Journées MOABI

De MIAT INRA
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Méthodologies d'Optimisation pour l'AgroBIologie

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Journées du Réseau Méthodologique OPTIM du département MIA  LogOptim.png


Novembre 2015, Paris.
Date limite de soumission des résumés : 15 Octobre 2015.


Animateurs :
Evelyne Lutton, Evelyne.Lutton@grignon.inra.fr
Thomas Schiex, Thomas.Schiex@toulouse.inra.fr

Les travaux de l'INRA sur et autour des méthodes algorithmiques d’optimisation sont très riches, variés et multiformes. Aussi bien du point de vue de la conception de méthodes et d’outils, où l’on voit émerger de nouvelles méthodes répondant à des besoins génériques ou spécifiques apparaissant dans des problématiques pertinentes pour l'INRA (optimisation sous contraintes, multi-objectifs, séquentiels, non linéaires, nécessitant des temps de calcul importants, à partir de données incertaines, ou avec un critère probabiliste), que du point de vue de la modélisation et de la résolution effective de problèmes. Ces travaux sont réalisés aussi bien au sein du département MIA que parmi les modélisateurs disséminés dans les différents départements de l’INRA.
Les applications traitées sont extrêmement variées. Très nombreuses en bioinformatique (génétique, biologie structurale, biologie des systèmes, analyse de séquences, localisation d'ARNs), elles concernent aussi le contrôle de processus spatio-temporels (adventices, bio-agresseurs des cultures, pathogènes dans les élevages), l’optimisation d’échantillonnage pour la cartographie de processus spatiaux et plus généralement l’optimistion d’expériences, la décision dans les agro-écosystèmes, la modélisation et la simulation de systèmes de culture ou de systèmes agro-alimentaires, le comportement animal, l’apprentissage de modèles in-silico, l’aide à la conception ou l’aide à la décision (notamment dans un cadre de durabilité).
Les techniques employées vont des méthodes déterministes exactes (programmation dynamique, linéaire, en nombres entiers, par contraintes,...) jusqu’aux heuristiques stochastiques (MCMC, recuit simulé, recherche tabou, programmation dynamique stochastique...) ou aux heuristiques à base de population (algorithmes génétiques, stratégies d’évolution, essaims particulaires, algorithmes à colonies de fourmis, heuristiques de reparamétrisation).

Les journées MOABI visent à constituer un espace d’interaction spécifiquement INRA autour de ces questions. Elles sont largement ouvertes à toutes les déclinaisons de l'optimisation (discrète ou continue, linéaire ou non, convexe, combinatoire, exacte ou approchée, avec un critère de type espérance, avec ou sans garantie) et à toutes ses applications à l'intérieur de l'INRA (agronomie, écologie, économie, procédés de transformation, biologie moléculaire ou des systèmes, bioinformatique...). Nous souhaitons faciliter le partage et intensifier les échanges entre concepteurs et/ou utilisateurs de méthodes. En effet, la coloration des problèmes traités à l’INRA peut mener à des développements spécifiques. Le défi de l’éco-conception par exemple nécessite de développer des techniques d’optimisation robustes, rapides, multi-objectifs, permettant de gérer les incertitudes et l’incomplétude des données, voire aussi l’incertitude et la subjectivité des fonctions objectives.

Format de ces journées :
Ces journées combineront présentations invitées et contributions sous forme de présentation orale et/ou de poster. Les présentations orales dureront 30 minutes, questions comprises (20 min + 10 min), en anglais ou en français (au choix).
Pour proposer une contribution, envoyez un email aux animateurs avant le 15 Octobre 2015. Merci de préciser un titre, un résumé, un orateur et quelques indications donnant la thématique (1 page A4, avec une fonte 10pt pour le corps du texte, au format PDF).

Comité de programme

  • Rumen Andonov (IRISA)
  • Vincent Fromion (INRA)
  • Evelyne Lutton (INRA)
  • Thomas Schiex (INRA)
Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
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