poster

Agnès Bonnet, Sarah Maman, Laure Gress, Amandine Suin, Sabrina Legoueix, Céline Bravo, Yvon Billon, Nathalie Vialaneix, Cécile M. D. Bonnefont, Laurence Liaubet (2023). Transcriptome of the feto-maternal interface in pigs in late gestation: part2 - sow endometrium. Joint International Congress on Animal Science (EEAP 2023).

Poster

Agnès Bonnet, Sarah Maman, Laure Gress, Amandine Suin, Céline Bravo, Gwendaëlle Cardenas, Yvon Billon, Laurianne Canario, Nathalie Vialaneix, Cécile M. D. Bonnefont, Laurence Liaubet (2023). Transcriptome of the feto-maternal interface in pigs in late gestation: part1fetal placenta. Joint International Congress on Animal Science (EEAP 2023).

Poster

Marianne Defresne, Sophie Barbe, Thomas Schiex (2023). Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning *. Thirty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-23).

Article de conférence

Marianne Defresne, Sophie Barbe, Thomas Schiex (2023). Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning. Thirty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-23).

Poster

Laurence Liaubet, Nathalie Marty-Gasset, Pauline Brenaut, Laure Gress, Agnès Bonnet, Élise Maigné (2023). Molecular phenotyping to predict neonatal maturity. EAAP.

Poster

Thomas Schiex (2023). Coupling CP with Deep Learning for Molecular Design and SARS-CoV2 Variants Exploration. International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (CP).

Article de conférence

Alyssa Imbert, Nassim Duprat, Nathalie Marty-Gasset, Laure Gress, Cécile Canlet, Yvon Billon, Nathalie Vialaneix, Cécile M. D. Bonnefont, Agnès Bonnet, Laurence Liaubet (2023). 1H-NMR metabolomic study of Large White and Meishan pigs in late gestation: part 2 - sow endometrium. Joint International Congress on Animal Science (EEAP 2023).

Poster

Patrice Boizumault, Simon de Givry, Samir Loudni, Abdelkader Ouali (2023). Variable Neighborhood Search for Cost Function Networks. Handbook of Formal Optimization.

Chapitre de livre

Cleynen Alice, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2023). Un exemple d'optimisation de traitement médical avec modèle incertain. 54es Journée de la Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Mekki Boussaha, Camille Eche, Clémentine Escouflaire, Cécile Grohs, Carole Iampietro, Aurélien Capitan, Denis Milan, Christine Gaspin, Sébastien Fritz, Cécile Donnadieu, Didier Boichard (2023). Search for new mutations in cattle by systemac whole genome resequencing. 39th International Society of Animal Genetics Conference.

Poster

Marianne Defresne, Thomas Schiex, Sophie Barbe (2023). Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning. PFIA'23.

Article de conférence

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nikolaos Limnios, Nathalie Peyrard (2023). Non parametric observation driven HMM. 54 ièmes journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Ellen Laclef, Nathalie Debus, Patrick Taillandier, Eliel González García, Amandine Lurette (2023). Modelling the long-term consequences of implementing hormone-free reproductive management on the sustainability of a dairy sheep farm. Computers and Electronics in Agriculture.

Article de revue

Camille Guilmineau, Marie Tremblay-Franco, Nathalie Vialaneix, Rémi Servien (2023). Modélisation de données métabolomiques longitudinales par voies métaboliques. Journées de statistique de la SFdS.

Article de conférence

Thibault Destanque, Tony Rochegüe, Joanna Fourquet, Marisa Haenni, Jean-Yves Madec, Claire Hoede, Agnese Lupo (2023). Impact of amoxicillin therapy on pre-weaned calves intestinal microbiota and its resistome. 10th FEMS Congress of European Microbiologists.

Poster

Jacqueline Smith, James Alfieri, Nick Anthony, Peter Arensburger, Giridhar Athrey, Jennifer Balacco, Adam Balic, Philippe Bardou, Paul Barela, Yves Bigot, Heath Blackmon, Pavel Borodin, Rachel Carroll, Meya Casono, Mathieu Charles, Hans Cheng, Maddie Chiodi, Lacey Cigan, Lyndon Coghill, Richard Crooijmans, Neelabja Das, Sean Davey, Asya Davidian, Fabien Degalez, Jack Dekkers, Martijn Derks, Abigail Diack, Appolinaire Djikeng, Yvonne Drechsler, Alexander Dyomin, Olivier Fedrigo, Steven Fiddaman, Giulio Formenti, Laurent A.F. Frantz, Janet Fulton, Elena Gaginskaya, Svetlana Galkina, Rodrigo Gallardo, Johannes Geibel, Almas Gheyas, Cyrill John P. Godinez, Ashton Goodell, Jennifer A.M. Graves, Darren Griffin, Bettina Haase, Jian-Lin Han, Olivier Hanotte, Lindsay Henderson, Zhuo-Cheng Hou, Kerstin Howe, Lan Huynh, Evans Ilatsia, Erich Jarvis, Sarah Johnson, Jim Kaufman, Terra Kelly, Steve Kemp, Colin Kern, Jacob Keroack, Christophe Klopp, Sandrine Lagarrigue, Susan Lamont, Margaret Lange, Anika Lanke, Denis Larkin, Greger Larson, John King N. Layos, Ophélie Lebrasseur, Lyubov Malinovskaya, Rebecca Martin, Maria Luisa Martin Cerezo, Andrew Mason, Fiona Mccarthy, Michael Mcgrew, Jacquelyn Mountcastle, Christine Kamidi Muhonja, William Muir, Kévin Muret, Terence Murphy, Ismael Ng'ang'a, Masahide Nishibori, Rebecca O'connor, Moses Ogugo, Ron Okimoto, Ochieng Ouko, Hardip Patel, Francesco Perini, María Ines Pigozzi, Krista Potter, Peter Price, Christian Reimer, Edward Rice, Nicolas Rocos, Thea Rogers, Perot Saelao, Jens Schauer, Robert Schnabel, Valerie Schneider, Henner Simianer, Adrian Smith, Mark Stevens, Kyle Stiers, Christian Keambou Tiambo, Michele Tixier-Boichard, Anna Torgasheva, Alan Tracey, Clive Tregaskes, Lonneke Vervelde, Ying Wang, Wesley Warren, Paul Waters, David Webb, Steffen Weigend, Anna Wolc, Alison Wright, Dominic Wright, Zhou Wu, Masahito Yamagata, Chentao Yang, Zhong-Tao Yin, Michelle Young, Guojie Zhang, Bingru Zhao, Huaijun Zhou (2023). Fourth report on chicken genes and chromosomes 2022. Cytogenetic and Genome Research.

Article de revue

Aurélie Mercadié, Eleonore Gravier, Gwendal Josse, Nathalie Vialaneix, Céline Brouard (2023). Extension de la NMF supervisée pour l'intégration de données omiques. Journée de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Olivier Gillet, Eric Daudé, Arnaud Saval, Clément Caron, Sébastien Rey-Coyrehourcq, Patrick Taillandier, Pierrick Tranouez (2023). ESCAPE - Simulation à base d'agents pour l'évacuation de populations lors des situations d'urgence. JFSMA- - Journées Francophones sur les Systèmes Multi-Agents.

Article de conférence

Marcuzzo Camille, Cervin Guyomar, Amandine Suin, Adrien Castinel, Carole Iampietro, Claire Kuchly, Julie Demars, Nathalie Iannuccelli, Christophe Klopp, Christine Gaspin, Milan Denis, Donnadieu Cécile (2023). Volume reduction and automation of DNAprep libraries for low pass sequencing. Assemblée générale France Génomique.

Poster

Stéphane Couture, Stéphane Lemarié, Sabrina Teyssier, Pascal Toquebeuf (2023). The value of information under ambiguity: a theoretical and experimental study on pest management in agriculture. Theory and Decision.

Article de revue

Matthias ZYTNICKI, Hoang-Giang Pham (2023). sRNA-pipe A Nextflow-based pipeline for small RNA analysis. JOBIM.

Poster

Élise Maigné, Isabelle Sanchez, David Carayon, Joseph Tran, Jean-François Rey, Cédric Midoux, Marine Marjou (2023). SK8 : Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications Shiny. Rencontres R 2023 et 2024.

Poster

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nikolaos Limnios, Nathalie Peyrard (2023). Non-parametric Observation Driven HMM.

Preprint

Nicolas Homberg (2023). New models and algorithms for the identification of sncRNA-(snc)RNAinteractions intra and across-species/kingdoms.

Thèse

Laurence Liaubet, Gaëlle Lefort, Yvon Billon, Sébastien Reigner, Jean Bailly, Camille Guilmineau, Nathalie Marty-Gasset, Laure Gress, Rémi Servien, Agnès Bonnet, Hélène Gilbert, Nathalie Vialaneix, Hélène Quesnel (2023). Neonatal metabolic profiling shows relationships between metabolites and biometric phenotypes related to piglet maturity at birth. 11th International Conference on Pig Reproduction (ICPR).

Poster

Alexis Hardy, Mélody Matelot, Amandine Touzeau, Christophe C. Klopp, Céline Lopez-Roques, Sandra Duharcourt, Matthieu Defrance (2023). DNAModAnnot: a R toolbox for DNA modification filtering and annotation. Bioinformatics.

Article de revue

Alexis Mergez, Raphaël Mourad, Matthias ZYTNICKI (2023). DLScaff : Deep Learning and Hi-C data for chimeric contigs detection. JOBIM ( JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ) 2023.

Poster

Siegfried Dubois, Claire Lemaitre, Thomas Faraut, Matthias ZYTNICKI (2023). Comparaison et visualisation de graphes de pangénomes.

Rapport

Alyssa Imbert, Nathalie Marty-Gasset, Laure Gress, Cecile Bonnefont, Nathalie Vialaneix, Laurence Liaubet, Agnès Bonnet (2023). Characterization of the endometrial metabolome in late gestation. International Conference on Pig Reproduction 2023.

Poster

Damien Saveant, Mathieu Guimont, Patrick Taillandier, Nicolas Darcel (2023). Can in-silico approaches of human eating behaviours shed light on the key factors driving meal decisions?. Benjamin Franklin & Lafayette Seminar.

Article de conférence

Hajar Bouhamout, Benjamin Linard, Matthias ZYTNICKI (2023). Benchmarking read mapping on pangenomic variation graphs. jobim 2023.

Poster

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2023). An example of medical treatment optimization under model uncertainty. Processus markoviens, semi-markoviens et leurs applications.

Article de conférence

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2023). An example of medical treatment optimization under model uncertainty. Applied Probability Society Conference.

Article de conférence

Patrice Loisel, Marielle Brunette, Stéphane Couture (2023). Ambiguity, value of information and forest rotation decision under storm risk. WCNRM.

Article de conférence

Sandra Plancade, Elodie Marchadier, Sylvie Huet, Adrienne Ressayre, Camille Noûs, Christine Dillmann (2023). A successive time-to-event model of phyllochron dynamics for hypothesis testing: application to the analysis of genetic and environmental effects in maize. Plant Methods.

Article de revue

Pierre Montalbano, David Allouche, Simon de Givry, George Katsirelos, Tomáš Werner (2023). Virtual Pairwise Consistency in Cost Function Networks. 20th International Conference on the Integration of Constraint Programming, Artificial Intelligence, and Operations Research.

Article de conférence

Charles-Elie Rabier, Céline Delmas (2023). The SgenoLasso, a new Lasso method dedicated to extreme observations in genomics. International Conference on Robust Statistics.

Article de conférence

Tomáš Dlask, Tomáš Werner, Simon de Givry (2023). Super-reparametrizations of weighted CSPs: properties and optimization perspective. Constraints.

Article de revue

Raphaël Mourad (2023). Semi-supervised learning improves regulatory sequence prediction with unlabeled sequences. BMC Bioinformatics.

Article de revue

Camille Eche, Carole Iampietro, Clément Birbes, Andreea Dreau, Claire Kuchly, Arnaud Di Franco, Christophe C. Klopp, Thomas Faraut, Sarah Djebali, Adrien Castinel, Matthias ZYTNICKI, Erwan Denis, Mekki Boussaha, Cécile Grohs, Didier Boichard, Christine Gaspin, Denis Milan, Cécile Donnadieu (2023). Improvement of the Bos taurus Genome Assembly using New Sequencing Technologies. Discoveries Roadshow 2023 - PacBio.

Article de conférence

Marianne Defresne, Thomas Schiex, Sophie Barbe (2023). Computational Protein Design with Artificial Intelligence. GGMM 2023.

Article de conférence

Hilaire Drouineau, J Domange, Laurent Beaulaton, Patrick Lambert, Stéphanie Mahévas, Victor Picheny, Robert Faivre (2023). Calibration of a complex population dynamics model: from its development to results validation. Workshop on calibration of numerical code.

Article de conférence