Offre de poste à la mobilité : Ingénieur-e en développement logiciel appliqués à la génomique

L’unité MIAT (Mathématiques et Informatique Appliquées Toulouse ) développe des recherches en mathématique, informatique et statistique motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l’environnement. L’unité poursuit une double ambition de production disciplinaire sur ses domaines de compétences et de production finalisée en construisant des projets et en collaborant avec des partenaires des disciplines finalisées. Ces recherches s’accompagnent d’une activité de production de logiciels pour leur valorisation et d’une activité de formation pour leur diffusion.

L’unité comporte actuellement deux équipes de recherche (SCIDyn - Simulation, Contrôle et Inférence de Dynamiques Agro-environnementales et Biologiques - et SaAB - Statistiques et Algorithmique pour la Biologie - ) et trois équipes de service (Plateformes Bioinfo GENOTOUL, RECORD et SIGEN@E).

La plateforme GENOTOUL Bioinfo développe depuis plusieurs années une expertise sur l’assemblage et l’annotation de génomes. Cette expertise a été valorisée dans le cadre de nombreux projets dont : Aeschynomene evenia (https://doi.org/10.1038/s41467-021-21094-7 ), Ganoderma boninense (doi: 10.1016/j.funbio.2017.01.001 ), la tomate (https://doi.org/10.1038/nature11119 ), ainsi que pour des espèces d’intérêt agronomique, notamment dans le cadre du projet SeqOccin, (https://get.genotoul.fr/seqoccin/ ). Pour accompagner les enjeux autour des pangénomes, l’équipe est co-pilote du projet BReIF retenu dans le cadre du programme et équipement prioritaire de recherche “Agroécologie et Numérique”. La plate-forme a mis en place des liens privilégiés avec l’équipe de recherche SaAB, des collaborations étroites avec d’autres plates-formes (comme Sigenae, ou GeT-PlaGe ), et est membre de nombreux collectifs à l’échelle régionale (Genotoul ) et nationale (IR INRAE BioinfOmics, IR nationales “Institut Français de Bioinformatique” et France Génomique ). Vous aurez, donc, l’opportunité de vous intégrer dans ces collectifs. En particulier, ce poste ouvrant droit à la prime informatique, vous contribuerez au CATI (Centre Automatisé du Traitement de l’Information ) BIOS4biol (BIOinformatics and Statistics FOR biology ).

Vous viendrez renforcer l’équipe dans ses développements. En particulier, vous produirez de nouvelles ressources logicielles dédiées aux thématiques de l’assemblage (comprenant contigage, scaffolding, visualisation et évaluation d’assemblages ), de l’annotation (incluant les gènes codants et non-codants, les éléments transposables, les sites de facteurs de transcription ) et de la pangénomique (construction et analyse de pangénomes ) pour des génomes complexes d’intérêt pour l’Institut. Le développement de ces nouvelles ressources se fera dans un contexte de production massive de séquences, contexte générateur de défis en matière de représentation des données, de calcul et de stockage. Vous diffuserez le code, la documentation d’installation et d’utilisation, les containers et des exemples de configuration auprès de la communauté via une forge logicielle (forgemia ). Vous pourrez participer à la construction et à la mise en oeuvre de cycles d’apprentissage à destination des biologistes que nous organisons pour leur apprendre à utiliser les outils que nous mettons à disposition. Vous respecterez les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable ) et vous vous intégrerez au système de management de la qualité en place sur la plateforme.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d’attribution de ladite prime. Vous contribuerez au CATI Bios4Biol.

Information pratiques:

• Lieu d’accueil : INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan
• Date de début : entre le 1er février 2024 et le 1er septembre 2024
• Modalités pour postuler : lien url

Document important à lire avant de postuler : Guide du candidat