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BioComp
METAVIRAL - Evaluation de l’apport de la métagénomique clinique par 3ème génération de séquençage pour l’identification de virus émergents
Directeurs de thèse :
Jean-Luc Guérin
(IHAP, INRAE, ENVT),
Benjamin Linard
(INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2025
École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
Établissement : Université de Toulouse
Financement : Région Occitanie
Mikail Kellici
21 oct. 2025
These
BioComp
Développement et mise en oeuvre d'approches d'apprentissage pour l'étude des modifications de l'ARN en lien avec l'adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana
Directeurs de thèse :
Christine Gaspin
(INRAE, MIAT),
Julio Saez Vasquez
(LGDP-CNRS, Perpignan),
Benjamin Charlier
(INRAE, MIAT),
Nathalie Vialaneix
(INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Octobre 2025
École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
Établissement : Université de Toulouse
Financement : PEPR AgroNum
Emma Rodriguez
01 oct. 2025
These
BioComp
Méthodes d'association génotype-phénotype (GWAS) sur graphe de pangénome.
Collaborateur :
Matthias Zytnicki
,
Jean Monlong
Début de contrat : 1er Mai 2025
Financement : INRAE Explorae
Xian-Hui Chang
01 mai 2025
Postdoc
BioComp
Deep learning pour l’amélioration d’assemblages
Directeurs de thèse :
Matthias Zytnicki
(MIAT, INRAE),
Raphaël Mourad
(MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco
Alexis Mergez
01 nov. 2024
These
BioComp
Analyse des graphes de pangénome
Encadrants de thèse :
Claire Lemaitre
(Inria, Genscale),
Thomas Farault
(INRAE, GenPhySE),
Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED601 MATISSE
Établissement : Université de Rennes-I
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique
Siegfried Dubois
01 oct. 2023
These
BioComp
Transfert d'annotations génomiques par graphes de pangénomes
Encadrants de thèse :
François Sabot
(IRD, PANIC),
Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED584 GAIA
Établissement : Université de Montpellier
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique
Nina Marthe
01 oct. 2023
These
BioComp
Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes de deux espèces d’arbres forestier (le chêne sessile) et fruitiers (l’abricotier) : focus sur les variants structuraux
Encadrants de thèse :
Véronique Decroocq
(INRAE, BFP),
Benjamin Linard
(INRAE, MIAT)
Début de thèse : 14 septembre 2023
École doctorale : ED154 SVS
Établissement : Université de Bordeaux
Financement : Bourse ministèreille, MESR
Ismaël Blanchard
14 sept. 2023
These
BioComp