Méthodes d'association génotype-phénotype (GWAS) sur graphe de pangénome.

• Collaborateur : Matthias Zytnicki, Jean Monlong
• Début de contrat : 1er Mai 2025
• Financement : INRAE Explorae

Résumé : Toutes les méthodes de génomiques ont été développées en se basant sur un génome de référence. Cette référence, qui constitue souvent une race/cultivar/souche sélectionnée, biaise les analyses situées en aval, comme la GWAS. Le projet est de modifier les approches en utilisant un graphe. Les développements permettront de prendre en compte le réservoir de diversité présents dans les lignées non-modèles, en utilisant notamment les données produites dans le PEPR « Agroécologie & Numérique ». Ils seront effectués en collaboration avec le laboratoire de Jean Molong (INSERM, IRSD, Toulouse).