Séminaires : Différence entre versions

De MIAT INRA
Aller à : navigation, rechercher
(27/11/2020 : Simulation en recherche médicale. Généralités, exemple et problème connexe. Nicolas Savy (IMT))
(25/09/2020 : Titre à venir. Laurent Jacob (CNRS, LBBE))
(9 révisions intermédiaires par 4 utilisateurs non affichées)
Ligne 8 : Ligne 8 :
 
Les présentations peuvent être en français ou en anglais pour une durée d'une heure (45min + questions). Sauf contre-indication, les séminaires ont lieu dans la salle de réunion MIAT à 10h30 le vendredi. L'accès à l'unité MIAT de l'INRA Auzeville/Castanet est indiqué [[Accès_MIAT|ici]] (nous sommes à moins de 30 mètres de la réception&nbsp;!). <!--The seminar of the MIAT Unit of the INRA in Toulouse is a place for scientific and technical exchanges between members of the unit and experts in mathematics, computer science,&#160;agro-ecosystems, bioinformatics ''etc.'' Talks can be on mature ongoing working subjects, on finalized highly specialized projects or have a more informative/educational scope. The focus can be on methodological aspects as well as on applications. Some presentations during other local seminars can be flagged as highly interesting to the usual audience of the MIAT seminar.  
 
Les présentations peuvent être en français ou en anglais pour une durée d'une heure (45min + questions). Sauf contre-indication, les séminaires ont lieu dans la salle de réunion MIAT à 10h30 le vendredi. L'accès à l'unité MIAT de l'INRA Auzeville/Castanet est indiqué [[Accès_MIAT|ici]] (nous sommes à moins de 30 mètres de la réception&nbsp;!). <!--The seminar of the MIAT Unit of the INRA in Toulouse is a place for scientific and technical exchanges between members of the unit and experts in mathematics, computer science,&#160;agro-ecosystems, bioinformatics ''etc.'' Talks can be on mature ongoing working subjects, on finalized highly specialized projects or have a more informative/educational scope. The focus can be on methodological aspects as well as on applications. Some presentations during other local seminars can be flagged as highly interesting to the usual audience of the MIAT seminar.  
 
Presentations can be either in English or in French. According to the presentation, a typical seminar lasts from 45min to a couple of hours. Unless otherwise stated, it is held in the MIAT meeting room at 10.30 on Fridays. Acces to the INRA Auzeville/Castanet, MIAT unit is indicated [[Accès_MIAT|here]] (we're less than 30 meters from the reception&#160;!). -->
 
Presentations can be either in English or in French. According to the presentation, a typical seminar lasts from 45min to a couple of hours. Unless otherwise stated, it is held in the MIAT meeting room at 10.30 on Fridays. Acces to the INRA Auzeville/Castanet, MIAT unit is indicated [[Accès_MIAT|here]] (we're less than 30 meters from the reception&#160;!). -->
 
&nbsp;
 
 
  
  
 +
== Séminaires de l'année en cours et séminaires futurs ==
  
== Séminaires de l'année en cours et séminaires futurs ==
+
==== 04/12/2020&nbsp;: ''Journée des doctorants du pôle IMABS'' ====
  
 
==== 27/11/2020&nbsp;: ''Simulation en recherche médicale. Généralités, exemple et problème connexe.'' [https://perso.math.univ-toulouse.fr/savy/ Nicolas Savy] (IMT) ====
 
==== 27/11/2020&nbsp;: ''Simulation en recherche médicale. Généralités, exemple et problème connexe.'' [https://perso.math.univ-toulouse.fr/savy/ Nicolas Savy] (IMT) ====
  
 
:'''Résumé&nbsp;:''' Un des axes du projet Big Data financé par la Région Occitanie et porté par l’Institut de Mathématiques de Toulouse était une réflexion générale sur la notion de simulation en recherche médicale et sur la pertinence de méthodes de simulation dans ce contexte. Une présentation des fruits de cette réflexion qui soyons honnête à fait émerger plus de problèmes que de solutions, sera présenté dans un première partie. Dans une deuxième partie sera présenté un exemple de modèle à agents développé dans le contexte médico-économique du passage aux génériques des anti retro-viraux. Enfin un des points saillants pour la mise au place de méthodes par simulation en recherche médicale est la calibration des modèles sous-jacents. Si des bases existent elles sont souvent difficiles à exploiter dans un contexte dédié pour des questions d’homogénéité des codages. C’est une question très vaste pour laquelle nous avons développé un début de solution par l’algorithme “OT”. Il s’agit d’un algorithme de recodage de variables basé sur le transport optimal qui sera présenté en troisième partie de cet exposé.
 
:'''Résumé&nbsp;:''' Un des axes du projet Big Data financé par la Région Occitanie et porté par l’Institut de Mathématiques de Toulouse était une réflexion générale sur la notion de simulation en recherche médicale et sur la pertinence de méthodes de simulation dans ce contexte. Une présentation des fruits de cette réflexion qui soyons honnête à fait émerger plus de problèmes que de solutions, sera présenté dans un première partie. Dans une deuxième partie sera présenté un exemple de modèle à agents développé dans le contexte médico-économique du passage aux génériques des anti retro-viraux. Enfin un des points saillants pour la mise au place de méthodes par simulation en recherche médicale est la calibration des modèles sous-jacents. Si des bases existent elles sont souvent difficiles à exploiter dans un contexte dédié pour des questions d’homogénéité des codages. C’est une question très vaste pour laquelle nous avons développé un début de solution par l’algorithme “OT”. Il s’agit d’un algorithme de recodage de variables basé sur le transport optimal qui sera présenté en troisième partie de cet exposé.
 +
  
 
==== 13/11/2020&nbsp;: ''Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes''. Cyprien Guérin (Inrae, MaIAGE) ====
 
==== 13/11/2020&nbsp;: ''Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes''. Cyprien Guérin (Inrae, MaIAGE) ====
  
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  Les systèmes de culture continue en bioréacteurs restent, malgré leur intérêt, peu utilisés dans les laboratoires de microbiologie. L’objectif de ce projet de thèse est de faciliter leur mise en œuvre en proposant un nouveau système modulaire de mini-bioréacteurs pilotés par ordinateur en s’appuyant sur les opportunités offertes par l’essor des technologies de fabrication numérique et des microcontrôleurs programmables. Les volumes de culture visés sont de l’ordre de 5 à 10 mL afin de permettre des plans d’expériences complexes pouvant impliquer de nombreux bioréacteurs (en parallèle, en cascade, avec suivi et contrôle en temps réel, ...). Comme preuves de concept, plusieurs applications chez la bactérie Gram-positive ''Bacillus subtilis'' sont envisagées aussi bien dans des contextes d’évolution expérimentale et dirigée que pour des études physiologiques s’appuyant sur de la comparaison de transcriptomes..
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  Les systèmes de culture continue en bioréacteurs restent, malgré leur intérêt, peu utilisés dans les laboratoires de microbiologie. L’objectif de ce projet de thèse est de faciliter leur mise en œuvre en proposant un nouveau système modulaire de mini-bioréacteurs pilotés par ordinateur en s’appuyant sur les opportunités offertes par l’essor des technologies de fabrication numérique et des microcontrôleurs programmables. Les volumes de culture visés sont de l’ordre de 5 à 10 mL afin de permettre des plans d’expériences complexes pouvant impliquer de nombreux bioréacteurs (en parallèle, en cascade, avec suivi et contrôle en temps réel, ...). Comme preuves de concept, plusieurs applications chez la bactérie Gram-positive ''Bacillus subtilis'' sont envisagées aussi bien dans des contextes d’évolution expérimentale et dirigée que pour des études physiologiques s’appuyant sur de la comparaison de transcriptomes..
 +
 +
 +
<h4> 06/11/2020&#160;: <i>Titre à venir</i>. Etienne Delay (CIRAD, GREEN) </h4>
  
 
==== 23-30/10/2020&nbsp;: Pas de séminaire (vacances scolaires) ====
 
==== 23-30/10/2020&nbsp;: Pas de séminaire (vacances scolaires) ====
 +
  
 
==== 09/10/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. [https://iscpif.fr/projects/romain-reuillon/ Romain Reuillon] (CNRS, ISC-PIF) ====
 
==== 09/10/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. [https://iscpif.fr/projects/romain-reuillon/ Romain Reuillon] (CNRS, ISC-PIF) ====
  
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  À venir.
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  À venir.
 +
  
 
==== 02/10/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. [https://www.ummisco.fr/?page_id=1150 Tri Nguyen-Huu] (IRD) ====
 
==== 02/10/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. [https://www.ummisco.fr/?page_id=1150 Tri Nguyen-Huu] (IRD) ====
Ligne 34 : Ligne 38 :
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  À venir.
 
:'''Résumé'''&nbsp;:  À venir.
  
==== 25/09/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. [https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jacob-Laurent-.html?lang=fr Laurent Jacob] (CNRS, LBBE) ====
+
 
 +
==== 25/09/2020&nbsp;: ''Learning with pangenomes''. [https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jacob-Laurent-.html?lang=fr Laurent Jacob] (CNRS, LBBE) ====
  
 
:'''Résumé'''&nbsp;: As the number and variety of sequenced genomes grows, representing them by comparison to a single reference leads to an increasing level of approximation, discarding accessory genes, rearrangements and repeated regions. This problem is particularly acute when studying microbial genomes or metagenomes, and hinders essential statistical tasks such as GWAS or prediction in this context. I will discuss genome representations which are well suited to statistical analysis when genomes are ill-suited to alignment or even assembly.  
 
:'''Résumé'''&nbsp;: As the number and variety of sequenced genomes grows, representing them by comparison to a single reference leads to an increasing level of approximation, discarding accessory genes, rearrangements and repeated regions. This problem is particularly acute when studying microbial genomes or metagenomes, and hinders essential statistical tasks such as GWAS or prediction in this context. I will discuss genome representations which are well suited to statistical analysis when genomes are ill-suited to alignment or even assembly.  
  
  
==== 18/09/2020&nbsp;: ''Titre à venir''. Nicolas Paget (CIRAD) ====
+
<h4> 18/09/2020&#160;: <i>Partager de l'information pour faire face à un virus. Etude de cas en ostréiculture via un modèle multi-agent.</i> Nicolas Paget (CIRAD) </h4><dl><dd><b>Résumé</b>&#160;:  le postulat selon lequel le partage d'information permet de meilleures prises de décisions est fortement ancré. En développant un modèle multi-agent sur la plateforme Cormas, nous avons questionné ce postulat. Depuis quelques années, les ostréiculteurs font face à un virus (os-hv1) au fort taux de létalité. Ce virus n'est que mal connu. Dans le modèle, les agents, de rationalités variées, partagent leurs expériences et en tirent des leçons pour leurs pratiques. Nous étudions alors le type de décision prise par les agents en fonction de scénarios de partage de l'informations et d'hétérogénéité des agents. Les résultats montrent que l'hétérogénéité des agents permet une meilleure exploration de l'espace des possibles et qu'un partage et une interprétation trop radicaux des expériences de chacun à un effet contreproductif. Ce travail a été effectué en thèse. Lors de cette présentation, j'évoquerai aussi des travaux ou pistes de travaux plus récents ou en cours d'initialisation dans l'idée de susciter des collaborations.</dd></dl>
  
:'''Résumé'''&nbsp;:  À venir.
+
==== 11/09/2020&nbsp;: ''Thigmoimmunité végétale. Comment la mécanoperception participe à la réponse immunitaire''. Adelin Barbacci (LIPM) ====
  
==== ''11/09/2020''&nbsp;: ''Thigmoimmunité végétale. Comment la mécanoperception participe à la réponse immunitaire''. Adelin Barbacci (LIPM) ====
+
:'''Résumé'''&nbsp;: Les attaques de parasites sont responsables chaque année de pertes de récolte considérables à travers le monde. La recherche de sources génétiques de résistance durable chez les plantes constitue un levier important pour répondre à la demande alimentaire mondiale. ''Sclerotinia sclerotiorum'' est le champignon pathogène responsable de la maladie de la pourriture blanche sur plus de 400 espèces végétales, causant plusieurs millions d’euros de pertes de récolte chaque année, notamment sur colza. Comme la majorité des agents pathogènes, ''S. sclerotiorum'' utilise la sécrétion de molécules effectrices pour manipuler la physiologie des plantes hôtes et favoriser son développement. La mise en place de la QDR est consécutive à la perception du champignon. Toutefois, contrairement à la résistance gène-pour-gène plus largement étudiée, la QDR mobilise de nombreux réseaux de gènes qui sont encore méconnus et ne sont pas tous spécifiquement dédiés à l’immunité. Or, l'interaction plante-champignon met en jeu des signaux mécaniques importants, intrinsèques à la pénétration des tissus de l’hôte.
 +
:Au cours de ces deux dernières années nous avons réussi à montrer que les signaux mécaniques jouent un rôle de premier plan dans la mise en place de la réponse immunitaire et qu’il était possible de moduler fortement le niveau de résistance des plantes grâce à des ondes mécaniques. Ce travail est le fruit d’une collaboration étroite entre des équipes de physique (Aroune Duclos Laboratoire d’Acoustique de l’Université du Mans), de physiologie végétale (Nathalie Leblanc-Fournier INRA PIAF Clermont, Tou-Cheu Xiong INRA BPMP Montpellier) de biologie moléculaire (Adelin Barbacci LIPM) et de modélisation mathématique et informatique (Frédérick Garcia MIAT). C’est également le point de départ de la thèse de Khaoula Hadj-Amor coencadrée par MIAT et le LIPM. L’exposé s’attachera à présenter nos aventures entre mécanoperception, proprioception et réponse immunitaire.
  
:'''Résumé'''&nbsp;:  Les attaques de parasites sont responsables chaque année de pertes de récolte considérables à travers le monde. La recherche de sources génétiques de résistance durable chez les plantes constitue un levier important pour répondre à la demande alimentaire mondiale. ''Sclerotinia sclerotiorum'' est le champignon pathogène responsable de la maladie de la pourriture blanche sur plus de 400 espèces végétales, causant plusieurs millions d’euros de pertes de récolte chaque année, notamment sur colza. Comme la majorité des agents pathogènes, ''S. sclerotiorum'' utilise la sécrétion de molécules effectrices pour manipuler la physiologie des plantes hôtes et favoriser son développement. La mise en place de la QDR est consécutive à la perception du champignon. Toutefois, contrairement à la résistance gène-pour-gène plus largement étudiée, la QDR mobilise de nombreux réseaux de gènes qui sont encore méconnus et ne sont pas tous spécifiquement dédiés à l’immunité. Or, l'interaction plante-champignon met en jeu des signaux mécaniques importants, intrinsèques à la pénétration des tissus de l’hôte.
+
== Séminaires reportés à une date ultérieure ==
:Au cours de ces deux dernières années nous avons réussi à montrer que les signaux mécaniques jouent un rôle de premier plan dans la mise en place de la réponse immunitaire et qu’il était possible de moduler fortement le niveau de résistance des plantes grâce à des ondes mécaniques. Ce travail est le fruit d’une collaboration étroite entre des équipes de physique (Aroune Duclos Laboratoire d’Acoustique de l’Université du Mans), de physiologie végétale (Nathalie Leblanc-Fournier INRA PIAF Clermont, Tou-Cheu Xiong INRA BPMP Montpellier) de biologie moléculaire (Adelin Barbacci LIPM) et de mathématiques appliquées (Frédérick Garcia MIAT). C’est également le point de départ de la thèse de Khaoula Hadj-Amor coencadrée par MIAT et le LIPM. L’exposé s’attachera à présenter nos aventures entre mécanoperception, proprioception et réponse immunitaire.
 
  
==== ''Séminaire prévu''&nbsp;: ''Optimal convergence rates for Nesterov acceleration.'' [https://perso.math.univ-toulouse.fr/rondepierre/ Aude Rondepierre] (INSA/IMT) ====
+
==== ''Optimal convergence rates for Nesterov acceleration.'' [https://perso.math.univ-toulouse.fr/rondepierre/ Aude Rondepierre] (INSA/IMT) ====
  
 
:'''Résumé&nbsp;:''' In this talk, we will give new optimal decay rates for the Nesterov acceleration scheme of classical gradient descent depending on the local geometry of the function to minimize. Only bounds on the rates are known for convex or strongly convex functions. We will give a more complete description of this rates using Lojasievicz and flatness conditions and explain how these decays can be obtained studying an ODE.
 
:'''Résumé&nbsp;:''' In this talk, we will give new optimal decay rates for the Nesterov acceleration scheme of classical gradient descent depending on the local geometry of the function to minimize. Only bounds on the rates are known for convex or strongly convex functions. We will give a more complete description of this rates using Lojasievicz and flatness conditions and explain how these decays can be obtained studying an ODE.
 
 
:This is a joint work with V. Apidopoulos, J.-F. Aujol and Ch. Dossal.
 
:This is a joint work with V. Apidopoulos, J.-F. Aujol and Ch. Dossal.
  
====  ''Séminaire prévu''&nbsp;: ''KeOps: Kernel Operations on the GPU, with autodiff, without memory overflows''. [https://imag.umontpellier.fr/~charlier/ Benjamin Charlier] (Université de Montpellier, ARAMIS)====
 
 
:
 
::'''Résumé&nbsp;:''' The KeOps library lets you compute generic reductions of large 2d arrays whose entries are given by a mathematical formula.  It is perfectly suited to the computation of convolutions (or more generally to Kernel dot products) and the associated gradients (with an automatic differentiation engine).
 
  
::KeOps is fast as it allows you to compute Gaussian convolution up to 40 times faster than a standard tensor algebra library that use GPU. KeOps is scalable and can be used on large data (typically from n=10^3 to n=10^7 number of rows/columns): it combines a tiled reduction scheme and works even when the full kernel matrix does not/fit into the GPU memory. Finally, KeOps is easy to use as it comes with its Matlab, Python (NumPy or PyTorch) and R bindings.
+
==== ''KeOps: Kernel Operations on the GPU, with autodiff, without memory overflows''. [https://imag.umontpellier.fr/~charlier/ Benjamin Charlier] (Université de Montpellier, ARAMIS)====
  
::Web site: http://www.kernel-operations.io
+
:'''Résumé&nbsp;:''' The KeOps library lets you compute generic reductions of large 2d arrays whose entries are given by a mathematical formula.  It is perfectly suited to the computation of convolutions (or more generally to Kernel dot products) and the associated gradients (with an automatic differentiation engine).
 +
:KeOps is fast as it allows you to compute Gaussian convolution up to 40 times faster than a standard tensor algebra library that use GPU.  KeOps is scalable and can be used on large data (typically from n=10^3 to n=10^7 number of rows/columns): it combines a tiled reduction scheme and works even when the full kernel matrix does not/fit into the GPU memory. Finally, KeOps is easy to use as it comes with its Matlab, Python (NumPy or PyTorch) and R bindings.
 +
:Web site: http://www.kernel-operations.io
  
 
== Séminaires passés / Past seminars ==
 
== Séminaires passés / Past seminars ==

Version du 14 septembre 2020 à 09:19

Séminaires de l'unité MIAT

Pyrenees-morning.jpg

Le séminaire de l'équipe MIAT de l'INRA de Toulouse est un endroit d'échanges scientifiques et techniques entre les membre de l'unité et des experts en mathématiques, informatique, agro-écosystèmes, bioinformatique, etc. Les présentations peuvent être sur des travaux en cours, des projets finalisés hautement spécialisés ou à valeur plus éducative / informationnelle. Les aspects mis en avant peuvent être d'ordre méthodologique ou applicatif.

Les présentations peuvent être en français ou en anglais pour une durée d'une heure (45min + questions). Sauf contre-indication, les séminaires ont lieu dans la salle de réunion MIAT à 10h30 le vendredi. L'accès à l'unité MIAT de l'INRA Auzeville/Castanet est indiqué ici (nous sommes à moins de 30 mètres de la réception !).


Séminaires de l'année en cours et séminaires futurs

04/12/2020 : Journée des doctorants du pôle IMABS

27/11/2020 : Simulation en recherche médicale. Généralités, exemple et problème connexe. Nicolas Savy (IMT)

Résumé : Un des axes du projet Big Data financé par la Région Occitanie et porté par l’Institut de Mathématiques de Toulouse était une réflexion générale sur la notion de simulation en recherche médicale et sur la pertinence de méthodes de simulation dans ce contexte. Une présentation des fruits de cette réflexion qui soyons honnête à fait émerger plus de problèmes que de solutions, sera présenté dans un première partie. Dans une deuxième partie sera présenté un exemple de modèle à agents développé dans le contexte médico-économique du passage aux génériques des anti retro-viraux. Enfin un des points saillants pour la mise au place de méthodes par simulation en recherche médicale est la calibration des modèles sous-jacents. Si des bases existent elles sont souvent difficiles à exploiter dans un contexte dédié pour des questions d’homogénéité des codages. C’est une question très vaste pour laquelle nous avons développé un début de solution par l’algorithme “OT”. Il s’agit d’un algorithme de recodage de variables basé sur le transport optimal qui sera présenté en troisième partie de cet exposé.


13/11/2020 : Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes. Cyprien Guérin (Inrae, MaIAGE)

Résumé : Les systèmes de culture continue en bioréacteurs restent, malgré leur intérêt, peu utilisés dans les laboratoires de microbiologie. L’objectif de ce projet de thèse est de faciliter leur mise en œuvre en proposant un nouveau système modulaire de mini-bioréacteurs pilotés par ordinateur en s’appuyant sur les opportunités offertes par l’essor des technologies de fabrication numérique et des microcontrôleurs programmables. Les volumes de culture visés sont de l’ordre de 5 à 10 mL afin de permettre des plans d’expériences complexes pouvant impliquer de nombreux bioréacteurs (en parallèle, en cascade, avec suivi et contrôle en temps réel, ...). Comme preuves de concept, plusieurs applications chez la bactérie Gram-positive Bacillus subtilis sont envisagées aussi bien dans des contextes d’évolution expérimentale et dirigée que pour des études physiologiques s’appuyant sur de la comparaison de transcriptomes..


06/11/2020 : Titre à venir. Etienne Delay (CIRAD, GREEN)

23-30/10/2020 : Pas de séminaire (vacances scolaires)

09/10/2020 : Titre à venir. Romain Reuillon (CNRS, ISC-PIF)

Résumé : À venir.


02/10/2020 : Titre à venir. Tri Nguyen-Huu (IRD)

Résumé : À venir.


25/09/2020 : Learning with pangenomes. Laurent Jacob (CNRS, LBBE)

Résumé : As the number and variety of sequenced genomes grows, representing them by comparison to a single reference leads to an increasing level of approximation, discarding accessory genes, rearrangements and repeated regions. This problem is particularly acute when studying microbial genomes or metagenomes, and hinders essential statistical tasks such as GWAS or prediction in this context. I will discuss genome representations which are well suited to statistical analysis when genomes are ill-suited to alignment or even assembly.


18/09/2020 : Partager de l'information pour faire face à un virus. Etude de cas en ostréiculture via un modèle multi-agent. Nicolas Paget (CIRAD)

Résumé : le postulat selon lequel le partage d'information permet de meilleures prises de décisions est fortement ancré. En développant un modèle multi-agent sur la plateforme Cormas, nous avons questionné ce postulat. Depuis quelques années, les ostréiculteurs font face à un virus (os-hv1) au fort taux de létalité. Ce virus n'est que mal connu. Dans le modèle, les agents, de rationalités variées, partagent leurs expériences et en tirent des leçons pour leurs pratiques. Nous étudions alors le type de décision prise par les agents en fonction de scénarios de partage de l'informations et d'hétérogénéité des agents. Les résultats montrent que l'hétérogénéité des agents permet une meilleure exploration de l'espace des possibles et qu'un partage et une interprétation trop radicaux des expériences de chacun à un effet contreproductif. Ce travail a été effectué en thèse. Lors de cette présentation, j'évoquerai aussi des travaux ou pistes de travaux plus récents ou en cours d'initialisation dans l'idée de susciter des collaborations.

11/09/2020 : Thigmoimmunité végétale. Comment la mécanoperception participe à la réponse immunitaire. Adelin Barbacci (LIPM)

Résumé : Les attaques de parasites sont responsables chaque année de pertes de récolte considérables à travers le monde. La recherche de sources génétiques de résistance durable chez les plantes constitue un levier important pour répondre à la demande alimentaire mondiale. Sclerotinia sclerotiorum est le champignon pathogène responsable de la maladie de la pourriture blanche sur plus de 400 espèces végétales, causant plusieurs millions d’euros de pertes de récolte chaque année, notamment sur colza. Comme la majorité des agents pathogènes, S. sclerotiorum utilise la sécrétion de molécules effectrices pour manipuler la physiologie des plantes hôtes et favoriser son développement. La mise en place de la QDR est consécutive à la perception du champignon. Toutefois, contrairement à la résistance gène-pour-gène plus largement étudiée, la QDR mobilise de nombreux réseaux de gènes qui sont encore méconnus et ne sont pas tous spécifiquement dédiés à l’immunité. Or, l'interaction plante-champignon met en jeu des signaux mécaniques importants, intrinsèques à la pénétration des tissus de l’hôte.
Au cours de ces deux dernières années nous avons réussi à montrer que les signaux mécaniques jouent un rôle de premier plan dans la mise en place de la réponse immunitaire et qu’il était possible de moduler fortement le niveau de résistance des plantes grâce à des ondes mécaniques. Ce travail est le fruit d’une collaboration étroite entre des équipes de physique (Aroune Duclos Laboratoire d’Acoustique de l’Université du Mans), de physiologie végétale (Nathalie Leblanc-Fournier INRA PIAF Clermont, Tou-Cheu Xiong INRA BPMP Montpellier) de biologie moléculaire (Adelin Barbacci LIPM) et de modélisation mathématique et informatique (Frédérick Garcia MIAT). C’est également le point de départ de la thèse de Khaoula Hadj-Amor coencadrée par MIAT et le LIPM. L’exposé s’attachera à présenter nos aventures entre mécanoperception, proprioception et réponse immunitaire.

Séminaires reportés à une date ultérieure

Optimal convergence rates for Nesterov acceleration. Aude Rondepierre (INSA/IMT)

Résumé : In this talk, we will give new optimal decay rates for the Nesterov acceleration scheme of classical gradient descent depending on the local geometry of the function to minimize. Only bounds on the rates are known for convex or strongly convex functions. We will give a more complete description of this rates using Lojasievicz and flatness conditions and explain how these decays can be obtained studying an ODE.
This is a joint work with V. Apidopoulos, J.-F. Aujol and Ch. Dossal.


KeOps: Kernel Operations on the GPU, with autodiff, without memory overflows. Benjamin Charlier (Université de Montpellier, ARAMIS)

Résumé : The KeOps library lets you compute generic reductions of large 2d arrays whose entries are given by a mathematical formula. It is perfectly suited to the computation of convolutions (or more generally to Kernel dot products) and the associated gradients (with an automatic differentiation engine).
KeOps is fast as it allows you to compute Gaussian convolution up to 40 times faster than a standard tensor algebra library that use GPU. KeOps is scalable and can be used on large data (typically from n=10^3 to n=10^7 number of rows/columns): it combines a tiled reduction scheme and works even when the full kernel matrix does not/fit into the GPU memory. Finally, KeOps is easy to use as it comes with its Matlab, Python (NumPy or PyTorch) and R bindings.
Web site: http://www.kernel-operations.io

Séminaires passés / Past seminars

Lien vers la Liste des séminaires passés de l'unité MIAT.

Contacts

Si vous souhaitez présentez vos travaux durant le séminaire MIAT, n'hésitez pas à contacter Patrick Taillandier ou Matthias Zytnicki.

Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
IMABS
Outils personnels