NETBIO

Réseau méthodologique MIA "Inférence de réseaux (biologiques)" NETBIO

thème prioritaire  : Construction de modèles complexes, inférence de structure

animateurs  : Julien Chiquet, Étienne Delannoy, Marie-Laure Martin-Magniette, Françoise Monéger, Guillem Rigaill et Nathalie Vialaneix

Contexte et enjeux du réseau

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. C'est pourquoi la vocation de NETBIO est de créer un espace pour échanger sur les méthodes statistiques et bioinformatiques pour la construction et l'analyse de graphes et de discuter de l'adéquation de la modélisation par rapport aux problématiques biologiques.

Le poster de présentation du réseau (AG département MIA, septembre 2016) :

NETBIO en 2020... et 2021 !

NETBIO aura lieu en 2020 en version confinée selon une séance d'une demi journée en décembre, mars et juin.

Troisième journée : le 21 juin de 14h à 17h : programme et informations de connexion à venir !

Seconde journée : le 16 mars de 14h à 17h à ce lien. Pour obtenir le mot de passe, envoyez un email à Nathalie.

14h-14h15 : Accueil et un petit mot d'introduction

14h15-15h15 : Mathieu Emily (AgroCamupsOuest, Rennes) Analyzing (complex) systems with Structural Equation Modelling diaporama

15h15-15h45 : Sébastain Mira (AgroCamupsOuest, Rennes) Application de la modélisation par équations structurales en écologie. Exemple d'un système sol-racines-plante

15h45-16h30 : Anne Goelzer (MAIAGE, INRAE Jouy-en-Josas) Automated generation of resource allocation models at cellular scales: from prokaryotic to eukaryotic cells diaporama

16h30-17h : Discussions

Première journée : le 8 décembre de 14h à 17h à ce lien (zoom). Pour obtenir le mot de passe, envoyez un email à Nathalie.

14h-14h15 : Accueil et un petit mot d'introduction

14h15-15h15 : Raphaelle Momal (MIA-Paris) Inférence de réseau avec reconstruction d'acteurs manquants diaporama

15h15-15h45 : Océane Cassan (BPMP) DIANE : Dashboard for the Inference and Analysis of Networks from Expression data diaporama

15h45-16h15 : Diego Hartasanchez Frenk (RDP) Sepal morphology and gene expression in Arabidopsis thaliana diaporama

16h15-17h : Discussions

Réunion Saclay 14-16 octobre 2019

Les prochaines journées NETBIO auront lieu du 13 au 16 octobre prochains à Saclay (amphithéatre de l'IPS2 voir ici pour l'accès). En plus du soutien habituel du département MIA de l'INRA, elles sont soutenues par :

le GDR BIM

l'Université Paris Saclay et le Labex SPS

Programme

Lundi 14 octobre

• 10h00-10h15 : Accueil
• 10h15-10h30 : Introduction (Marie-Laure Martin-Magniette)
• 10h30-11h30 : Olivier Gandrillon (LBMC, Lyon) / Arnaud Bonnaffoux (Société Vidium, Lyon) Inferring mechanistic gene regulatory networks from single cell data diaporama
• 11h30-12h30 : Mikael Lucas (DiADE, Montpellier) / Kevin Bellande (DiADE, Montpellier) Dynamics of Gene Regulatory Network Governing de novo Lateral Root Primordium Development diaporama

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h00-15h00 : Etienne Delannoy (IPS2, Gif-Sur-Yvette) / Pierre Latouche (Université de Paris, Paris) Identification de modules fonctionnelles par l’analyse topologique d’un reseau de corégulation diaporama
• 15h00-16h00 : Mathieu Thomas (AGAP, Montpellier) / Pierre Barbillon (MIA-Paris, Paris) Influence des réseaux de circulation de semences sur l'évolution de la diversité génétique des espèces cultivées diaporama
• 16h00-16h30 : Pause
• 16h30-17h30 : Laurence Liaubet (GenPhySE, Toulouse) / Nathalie Vialaneix (MIA-T, Toulouse) Combining co-expression and co-location for gene network inference in porcine muscle development in late gestation diaporama

Mardi 15 octobre

• 08h45-09h00 : Accueil
• 09h00-10h30 : Sophie Donnet (MIA-Paris, Paris) Introduction aux réseaux bi-partites diaporama
• 10h30-11h00 : Pause
• 11h00-12h00 : Engelbert Mephu Nguifo (LIMOS, Clermont Ferrand) A novel computational approach for global alignment of multiple biological networks diaporama

12h00-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h00-15h00 : Julie Aubert (MIA-Paris, Paris) Latent block model for overdispersed count data. Application in microbial ecology diaporama
• 15h00-15h30 : Clémence Karmann (IECL/INRIA, Nancy) Méthode des knockoffs revisités pour la sélection de variables. Application à l'inférence de réseaux pour modèles inflatés en zéro diaporama
• 15h30-16h00 : Pause
• 16h00-16h30 : Martina Sundqvist (MIA-Paris, Orsay) Cluster stability for class dicovery: when and how to use it? diaporama
• 16h30-17h00 : Audrey Hulot (GABI, Jouy-en-Josas) Fast tree aggregation for consensus hierarchical clustering diaporama

Mercredi 16 octobre

• 09h30-10h30 : Vincent Fromion (MaIAGE, Jouy-en-Josas) La modélisation systémique de la cellule constitue-t-elle une base utile de la représentation des liens entre les entités de la cellule à travers des « graphes » ? diaporama
• 10h30-11h00 : Léa Boyrie (LRSV, Toulouse) Towards a network approach to detect genome-wide signature of gene coadaptation using SNP data diaporama
• 11h00-11h30 : Pause
• 11h30-12h30 : Actualités NETBIO

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h00-14h30 : Stéphane Robin (MIA-Paris, Paris) Analyse topologique d’un réseau inféré diaporama
• 14h30-15h00 : Christophe Giraud (LMO, Orsay) Forces et faiblesses du mean-field varational bayes inférence
• 15h00-15h30 : Perrine Lacroix (IPS2/LMO, Orsay) Comparaison de méthodes d’inférence de graphe diaporama
• 15h30-16h00 : Michael Pierrelee (IBDM, Marseille) TimeNexus identifies dynamic pathways from gene expression time-series using temporal networks diaporama
• 16h00-16h15 : Clôture des journées

Réunion Montpellier 13-14 décembre 2018

Les journées NETBIO 2018 ont eu lieu lieu les 13 et 14 décembre à Montpellier (salle des conseils, campus SupAgro - Comment venir ?).

Elles sont soutenues par le GDR BIM.

Programme

Jeudi 13 décembre

• 8h45-9h00 : Accueil
• 9h00-10h00 : Cédric Gaucherel (CIRAD, Montpellier) Ecosystems are developing! Qualitative modeling of complex interaction networks diaporama
• 10h-10h30 : Raphaelle Momal (MIA-Paris) Inférence de réseaux écologiques à partir d'arbres latents dans un modèle Poisson Log-Normal diaporama
• 10h30-11h00 : Pause
• 11h00-11h30 : Jérémy Lavarenne (Université de Montpellier et Biogemma) Adaptation des céréales au déficit hydrique : recherche de gènes maîtres du développement racinaire par une approche de biologie des systèmes
• 11h30-12h00 : Lise Pomiès (MIAT, INRA Toulouse) Choisir une méthode d'inférence adaptée à l'étude d'un processus biologique via la simulation de données diaporama
• 12h00-12h30 : Charlotte Henriet (INRA, Dijon) Étude de l'impact d’une sécheresse combinée à une carence en soufre chez le pois : intégration de données multi-omiques

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h-14h30 : Étienne Delannoy (IPS2, Saclay) Une méta-analyse transcriptomique identifie une réponse globale aux stress chez Arabidopsis diaporama
• 14h30-15h00 : Ilana Lambert (LSTM, Montpellier) De l'expression des gènes aux réseaux : développement d'un package R pour l'analyse et la visualisation des données RNA-seq diaporama
• 15h-15h30 : Actualités NETBIO
• 15h30-16h00 : Pause
• 16h00-17h00 : Russell Harmer (CNRS, Lyon) Bio-curation for cellular signalling diaporama
• 17h00-18h00 : Yann Boursiac (INRA, BPMP Montpellier) et Didier Felbacq (Univ Montpellier, Laboratoire Charles Coulomb Montpellier) Understanding water transport in roots with the help of a keyboard and pipettes

Vendredi 14 décembre

• 9h00-10h00 : Soazig Guyomarc'h (Montpellier, Université) Inference, analysis and experimental investigation of gene regulatory networks controlling lateral root organogenesis in the model plant Arabidopsis thaliana
• 10h00-10h30 : May Taha (Montpellier, Université) Combining genome features for gene expression modeling using convolutional network diaporama
• 10h30-11h00 : Nadine Hilgert (Montpellier, Mistea) Phénotypage haut débit des plantes : prétraitement et analyses diaporama
• 11h00-11h30 : Pause
• 11h30-13h00 : Franck Picard (CNRS, Lyon) Introduction au single-cell diaporama

École-Chercheurs De l'expression des gènes aux réseaux - mai à décembre 2017

Après le succès de l'école d'été SPS « From gene expression to genomic network » organisée à Port Royal, Saint-Lambert, en juillet 2016, le LabEx a souhaité proposé une école-chercheur sur les mêmes thématiques. Les informations sont disponibles à ce lien.

Réunion Paris-Agro novembre 2017

Les prochaines journées NETBIO auront lieu les 10 et 11 novembre prochains à AgroParisTech (salle 30). Cette journée est soutenue par le [GDR BIM].

Programme

Jeudi 9 novembre

• 9h45-10h00 : Accueil
• 10h00-11h30 : Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, MIA-Paris) Un réseau, quoi, pourquoi, comment ? diaporama
• 11h30-12h30 : Gabriel Krouk (CNRS, Montpellier) Réseaux de régulation génique : que nous apprennent les plantes ? diaporama

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h-14h30 : Simon de Givry (MIA-T, Toulouse) Sélection de facteurs de transcription du tournesol reliés à la sécheresse
• 14h30-15h00 : Marie Perrot-Dockes (MIA-Paris) Méthode de sélection de variables dans le modèle linéaire multivarié avec prise en compte de la dépendance : application à des données de métabolomique diaporama
• 15h00-15h30 : Alyssa Imbert (MIA-T, Toulouse) Imputation d'individus manquants pour l'inférence de réseau RNAseq diaporama
• 15h30-16h00 : Pause
• 16h00-17h00 : Christophe Ambroise (UEVE, MIA-Paris) Graphical model inference with unobserved variables via latent tree aggregation diaporama
• 17h00-17h30 : Actualités NETBIO et discussion

Vendredi 10 novembre

• 9h30-10h30 : Sarah Ouadah (MIA-Paris) Goodness-of-fit tests for heterogeneous random graph models diaporama
• 10h30-11h00 : Jérôme Mariette (MIA-T, Toulouse) Intégration des données TARA océans avec une approche multi-noyaux diaporama
• 11h00-11h30 : Pause
• 11h30-12h30 : Sophie Lèbre (Université de Montpellier) Modélisation de l'expression des gènes à partir de données de séquence ADN diaporama

12h30-14h00 : REPAS offert par NETBIO

• 14h00-15h00 : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, Jouy-en-Josas) Inference de réseaux écologiques à partir de données de comptage diaporama
• 15h00-15h30 : Timothé Tabouy (MIA-Paris) Impact de l'échantillonnage dans l'inférence de structures dans les réseaux diaporama
• 15h30-16h00 : Lise Pomiès Stratégie d'inférence de réseau pour comprendre la réponse du peuplier à la flexion diaporama
• 16h00 : Conclusion des journées

Formation au LIPM à Toulouse « Analyse de données 'omiques - de l'expression des gènes à l'inférence de réseaux » - Avril 2017

Cette formation a été sollicitée par les scientifiques du LIPM pour mieux comprendre l'analyse des données omiques. La formation était centrée sur les analyses statistiques pour présenter ce qu’il est possible de faire avec des données RNA-seq une fois le traitement bioinformatique réalisé. Plus d'informations à ce lien.

Groupe de travail 20-24 février 2017

L'objectif de la semaine a été, pour les animateurs de NETBIO, de travailler sur des formations et des supports de formation sur la thématique des réseaux (qu'est-ce qu'un graphe, un réseau biologique ? quelles peuvent être leurs utilités en biologie ? comment sont-ils construits ?).

Réunion Toulouse octobre 2016

Les prochaines journées NETBIO ont eu lieu du 12 au 14 octobre 2016 à Toulouse. Ce seront des journées jointes entre NETBIO, AIGM et MOABI nommées CARTABLE.

École d'été From gene expression to genomic network - Juillet 2016

Une école d'été SPS « From gene expression to genomic network » et été organisée à Port Royal, Saint-Lambert, du 17 au 22 juillet 2016. Le matériel de cours est disponible à ce lien.

Réunion Paris-Agro septembre 2015 - Introduction

Les prochaines journées NETBIO auront lieu les 29 et 30 septembre à AgroParisTech, salle 31 dans l'aile arbalète.

Programme

Mardi 29 septembre

• 9h45-10h00 : Accueil
• 10h00-11h00 : Etienne Delannoy Signification biologique des termes différentiellement exprimés, co-exprimés, co-régulés et régulés - diaporama
• 11h00-11h45 : Andréa Rau Analyse de la co-expression par modèles de mélange - diaporama
• 11h45-12h30 : Sylvain Foissac Exploration de la structure 3D du génome par analyse Hi-C - diaporama

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h-14h45 : Vincent Brault Segmentation bidimensionnelle rapide pour l'étude des données Hi-C - diaporama et vidéos
• 14h45-15h15 : Jean-Benoist Leger Modèle de graphes à espace latent continu de type SBM - diaporama
• 15h15-15h45 : Sophie Donnet Stochastic Block model pour les réseaux multiplex. Application à un réseau de chercheurs - diaporama
• 15h45-16h15 : Pause
• 16h15-17h00 : Actualités de NETBIO et discussions

Mercredi 30 septembre

• 9h30-10h00 : Thomas Picchetti A model for gene deregulation detection using expression data - diaporama
• 10h00-10h30 : Marc Legeay Construction et analyse de réseaux contextuels de co-expression pour des données transcriptomiques sens et anti-sens - diaporama
• 10h30-11h00 : Guillem Rigaill et Françoise Monéger Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : présentation des objectifs et du jeu de données - diaporama
• 11h00-11h30 : Pause
• 11h30-12h30 : Julien Chiquet et Loic Schwaller Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : premiers résultats - diaporama

12h30-14h30 : REPAS offert par NETBIO

• 14h30-15h30 : Kim-Anh Lê Cao Omics data integration: towards a system biology approach - diaporama
• 15h30-16h00 : Valentin Wucher Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois diaporama
• 16h00-16h30 : Aymeric Antoine-Lorquin Orthocis : pattern matching de site de fixation de facteur de transcription à l'aide de l'orthologie diaporama
• 16h30 : Conclusion des journées

Visite Patrick Meyer 24/26 novembre 2014

• Séminaire du 24 novembre 2014 Présentation
• Groupe de travail du 25 novembre 2014 Compte-rendu

Réunion Paris-Agro septembre 2014

Les prochaines journées NETBIO auront lieu les 18 et 19 septembre à AgroParisTech. Compte-rendu

Programme

Jeudi 18 septembre

• 10h00-10h30 : Accueil
• 10h30-11h30 : Richard Berthome Rôle des petits ARNs dans la régulation de l'expression des gènes - Présentation
• 11h30-12h00 : Amine Ghozlane Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV / présentation de Tulip - Présentation
• 12h00-12h20 : Oriol Guitart Pla The Cytoscape Network Inference (Cyni) toolbox for gene regulatory network inference - Présentation

12h20-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h00-15h : Pierre Barbillon Network impact on persistence in a finite population dynamic exchange model - Présentation
• 15h00-15h30 : Rim Zaag From gene expression modelling to coregulation networks for Arabidopsis - Présentation
• 15h30-16h00 : Yann Vasseur Régressions pénalisées et modèles à blocs latents pour une caractérisation relationnelle des facteurs de transcription d'Arabidopsis - Présentation
• 16h00-16h30 : Pause
• 16h30-17h30 : Actualités de NETBIO et discussions - Support des discussions

Vendredi 19 septembre

• 8h45-9h00 : Accueil
• 9h00-10h00 : Pierre Latouche Random graph models for the clustering of nodes in networks and visualisation - Présentation
• 10h00-11h00 : Fabrice Rossi Triclustering pour la détection de structures temporelles dans les graphes - Présentation
• 11h00-11h30 : Pause
• 11h30-12h00 : Trung Ha Régressions multivariées en grande dimension - Présentation
• 12h00-12h30 : Mélina Galopin Model-based clustering of genes expression data with external annotations - Présentation

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

• 14h00-15h00 : Loïc Schwaller Tree-based graphical model inference - Présentation
• 15h00-16h00 : Avner Bar-Hen Influential observations in a Graphical Model - Présentation
• 16h00-16h30 : Pause
• 16h30-17h00 : Jean-Michel Becu Sélection de variables par la ridge adaptative - Présentation
• 17h00-17h45 : Discussion sur les perspectives

Réunion Paris-Agro septembre 2013

Le programme (pdf) de ces prochaines journées (11 et 12 septembre 2013) est en ligne.

Les présentations de ces journées aussi:

• Discussions autour de la reconstruction du réseau d'identité polaire chez Arabidopsis (F Monéger, M-L Martin-Magniette, S de Givry et M Vignes)
  
• Some extensions to the GGM Framework for biological network inference (J Chiquet).
  
• Sparse factor models for gene co-expression networks (Y Blum)
  
• Optimisation convexe pour l'apprentissage de réseaux de régulation de gènes (M Champion)
  
• Inference conjointe de réseaux de gènes dans des conditions expérimentales multiples : une approche consensuelle par bootstrap (N Villa-Vialaneix)
  
• Operator-valued kernel-based models for gene regulatory network inference (N Lim)
  
• Joint estimation of causal effects from observational and intervention gene expression data (A Rau)
  
• Knowtator, a framework to annotate phenotype-genotype relationships relevant to Arabidopsis leaf growth and development (P Hilson)
  
• La tâche d'extraction d'information "Gene Regulation Network in Bacteria" de BioNLP-ST'13 (R Bossy et C Nédellec)
  
• Information extraction for the reconstruction of the biological regulatory network during the seed development phase of Arabidopsis thaliana (D Valsamou)
  

Et nous finissons par le compte-rendu de ces 2 jours. Merci encore à tous les participants !

Réunion Paris-Pasteur novembre 2012

Le compte-rendu de la réunion est en ligne !

Programme : (présentations disponibles par lien ci-dessous)

• lundi 19 novembre

- 9h45 - 10h15 : accueil
- 10h15 - 11h15 : Anne-Claire Haury (MinesParisTech), TIGRESS: Trustful Inference of Gene REgulation using Stability Selection.
- 11h15 - 11h30 : pause
- 11h30 - 12h30 : Anne Siegel (IRISA, Rennes), Quelques approches formelles pour tester la robustesse de processus de reconstructions de réseaux
- 12h30 - 14h : repas (plateaux)
- 14h - 15h : Simon de Givry (BIA, INRA Toulouse), Nouveaux opérateurs de voisinage local pour la reconstruction de réseaux Bayésiens
- 15h - 15h30 : Arnaud Fouchet (IBISC, univ. Evry), Inférence de réseaux de régulation par un modèle parcimonieux à base de noyaux locaux
- 15h30 - 16h00 : pause
- 16h00 - 16h30 : Mélina Gallopin (INRA GABI, INRIA SELECT), Inférence de réseau de gènes à partir de données de séquençage haut-débit RNAseq
- 16h30 - 17h00 : Pierre Gutierrez (Statistique et génome, Evry), Coupling differential analysis to Network inference
- 17h00 : fin de la journée

• mardi 20 novembre
  

- 9h30-10h30 : Pierre Nicolas (INRA MIG), Réseaux de régulation chez Bacillus
- 10h30 - 10h45 : pause
- 10h45 - 11h45 : Françoise Moneger (ENS Lyon), A data-driven integrative model of sepal polarity in Arabidopsis
- 11h45 - 12h45 : Benno Schwikowski, Frederik Gwinner et Oriol Guitar (Institut Pasteur), A network inference infrastructure component in Cytoscape, (slides1, slides2 and slides 3)
- 12h45 - 14h30 : repas libre
- 14h30 - 15h45 : discussion et conclusion.

Réunion Paris-Agro février 2012

Le compte-rendu de la réunion est en ligne !

Programme : (présentations disponibles par lien ci-dessous)

• jeudi 9 février

- 10h - 10h30 : accueil
- 10h30 - 11h00 : Marine Jeanmougin, Utilisation de connaissances biologiques dans l'inférence de réseaux
- 10h30 - 11h30 : Claire Nédellec, Extraction de régulations à partir de fouille de textes
- 11h30 - 11h45 : pause
- 12h00 - 14h : repas (plateaux)
- 14h - 15h : Sophie Lèbre, Réseaux bayésiens dynamiques à structure variable dans le temps
- 15h - 15h30 : Andrea Rau, Inferring gene regulatory networks with hidden variables using state space models
- 15h30 - 16h00 : pause
- 16h00 - 17h00 : Jimmy Vandel, Vers une inférence du réseau de régulation génique d'Arabidopsis thaliana dans le cadre des réseaux bayésiens discrets
- 17h00 : fin de la journée

• vendredi 10 février
  

- 9h30-10h30 : Daniel Kahn, Introduction à l'analyse modulaire de réponse (développements plus récents autour de l'article 'Untangling the wires: A strategy to trace functional interactions in signaling and gene networks', 2002, PNAS 99(20):12841-12846)
- 10h30 - 11h00 : pause
- 11h00 - 12h00 : Jean-Jacques Daudin, Revue de méthodes pour la caractérisation d'un réseau
- 12h00 - 12h30 : Antoine Channarond, Classification et inférence dans le Stochastic Block Model
- 12h30 - 14h30 : repas libre
- 14h30 - 16h : discussion et conclusion.

Réunion Evry septembre 2011

Exposés de biologistes de l’URGV et discussions avec des membres du côté méthodologique du réseau pour mieux cibler les développements théoriques attendus et répondre à des questions pertinentes aux yeux des biologistes.

Transparents des exposés :

• A case study: gene network beyond flagellin and MAPK signaling, Nicolas Frei dit Frey (URGV)
• (i) Régulation organe spécifique de la réponse à la carence azotée et (ii) Transdéterminiation racinaire : identification de marqueurs de dédifférenciation redifférenciation cellulaire, approche tissu spécifique, Richard Berthomé (URGV)
• Crop Funtional Genomics, Adnane Boualem (URGV)
• Réseaux de gènes, l'approche de Stuart Kauffman, Alain Franc (BioGeCo).

Réunion Toulouse janvier 2011

Une réunion sur deux demi-journées a eu lieu début 2011. Une cinquantaine de personnes (MIA, LIPM, LGC, SAGA, et aussi IMT) ont assistés à deux exposés invités :

• l’un de Mark Schmidt (INRIA Orsay) sur l’apprentissage de structure de modèles graphiques non dirigés en se concentrant sur des méthodes de pénalisation de type L¹ avec généralisations (transparents)
• l’autre de Christophe Giraud (Ecole Polytechnique) sur la prise en compte de variables cachées dans les modèles graphiques gaussiens [en se basant sur 3 papiers : (réf principale "aux noms difficiles à prononcer" ;-)) (réf qui marche qd n=infini) et (idem). Plus sérieusement, on pourra regarder les travaux de Venkat Chandrasekaran, Alan S. Willsky, Benjamin Recht, Pablo A. Parillo et Emmanuel Candès], cas souvent rencontré lors de l'inférence de réseaux lorsque tous les gènes ne sont pas dans le le jeu de données (e.g. si on a réduit le nombre de variables au préalable).
  

Les exposés qui ont suivis étaient restreints aux membres du réseau. Les personnes présentes étaient Alain Trubuil, David Allouche, Christine Cierco, Marie-José Cros, Simon de Givry, Brigitte Mangin, Thomas Schiex, Jimmy Vandel, Matthieu Vignes, Nathalie Peyrad, Regis Sabaddin, Camille Charbonnier, Julien Chiquet, Catherine Matias, Sophie Schbath, Stéphane Robin, Michel Koskas, Marie-Laure Martin Magniette, Nicolas Verzelen, Christophe Giraud, Daniel Kahn et Mark Schmidt.

Nicolas Verzelen (INRA Montpellier) a présenté une étude sur la taille minimum d’échantillon pour analyser des données de micro-array. Les résultats dépendent bien sûr du type d'analyse ; le message est qu'en très haute dimension (nb_entrees_non_nulles*log(nb_variables) >= taille_echnatillon), on ne peut pas faire grand chose tandis qu'en dimension plus raisonnable (transition observées lors de ce passage à des problèmes "moins difficiles"), le prix à payer pour la fonction de perte sera en gros logarithmique, ce qu'arrive à faire des approches de type lasso (transparents).

Matthieu Vignes (INRA Toulouse) a présenté les résultats de l’équipe SaAB -1^er au ss-challenge "Systems Genetics" d'inférence de réseaux de régulation de gènes à l'aide de données d'expression et marqueurs simulées; 16 équipes participantes- au challenge international annuel DREAM5 (transparents).

Julien Chiquet (université d'Evry) a présenté des extensions au modèle gaussien (group/cooperative-lasso) et différentes stratégies de pénalisation pour reconstruire un réseau à partir de données (hétérogènes) issues de plusieurs conditions expérimentales (transparents).

Enfin Marie-Laure Martin Magniette (URGV) a présenté les ressources disponibles à l’URGV -BD, projets, savoir-faire bioinformatique, idées d'intégration de données, de connaissance experte pour du semi-supervisé- pour l'inférence de réseau chez l’arabette (transparents).

Merci à tous d'avoir partagé vos sources d'info.