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Prasanna Maddila, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Un modèle de jeu stochastique pour la lutte anti-braconnage et un benchmark pour l'Apprentissage par Renforcement Multi-agents. JFSMA 2024: 32èmes Journées Francophones sur les Systèmes Multi-Agents.

Article de conférence

Sara Alina Neumann, Christine Gaspin, Julio Sáez-Vásquez (2024). Plant ribosomes as a score to fathom the melody of 2'- O -methylation across evolution. RNA Biology.

Article de revue

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nikolaos Limnios, Nathalie Peyrard (2024). Non-parametric Observation Driven HMM.

Preprint

Jean Mainguy, Claire Hoede (2024). Binette: a fast and accurate bin refinement tool to construct high quality Metagenome Assembled Genomes.. Journal of Open Source Software.

Article de revue

Prasanna Maddila, Eric Casellas, Patrick Chabrier, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). APE: An Anti-poaching Multi-Agent Reinforcement Learning Benchmark. 17th European Workshop on Reinforcement Learning (EWRL 2024).

Article de conférence

Valentin Sorin, Marie-Pierre Sanchez, Carole Iampietro, Camille Eche, Amandine Suin, Camille Marcuzzo, Laurence Drouilhet, Denis Milan, Gwenola Tosser-Klopp, Cécile Donnadieu, Christine Gaspin, Clément Birbes, Christophe Klopp, Didier Boichard, Mekki Boussaha (2024). The construction of a cattle pangenome for 14 French dairy and beef breeds provides new insights into their genetic diversity.. 75th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science.

Article de conférence

Han Phan, Céline Brouard, Raphaël Mourad (2024). Semi-supervised learning with pseudo-labeling compares favorably with large language models for regulatory sequence prediction. Briefings in Bioinformatics.

Article de revue

Ophélie Léger, Frédérick Garcia, Mehdi Khafif, Carrere Sebastien, Nathalie Leblanc-Fournier, Aroune Duclos, Vincent Tournat, Eric Badel, Marie Didelon, Aurélie Le Ru, Sylvain Raffaele, Adelin Barbacci (2024). Pathogen-derived mechanical cues regulate the spatio-temporal implementation of plant defense.

Preprint

Siegfried Dubois, Matthias ZYTNICKI, Thomas Faraut, Claire Lemaitre (2024). Pangenome graph manipulation for local visualisation with pancat. MIGGS1 2024 - 1st symposium on Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences.

Article de conférence

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nathalie Peyrard (2024). Interacting Partially Observable DBN to model the dynamics of partially observable metapopulations : opportunities and open challenges.

Jean Mainguy, Maïna Vienne, Joanna Fourquet, Pierre Martin, Vincent Darbot, Céline Noirot, Claire Hoede (2024). metagWGS. version v2.4.2.

Logiciel

HAL Citation Code DOI

Preprint

Maya Hiltpold, Ronan Trépos, Frédéric Douhard (2024). Exploring potential GxE interactions in the lifetime performance of suckling ewes. Wageningen Academic Publishers.

Non catégorisé

Khaoula Hadj-Amor, Ophélie Léger, Sylvain Raffaele, Magdalena Kovacic, Aroune Duclos, Pedro Carvalho-Silva, Frédérick Garcia, Adelin Barbacci (2024). ``Out of sight, out of mind''. The antagonistic role of the transcriptional memory associated with repeated acoustic stimuli on the priming of plant defense.

Preprint

Aurélie Mercadié, Eric Casellas, Eleonore Gravier, Gwendal Josse, Nathalie Vialaneix, Brouard Céline (2024). NMFProfiler. version 0.2.1.

Logiciel

HAL Citation Code

Mireia Solà Colom, Jelena Vučinić, Jared Adolf-Bryfogle, James Bowman, Sébastien Verel, Isabelle Moczygemba, Thomas Schiex, David SIMONCINI, Christopher Bahl (2024). Complete combinatorial mutational enumeration of a protein functional site enables sequence-landscape mapping and identifies highly-mutated variants that retain activity. Protein Science.

Article de revue

Alexandre Lhuisset (2024). Assurances forestières et politiques publiques : Une approche basée sur la théorie des jeux.

Rapport

Kene Boun My, Marielle Brunette, Stéphane Couture, Sarah van Driessche (2024). Are ambiguity preferences aligned with risk preferences?. Journal of Behavioral and Experimental Economics.

Article de revue

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nathalie Peyrard (2024). Partially observable DBN to model the dynamics of partially observable metapopulations : advantages and open challenges. International Statistical Ecology Conference.

Article de conférence

Prasanna Maddila, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Learning in Competitive-Cooperative Games for Anti-Poaching. Workshop on Learning in Games.

Article de conférence

Hubert F. Becker, Christine Gaspin (2024). La diversité et la fonction des ARN non codants chez les archées. Les archées, micro-organismes du troisième domaine du vivant 2.

Chapitre de livre

Delphine Dessaux, Samuel Buchet, Lucie Barthe, Marianne Defresne, Gianluca Cioci, Simon de Givry, Luis Garcia-Alles, Thomas Schiex, Sophie Barbe (2024). Designing symmetrical multi-component proteins using a hybrid generative AI approach.

Preprint

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Deep Reinforcement Learning for Controlled Piecewise Deterministic Markov Process in Cancer Treatment Follow-up. La journée Santé et IA.

Article de conférence

Élise Maigné (2024). SK8 : Pour des applications shiny qui se déploient comment sur des roulettes. Rencontres R 2024.

Article de conférence

Julien Guidihounme, Simon de Givry, Benjamin Linard (2024). Simplified pangenome graph traversals with PSSM scoring : search for motifs differentials. JOBIM 2024.

Poster

David Benaben, Christophe Blanchet, Matéo Boudet, Guillaume Brysbaert, Anthony Bretaudeau, Micaël Calvas, Nicole Charriere, Stéphane Delmotte, Hervé Gilquin, Nadia Goué, Jean-François Guillaume, Jean-Christophe Haessig, Didier Laborie, Arthur Le Bars, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler, Jérôme Pansanel, Guillaume Seith, Bruno Spataro, Cyrille Toulet (2024). Services deployed on the IFB National Network of Computing Resources (NNCR). JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques.

Poster

Laura Payton, Kim S Last, Jordan Grigor, Céline Noirot, Lukas Hüppe, David V P Conway, Mona Dannemeyer, David Wilcockson, Bettina Meyer (2024). Revealing the profound influence of diapause on gene expression: Insights from the annual transcriptome of the copepod Calanus finmarchicus. Molecular Ecology.

Article de revue

Noémien Maillard, Juliette Riquet, Katia Feve, Raphaël Mourad, Julie Demars (2024). Prioritize Regulating Variants in a Quantitative Trait Locus (QTL). Journée Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques.

Poster

Océane Carpentier, Vincent Rocher, Sarah Djebali, Cervin Guyomar (2024). Knowledge graph based integration of transcriptome sequencing data to explore miRNA mediated regulation. Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024.

Poster

Ellen Laclef, Eliel González García, Nathalie Debus, Patrick Taillandier, C. de Boissieu, E. Morin, Amandine Lurette (2024). Inseminate without hormonal treatment in dairy sheep farms: exploring the consequences on the sustainability of several contrasted production systems. Animal.

Article de revue

Sarah Maman, Gaston Rognon, Chloé Bellanger, Léonard Ransan, Patrick Jacques, Christophe Klopp, Régis Debruyne, Brice Ephrem, Myriam Sternberg, Aurélie Manicki, Joëlle Chat, Philippe Béarez, Natacha Nikolic (2024). DeFIS - Detection pipeline with k-mers analysis to identify species. JOBIM.

Poster

Marouane Boumlik, Benjamin Linard, Matthias ZYTNICKI (2024). Benchmarking pangenome graph mapping with strobemer-based seeding. JOBIM 2024.

Poster

Aurélie Mercadié, Eleonore Gravier, Gwendal Josse, Nathalie Vialaneix, Céline Brouard (2024). Utilisation de la NMF supervisée intégrative pour l'étude d'altérations de la peau. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Nathalie Vialaneix (2024). Réseaux de gènes : inférence, évaluation, utilisation et au-delà. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Élise Jorge, Pierre Neuvial, Nathalie Vialaneix, Sylvain Foissac (2024). Procédure de test hiérarchique pour l'analyse différentielle de données Hi-C. Journées de statistique de la SFdS.

Article de conférence

Hanna Bacave, Pierre-Olivier Cheptou, Nikolaos Limnios, Nathalie Peyrard (2024). HSMM piloté par les observations pour l'estimation de la dynamique des adventices.. 55ièmes journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Frédérick Garcia, Aurelie Javelle (2024). Du soin à l'assujettissement : utilisation d'un dispositif sonore en productions végétales. New perspectives in plant ethics.

Article de conférence

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Deep reinforcement learning for controlled piecewise deterministic Markov process in cancer treatment follow-up. 55ièmes Journées de Statistique.

Article de conférence

Samuel Buchet, David Allouche, Simon de Givry, Thomas Schiex (2024). Bi-Objective Discrete Graphical Model Optimization. The 21st International Conference on the Integration of Constraint Programming, Artificial Intelligence, and Operations Research.

Article de conférence

Tania Malonga, Nathalie Vialaneix, Martin Beaumont (2024). BEST4 + cells in the intestinal epithelium. American Journal of Physiology - Cell Physiology.

Article de revue

Céline Vandecasteele, Paul Terzian, Joanna Lledo, Rémy-Félix Serre, Jules Sabban, Claire Kuchly, Frédérique Pitel, Sophie Leroux, Julie Demars, Nathalie Iannuccelli, Christine Gaspin, Denis Milan, Carole Iampietro, Christophe Klopp, Cécile Donnadieu (2024). Benchmarking of sequencing technologies for~CpG~methylation detection: applications to quail and pig. London Calling 2024.

Poster

Camille Guilmineau, Rémi Servien, Marie Tremblay-Franco, Nathalie Vialaneix (2024). Analyse différentielle longitudinale des voies métaboliques. 55e Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Jeong Hwan Ko, Andrea Rau, Nathalie Vialaneix (2024). Analyse de la spécificité des associations génétiques dans les études multi-population. Journées de Statistique de la SFdS.

Article de conférence

Jacques Dupuy, Edwin Fouché, Céline Noirot, Pierre Martin, Charline Buisson, Françoise Guéraud, Fabrice Pierre, Cécile Héliès-Toussaint (2024). A dual model of normal vs isogenic Nrf2-depleted murine epithelial cells to explore oxidative stress involvement. Scientific Reports.

Article de revue

Benoîte de Saporta, Alice Cleynen, Orlane Rossini, Régis Sabbadin, Amélie Vernay, Aymar Thierry d'Argenlieu (2024). Stochastic control for medical treatment optimization. Journées de lancement de la fédération OcciMath.

Article de conférence

Jean-Marc Azaïs, Federico Dalmao, Céline Delmas (2024). Multivariate CLT for critical points.

Preprint

Julie Demars, Jean-Noël Hubert, Nathalie Iannuccelli, Sophie Leroux, Céline Vandecasteele, Paul Terzian, Thomas Faraut, Christophe Klopp, Cécile Donnadieu (2024). Genomic imprinting in livestock species -Challenges of long reads sequencing from ONT. Advances in Genome Biology and Technology (AGBT).

Poster

Dubois Siegfried, Zytnicki Matthias, Claire Lemaitre, Faraut Thomas (2024). Towards an edit distance between pangenome graphs. DSB 2024 - Workshop Data Structures in Bioinformatics.

Article de conférence

Marie-Josée Cros, Jean-Marc Frigerio, Nathalie Peyrard, Alain Franc (2024). Simple approaches for evaluation of OTU quality based on dissimilarity arrays. Metabarcoding and Metagenomics.

Article de revue

Céline Brouard, Raphaël Mourad, Nathalie Vialaneix (2024). Should we really use graph neural networks for transcriptomic prediction?. Briefings in Bioinformatics.

Article de revue

Eric Quinton, Sylvie Ladet, Alain Benard, Florent Blaise (2024). ODK, un outil open source pour la création de formulaires embarqués. Printemps de la Donnée 2024.

Article de conférence

Tania Malonga, Christelle Knudsen, Emeline Lhuillier, Patrick Aymard, Elodie Riant, Cédric Cabau, Nathalie Vialaneix, Martin Beaumont (2024). La transcriptomique en cellule unique révèle les processus de maturation induits dans chaque type de cellule épithéliale intestinale lors de l'introduction de l'alimentation solide. CECED 2024.

Article de conférence

Sarah A Naudin, Aude A Ferran, Pedro Henrique Imazaki, Nathalie Arpaillange, Camille Marcuzzo, Maïna Vienne, Sofia Demmou, Alain Bousquet-Mélou, Felipe Ramon-Portugal, Marlene Z Lacroix, Claire Hoede, Maialen Barret, Véronique Dupouy, Delphine Bibbal (2024). Development of an in vitro biofilm model for the study of the impact of fluoroquinolones on sewer biofilm microbiota. Frontiers in Microbiology.

Article de revue

Patrick Jacques, Sarah Maman, Régis Debruyne, Brice Ephrem, Aurélie Manicki, Christophe Klopp, Myriam Sternberg, Gaston Rognon, Léonard Ransan, Chloé Bellanger, Joëlle Chat, Philippe Béarez, Natacha Nikolic (2024). Decoding ancient genomes: Genomics approaches and innovative species recognition pipeline for diadromous fish. The 20th Portugaliæ Genetica: DNA - Ancient and New (21-22 March 2024).

Poster

Cleynen Alice, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2024). Contrôle dynamique stochastique : une approche à base demodèles semi-Markov. 10èmes Rencontres des Jeunes Statistien.ne.s.

Article de conférence

Patrick Taillandier, Kevin Chapuis, Benoit Gaudou, Arthur Brugière, Alexis Drogoul (2024). COMOKIT v2: A multi-scale approach to modeling and simulating epidemic control policies. PLoS ONE.

Article de revue

Khaoula Hadj-Amor (2024). Classification et inférence de réseaux de gènes à partir de séries temporelles très courtes : application à la modélisation de la mémoire transcriptionnelle végétale associée à des stimulations sonores répétées.

Thèse

S. S. Prasanna Maddila, Régis Sabbadin, Meritxell Vinyals (2024). Anti-Poaching as a Partially Observable Stochastic Game. 25ème édition du congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision ROADEF 2024.

Article de conférence

Pierre Neuvial, Nathanael Randriamihamison, Marie Chavent, Sylvain Foissac, Nathalie Vialaneix (2024). A two-sample tree-based test for hierarchically organized genomic signals. Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics.

Article de revue

Noémien Maillard, Juliette Riquet, Katia Feve, Julie Demars, Raphaël Mourad (2024). Cross-species use of neural networks to improve pig genome annotation -a proof of concept. Environmental and Agronomical Genomics.

Poster

Loïc Sadou (2024). Utilisation de la simulation à base d'agents et de la théorie de l'argumentation pour mieux appréhender la diffusion et l'appropriation des outils numériques en agriculture.

Thèse

Nina Marthe (2024). Transfert d'annotation dans des graphes de pangénome. Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique.

Poster

Marianne de Paepe, Laurent Jeanneau, Jérôme Mariette, Olivier Aumont, André Estevez-Torres (2024). Purchases dominate the carbon footprint of research laboratories. PLOS Sustainability and Transformation.

Article de revue

Didier Aurelle, Anne Haguenauer, Chloé Blaise, Lauric Reynes, Sophie Arnaud-Haond, Joana Boavida, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Tomas Lundalv, Camille Noûs, Stéphane Sartoretto, Claudia Wienberg, Carlos Jiménez, Covadonga Orejas (2024). On the specific status of eastern Mediterranean Dendrophyllia corals (Cnidaria, Anthozoa): Genetic characterization and speciation scenarios. Zoologica Scripta.

Article de revue

Benoîte de Saporta, Aymar Thierry d'Argenlieu, Régis Sabbadin, Alice Cleynen (2024). Medical follow-up optimization: A Monte-Carlo planning strategy.

Preprint

Florian Besnard, Ana Guintard, Cécile Grohs, Laurence Guzylack-Piriou, Margarita Cano, Clémentine Escouflaire, Chris Hozé, Hélène Leclerc, Thierry Buronfosse, Lucie Dutheil, Jeanlin Jourdain, Anne Barbat, Sébastien Fritz, Marie-Christine Deloche, Aude Remot, Blandine Gaussères, Adèle Clément, Marion Bouchier, Elise Contat, Anne Relun, Vincent Plassard, Julie Rivière, Christine Péchoux, Marthe Vilotte, Camille Eche, Claire Kuchly, Mathieu Charles, Arnaud Boulling, Guillaume Viard, Stéphanie Minéry, Sarah Barbey, Clément Birbes, Coralie Danchin-Burge, Frédéric Launay, Sophie Mattalia, Aurélie Allais-Bonnet, Bérangère Ravary, Yves Millemann, Raphaël Guatteo, Christophe Klopp, Christine Gaspin, Carole Iampietro, Cécile Donnadieu, Denis Milan, Marie-Anne Arcangioli, Mekki Boussaha, Gilles Foucras, Didier Boichard, Aurélien Capitan (2024). Massive detection of cryptic recessive genetic defects in dairy cattle mining millions of life histories. Genome Biology.

Article de revue

Tamara Ben-Ari, Gaëlle Lefort, Jérôme Mariette, Olivier Aumont, Laurent Jeanneau, Alexandre Santerne, Aymeric Spiga, Philippe-E Roche (2024). Flight quotas outperform focused mitigation strategies in reducing the carbon footprint of academic travel. Environmental Research Letters.

Article de revue

Fabien Degalez, Mathieu Charles, Sylvain Foissac, Haijuan Zhou, Dailu Guan, Lingzhao Fang, Christophe Klopp, Coralie Allain, Laetitia Lagoutte, Frédéric Lecerf, Hervé Acloque, Elisabetta Giuffra, Frédérique Pitel, Sandrine Lagarrigue (2024). Enriched atlas of lncRNA and protein-coding genes for the GRCg7b chicken assembly and its functional annotation across 47 tissues. Scientific Reports.

Article de revue

Mohamed Anwar Abouabdallah, Olivier Coulaud, Nathalie Peyrard, Alain Franc (2024). Computing WSBM marginals with Tensor-Train decomposition.

Preprint

Rémi Servien, Nathalie Vialaneix (2024). A random forest approach for interval selection in functional regression. Statistical Analysis and Data Mining.

Article de revue

Slim Ben-Jemaa, Gabriele Adam, Mekki Boussaha, Philippe Bardou, Christophe Klopp, Nathalie Mandonnet, Michel Naves (2023). Whole genome sequencing reveals signals of adaptive admixture in Creole cattle. Scientific Reports.

Article de revue

Sonia Eynard, Christophe Klopp, Kamila Canale-Tabet, William Marande, Céline Vandecasteele, Céline Roques, Cécile Donnadieu, Quentin Boone, Bertrand Servin, Alain Vignal (2023). The black honey bee genome: insights on specific structural elements and a first step towards pan-genomes. Genetics Selection Evolution.

Article de revue

Nathalie Rousse, Simon de Givry (2023). Requêtes d'optimisation déportées : utilisation du solveur toulbar2 par services web.

Rapport

Pierre Montalbano (2023). Linear constraints and conflict-free learning for graphical models.

Thèse

Fabio Lilliu, Diego Reforgiato Recupero, Meritxell Vinyals, Roman Denysiuk (2023). Incentive mechanisms for the secure integration of renewable energy in local communities: A game-theoretic approach. Sustainable Energy, Grids and Networks.

Article de revue

Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche (2023). Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome. Microbiome.

Article de revue

Valentin Durante (2023). Convex Optimization for Discrete Graphical Models.

Thèse

Nina Marthe (2023). Annotation transfer in pangenome graphs. XI JORNADES DE BIOINFORMÀTICA I GENÒMICA.

Poster

Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias ZYTNICKI, Claire Lemaitre, Thomas Faraut (2023). Towards an edit distance between pangenome graphs. SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques.

Article de conférence

Anne-Isabelle Graux, Alice Cadero, Samuel Buis, Eric Casellas, Marie-Laure Decau, Patrice Lecharpentier, Frédérique Louault, Strullu Loïc, Francoise Vertès, Fabien Ferchaud (2023). STICS ability to simulate long-term soil organic matter dynamics in crop-grassland rotations. XIII STICS Seminar.

Article de conférence

Aurélie Mercadié, Eleonore Gravier, Gwendal Josse, Nathalie Vialaneix, Céline Brouard (2023). Extension de la NMF supervisée pour l'intégration de données omiques. Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse.

Article de conférence

Anne-Isabelle Graux, Patrick Chabrier, Eric Casellas, Klervi Le-Floch, Patrice Lecharpentier, Renan Le Roux, Fabien Ferchaud (2023). Evolution under climate change of the resilience of the services provided by the cultivated areas of the Pays de Fougères. XIII STICS Seminar.

Article de conférence

Alice Cleynen, Benoîte de Saporta, Orlane Rossini, Régis Sabbadin (2023). Contrôle dynamique stochastique : une approche à base de modèles semi-Markov Application à l'optimisation d'un traitement médical. 8èmes rencontres de statistique.

Article de conférence

Élise Maigné, Céline Noirot, Julien Henry, Yaa Adu Kesewaah, Sébastien D Éjean, Camille Guilmineau, Arielle Krebs, Fanny Mathevet, Entreprise Hyphen-Stat, Christine Gaspin, Laurence Liaubet, Nathalie Vialaneix (2023). ASTERICS: A Simple Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data. Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse.

Article de conférence

Marianne de Paepe, Laurent Jeanneau, Jérôme J. Mariette, Olivier Aumont, André Estevez-Torres (2023). Purchases dominate the carbon footprint of research laboratories.

Preprint

Florian Besnard, Ana Guintard, Cécile Grohs, Laurence Guzylack-Piriou, Margarita Cano, Clémentine Escouflaire, Chris Hozé, Hélène Leclerc, Thierry Buronfosse, Lucie Dutheil, Jeanlin Jourdain, Anne Barbat, Sébastien Fritz, Marie-Christine Deloche, Aude Remot, Blandine Gaussères, Adèle Clément, Marion Bouchier, Elise Contat, Anne Relun, Vincent Plassard, Julie Rivière, Christine Péchoux, Marthe Vilotte, Camille Eche, Claire Kuchly, Mathieu Charles, Arnaud Boulling, Guillaume Viard, Stéphanie Minéry, Sarah Barbey, Clément Birbes, Coralie Danchin-Burge, Frédéric Launay, Sophie Mattalia, Aurélie Allais-Bonnet, Bérangère Ravary, Yves Millemann, Raphaël Guatteo, Christophe Klopp, Christine Gaspin, Carole Iampietro, Cécile Donnadieu, Denis Milan, Marie-Anne Arcangioli, Mekki Boussaha, Gilles Foucras, Didier Boichard, Aurélien Capitan (2023). Massive detection of cryptic recessive genetic defects in cattle mining millions of life histories.

Preprint

Cyril Kurylo, Matthias ZYTNICKI, Sylvain Foissac, Élise Maigné (2023). HiCDOC : A/B compartment detection and differential analysis. version 3.1.2.

Logiciel

HAL Citation Code DOI

Élise Maigné, Céline Noirot, Julien Henry, Yaa Adu Kesewaah, Ludovic Badin, Sébastien Déjean, Camille Guilmineau, Arielle Krebs, Fanny Mathevet, Audrey Segalini, Laurent Thomassin, David Colongo, Christine Gaspin, Laurence Liaubet, Nathalie Vialaneix (2023). ASTERICS: A Simple Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data. BMC Bioinformatics.

Article de revue

Matthias ZYTNICKI (2023). srnaMapper: an optimal mapping tool for sRNA-Seq reads. version.

Logiciel

HAL Citation Code

Sota Yagi, Aditya Padhi, Jelena Vučinić, Sophie Barbe, Thomas Schiex, Reiko Nakagawa, David SIMONCINI, Kam Zhang, Shunsuke Tagami (2023). Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase.

Preprint

Geneviève Gésan-Guiziou, Aude Alaphilippe, Joël Aubin, Christian Bockstaller, Rachel Boutrou, Patrice Buche, Catherine C. Collet, Agnès Girard, Vincent Martinet, Jeanne-Marie Membré, Régis Sabbadin, Marie Thiollet-Scholtus, Hayo van Der Werf (2023). Evaluation MultiCritère des Systèmes Agricoles et Alimentaires (EMC-SAgA) Bilan des activités et Poursuites envisagées. Animations transversales INRAE sur l’évaluation multicritères.

Article de conférence

Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi (2023). Computing Phylo-k-mers. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.

Article de revue

Agnès Bonnet, Sarah Maman, Laure Gress, Amandine Suin, Céline Bravo, Gwendaëlle Cardenas, Yvon Billon, Laurianne Canario, Nathalie Vialaneix, Cécile M. D. Bonnefont, Laurence Liaubet (2023). Transcriptome of the feto-maternal interface in pigs in late gestation: part1fetal placenta. Joint International Congress on Animal Science (EEAP 2023).

Poster

Laurence Liaubet, Nathalie Marty-Gasset, Pauline Brenaut, Laure Gress, Agnès Bonnet, Élise Maigné (2023). Molecular phenotyping to predict neonatal maturity. EAAP.

Poster

Thomas Schiex (2023). Coupling CP with Deep Learning for Molecular Design and SARS-CoV2 Variants Exploration. International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (CP).

Article de conférence