These

Deep learning pour l’amélioration d’assemblages

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki (MIAT, INRAE), Raphaël Mourad (MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco

Alexis Mergez

01 nov. 2024

Méthodes computationnelles pour des modèles de semi-Markov cachés avec effets mixtes - applications à des modèles de ramification de plantes

Directeurs de thèse : Nathalie Peyrard (MIAT, INRAE), Jean-Baptiste Durand (AMAP, CIRAD), Sandra Plancade (MIAT, INRAE)
Début de thèse : 1 octobre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% MathNum (INRAE)

valdeyronmathieu

15 oct. 2024

These SCIDYN

Développement de consortia bactériens synthétiques via des outils de microfluidiques

Directeurs de thèse : Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI), Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 4 Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : Projet ECO-DROP 3BCar – INRAE/INSA, Projet COLLIMATOR (PEPR B-BEST ANR),

Etienne Pujos

03 déc. 2023

These Genotoul Bioinfo

Impact de l’environnement nucléotidique sur l’évolution de l’hémagglutinine des virus influenza A

Directeurs de thèse : Romain Volmer (UMR 1225 IHAP INRAE ENVT), Christine Gaspin (UR0875, INRAE, MIAT)
Co-encadrante : Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : ANR « RISKEVOL » et projet européen ICRAD « FLU-SWITCH »,

Aldair Martinez

01 déc. 2023

These SaAB Genotoul Bioinfo

Analyse comparative de données de génomique 3D

Directrices de thèse : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : DG INRAE

Élise Jorge

01 nov. 2023

These SaAB

Développement d'approches d'apprentissage par renforcement dans les jeux stochastiques pour la coordination en temps réel d'agents de planification autonomes - Application aux jeux de conservation

Directeurs de thèse : Régis Sabbadin (INRAE, MIAT), Meritxell Vinyals (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Novembre 2023
École doctorale : MITT
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : 100% Financement ANR, Projet CHIP-GT

Prasanna Maddila

01 nov. 2023

These SCIDYN

Analyse des graphes de pangénome

Encadrants de thèse : Claire Lemaitre (Inria, Genscale), Thomas Farault (INRAE, GenPhySE), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED601 MATISSE
Établissement : Université de Rennes-I
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Siegfried Dubois

01 oct. 2023

These SaAB

Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Andrea Rau (INRAE, GABI)
École doctorale : MITT
Jusqu’à septembre 2024
Établissement : INSA Toulouse
Financement : 100% PEPR Agroécologie et numérique - AgroDiv

Jeong Hwan Ko

01 oct. 2023

These SaAB

Transfert d'annotations génomiques par graphes de pangénomes

Encadrants de thèse : François Sabot (IRD, PANIC), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED584 GAIA
Établissement : Université de Montpellier
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Nina Marthe

01 oct. 2023

These SaAB

Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes de deux espèces d’arbres forestier (le chêne sessile) et fruitiers (l’abricotier) : focus sur les variants structuraux

Encadrants de thèse : Véronique Decroocq (INRAE, BFP), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 14 septembre 2023
École doctorale : ED154 SVS
Établissement : Université de Bordeaux
Financement : Bourse ministèreille, MESR

Ismaël Blanchard

14 sept. 2023

These SaAB