BioComp

Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

Directrices de thèse : Andrea Rau (GABI, INRAE Jouy-en-Josas) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er décembre 2025
Ecole doctorale : ABIES
Etablissement : Université Paris Saclay
Financement : Projet AgroDiv (PEPR AgroEcoNum)

Kossi-Julien Kowou

01 déc. 2025

These ASAP BioComp

2025 - Lancement du réseau scientifique GET-A-PAN

Le réseau GET-A-PAN a été lancé lors de deux journées plénières à Paris, en novembre 2025. Ce réseau scientifique a pour objectif de fédérer les chercheurs et ingénieurs INRAE directement impliqués dans les aspects méthodologiques des analyses pangénomiques.

05 nov. 2025

Faits marquants BioComp Pangenomes

2025 - Lancement du réseau scientifique GET-A-PAN

METAVIRAL - Evaluation de l’apport de la métagénomique clinique par 3ème génération de séquençage pour l’identification de virus émergents

Directeurs de thèse : Jean-Luc Guérin (IHAP, INRAE, ENVT), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2025
École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
Établissement : Université de Toulouse
Financement : Région Occitanie

Mikail Kellici

21 oct. 2025

Développement et mise en oeuvre d'approches d'apprentissage pour l'étude des modifications de l'ARN en lien avec l'adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana

Directeurs de thèse : Christine Gaspin (INRAE, MIAT), Julio Saez Vasquez (LGDP-CNRS, Perpignan), Benjamin Charlier (INRAE, MIAT), Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Octobre 2025
École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
Établissement : Université de Toulouse
Financement : PEPR AgroNum

Emma Rodriguez

01 oct. 2025

Méthodes d'association génotype-phénotype (GWAS) sur graphe de pangénome.

Collaborateur : Matthias Zytnicki, Jean Monlong
Début de contrat : 1er Mai 2025
Financement : INRAE Explorae

Xian-Hui Chang

01 mai 2025

Postdoc BioComp

Deep learning pour l’amélioration d’assemblages

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki (MIAT, INRAE), Raphaël Mourad (MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco

Alexis Mergez

01 nov. 2024

Analyse comparative de données de génomique 3D

Directrices de thèse : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : DG INRAE

Élise Jorge

01 nov. 2023

These ASAP BioComp

Analyse des graphes de pangénome

Encadrants de thèse : Claire Lemaitre (Inria, Genscale), Thomas Farault (INRAE, GenPhySE), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED601 MATISSE
Établissement : Université de Rennes-I
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Siegfried Dubois

01 oct. 2023

Transfert d'annotations génomiques par graphes de pangénomes

Encadrants de thèse : François Sabot (IRD, PANIC), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED584 GAIA
Établissement : Université de Montpellier
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Nina Marthe

01 oct. 2023

Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes de deux espèces d’arbres forestier (le chêne sessile) et fruitiers (l’abricotier) : focus sur les variants structuraux

Encadrants de thèse : Véronique Decroocq (INRAE, BFP), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 14 septembre 2023
École doctorale : ED154 SVS
Établissement : Université de Bordeaux
Financement : Bourse ministèreille, MESR

Ismaël Blanchard

14 sept. 2023