EuGene-PP est la déclinaison procaryote et automatisée d’EuGene, dédiée à l’annotation 100% automatique des génomes bactériens, en particulier en utilisant des données de type RNA-Seq orientées (mais il intègre comme EuGène des informations statistiques, de similarités protéiques…). Il permet en particulier de prédire des gènes non-codants, démarrage de transcription.