These

Analyse des interactions dynamiques entre le développement de la plante hôte, l’architecture du couvert et le développement d’une épidémie de maladie fongique aérienne : cas du pathosystème pois/ascochytose.

Directeur de thèse : Bernard Tivoli (UMR BiO3P, INRA Rennes)
Co-directeur : Robert Faivre
Soutenue le : 19 Novembre 2012
Ecole doctorale : Vie Agro Santé (Agrocampus Ouest)
Manuscrit (français)

Benjamin Richard

01 févr. 2012

These SCIDYN

Apprentissage de la structure de réseaux bayésiens. Application aux données de génétique-génomique

Soutenue le : 07/12/2012
Directrice de thèse : Brigitte Mangin
Co-directeur : Simon de Givry
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots-clés : modèle graphique probabiliste, réseau bayésien, optimisation sous contraintes, recherche stochastique gloutonne, apprentissage, génétique génomique, réseau de régulation de gènes
Manuscrit : Manuscrit (français), soutenance

Jimmy VANDEL

01 janv. 2012

These SaAB

Développement d'une méthode adaptative d'échantillonnage spatialisé pour caractériser la composition du stock semencier des espèces adventices à l'échelle de la mosaïque paysagère.

Directeur de thèse : Régis Sabbadin
Co-directrices : Sabrina Gaba (UMR BGA, INRA Dijon), Nathalie Peyrard
Soutenue le : 30 Novembre 2012
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

Mathieu Bonneau

01 janv. 2012

These SCIDYN

Identification et caractérisation de nouveaux ARN non codant chez l'archée hyperthermophile Pyrococcus abyssi

Soutenue le :18/03/2011
Directrice de thèse : Béatrice Clouet-d’Orval (Laboratoire de Microbiologie et de Génétique Moléculaire, Université Toulouse III)
Co-directrice : Christine Gaspin
Co-encadrante : Annick Moisan
Ecole doctorale : Biologie - Santé - Biotechnologies (Toulouse III)
Mots-clés : ARN non codant, Pyrococcus abyssi, Thermococcales, Bio-informatique, Complexes ribonucléoprotéiques
Manuscrit : Manuscrit (français)

Kounthéa PHOK

01 mars 2011

These SaAB

Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots

Soutenue le : 28/11/2011
Directeur de thèse : Thomas Schiex
Co-directeur : Thomas Faraut (Laboratoire de Génétique Cellulaire, INRA Toulouse)
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots clés : Duplication, Tandem, Annotation, Graphe, Flot, ADN, Evolution
Manuscrit : Manuscrit (français)

Eric AUDEMARD

01 févr. 2011

These SaAB

Décompositions fonctionnelles et structurelles dans les modèles graphiques probabilistes appliquées à la reconstruction d’haplotypes

Soutenue le : 12/12/2011
Directeur de thèse : Simon de Givry
Co-directeur : Andres Legarra (Station d’Amélioration Génétique des Animaux, INRA Toulouse)
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots-clés : optimisation combinatoire, modèle graphique probabiliste, réseau de fonctions de coûts, reconstruction d’haplotypes, pedigree
Manuscrit : Manuscrit (français)

Aurélie FAVIER

01 janv. 2011

These SaAB

Les décisions d'assolement : une approche par modélisation et simulation a l'échelle de l'exploitation agricole.

Directeur de thèse : Jacques-Eric Bergez (UMR AGIR, INRA Toulouse)
Co-directeurs : Arnaud Reynaud (LERNA, INRA Toulouse), Frédérick Garcia
Soutenue le : 9 Décembre 2011
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques Vétérinaires Agronomiques Bioingénieries (Toulouse III)
Manuscrit (anglais)

Jérôme Dury

01 janv. 2011

These SCIDYN

Analyse et conception de systèmes fourragers flexibles par modélisation systémique et simulation dynamique.

Directeur de thèse : Roger Martin-Clouaire
Co-directeur : Michel Duru (UMR AGIR, INRA Toulouse)
Soutenue le : 9 Novembre 2009
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques Vétérinaires Agronomiques Bioingénieries (Toulouse III)
Mots-clés : système fourrager, modélisation, simulation, diversité, flexibilité, comportement gestionnaire
Manuscrit (français)

Guillaume Martin

01 janv. 2009

These SCIDYN

Prédiction de gènes d'ARN dans les séquences génomiques

Soutenue le : 15/06/2009
Directeur de thèse : Christine Gaspin
Co-directeurs : Christine Cierco-Ayrolles et Christian Boucher (Laboratoire des Interactions plantes-microorganismes, INRA, Toulouse)
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénieries (Toulouse III)
Mots-clés : Noncoding RNA detection, Generalised Liner Models, Staphylococcus aureus, HMM, Ralstonia solanacearum, Viterbi training, Compositional bias
Manuscrit : Manuscrit (français)

Ana KOZOMARA

01 janv. 2009

These SaAB

Recherche d'ARN non-codants par réseaux de contraintes pondérées

Soutenue le : 12/12/2007
Directeurs de thèse : Christine Gaspin et Thomas Schiex
Ecole doctorale : Mathématiques, Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit : Manuscrit (français)

Matthias ZYTNICKI

01 janv. 2007

These SaAB