These

Deep learning pour l’amélioration d’assemblages

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki (MIAT, INRAE), Raphaël Mourad (MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco

Alexis Mergez

01 nov. 2024

Méthodes computationnelles pour des modèles de semi-Markov cachés avec effets mixtes - applications à des modèles de ramification de plantes

Directeurs de thèse : Nathalie Peyrard (MIAT, INRAE), Jean-Baptiste Durand (AMAP, CIRAD), Sandra Plancade (MIAT, INRAE)
Début de thèse : 1 octobre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% MathNum (INRAE)

valdeyronmathieu

15 oct. 2024

These ASAP

Optimisation des méthodes d’intégration multi-omique pour l'étude de la biologie des graines chez Camelina sativa

Directeurs de thèse : Loïc Rajjou (IJPB), Marie-Laure Martin (IP2S)
Encadrants de thèse : Anne Goelzer (MIAT), Massimiliano Corso (IJPB)
École doctorale : École doctorale ABIES Agriculture, alimentation, biologie, environnement et santé
Établissement : Université Paris-Saclay
Financement : Formation tout au long de la vie

Nadia Bessoltane

01 oct. 2024

These BioComp

Développement de consortia bactériens synthétiques via des outils de microfluidiques

Directeurs de thèse : Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI), Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 4 Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : Projet ECO-DROP 3BCar – INRAE/INSA, Projet COLLIMATOR (PEPR B-BEST ANR),

Etienne Pujos

03 déc. 2023

These Genotoul-Bioinfo

Impact de l’environnement nucléotidique sur l’évolution de l’hémagglutinine des virus influenza A

Directeurs de thèse : Romain Volmer (UMR 1225 IHAP INRAE ENVT), Christine Gaspin (UR0875, INRAE, MIAT)
Co-encadrante : Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : ANR « RISKEVOL » et projet européen ICRAD « FLU-SWITCH »,

Aldair Martinez

01 déc. 2023

These SaAB Genotoul-Bioinfo

Analyse comparative de données de génomique 3D

Directrices de thèse : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : DG INRAE

Élise Jorge

01 nov. 2023

These ASAP BioComp

Développement d'approches d'apprentissage par renforcement dans les jeux stochastiques pour la coordination en temps réel d'agents de planification autonomes - Application aux jeux de conservation

Directeurs de thèse : Régis Sabbadin (INRAE, MIAT), Meritxell Vinyals (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Novembre 2023
École doctorale : MITT
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : 100% Financement ANR, Projet CHIP-GT

Prasanna Maddila

01 nov. 2023

These DecA

Analyse des graphes de pangénome

Encadrants de thèse : Claire Lemaitre (Inria, Genscale), Thomas Farault (INRAE, GenPhySE), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED601 MATISSE
Établissement : Université de Rennes-I
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Siegfried Dubois

01 oct. 2023

These BioComp

Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Andrea Rau (INRAE, GABI)
École doctorale : MITT
Jusqu’à septembre 2024
Établissement : INSA Toulouse
Financement : 100% PEPR Agroécologie et numérique - AgroDiv

Jeong Hwan Ko

01 oct. 2023

These SaAB

Transfert d'annotations génomiques par graphes de pangénomes

Encadrants de thèse : François Sabot (IRD, PANIC), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED584 GAIA
Établissement : Université de Montpellier
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Nina Marthe

01 oct. 2023

These BioComp