Emplois

Au delà des offres affichées ici, n'hésitez pas à contacter les membres de l'unité pour une candidature spontanée  

Sujets de thèse 2023

Méthodes computationnelles pour des modèles de semi-Markov cachés avec effet mixtes - applications à des modèles de ramification de plantes

Les candidatures sur ce   sujet sont à déposer sur le site de l'ED MITT, ou bien en contactant directement Nathalie Peyrard (nathalie.peyrard@inrae.fr), Sandra Plancade (sandra.plancade@inrae.fr) et Jean-Baptiste Durand (Jean-Baptiste.Durand@cirad.fr)

 

Sujets de Master 2023

Apprentissage par renforcement pour le calcul d’équilibres de Nash dans les jeux stochastiques – Application au calcul/recalcul d’objectifs de haut niveau dans les jeux de conservation stochastiques

Les jeux stochastiques sont un cadre pour l’analyse des interactions entre agents non coopératifs évoluant dans un environnement dynamique, incertain et partiellement observé. Ils généralisent à la fois le cadre des Processus Décisionnels Markoviens (PDM) et le cadre des jeux non-coopératifs.

Ce stage portera sur la définition d'un environnement OpenAI Gym pour la simulation et l'évaluation d'algorithmes d'apprentissage par renforcement pour le calcul d'équilibres de Nash dans les jeux stochastiques, dans un contexte de protection de la biodiversité.

Sujet complet et informations diverses.

Information pratiques:

• Lieu d'accueil: INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan;
• Rémunération: 540 Euros par mois;
• Date de début: début 2023;
• Durée souhaitée: 6 mois;
• Modalité pour postuler: envoyer CV et lettre de motivation à regis.sabbadin@inrae.fr et meritxell.vinyals@inrae.fr

Conception d'un pipe-line d'analyse de données sRNA-Seq

Stage pourvu

Les petits ARN (sRNAs) sont des ARN non-codants de moins de 200 nucléotides. Ils comprennent notamment les micro ARN, les piARN, et les siARN. Leur rôle est déterminant dans l'évolution des organismes, la réponse immunitaire, et bien d'autres aspects de la régulation génique. Afin de les caractériser, le sequençage de petits ARN (sRNA-Seq) est aujourd'hui la méthode la plus utilisée.

Le but de ce projet est de concevoir un pipe-line d'analyse de sRNA-Seq. S'il existe déjà un certain nombre de pipe-lines d'analyse de données de RNA-Seq (sur ARN messagers), il n'y a pas encore de consensus pour les petits ARN. Une des difficultés est que ces petits ARN sont souvent dupliqués dans le génome, et un nombre important de lectures peuvent donc s'aligner à plusieurs endroits, ce qui complique l'analyse.

Le laboratoire a proposé plusieurs méthodes afin d'analyser efficacement ces lectures dupliquées.

• Alignement de lectures: doi: 10.1101/2021.01.12.426326
• Quantification: doi: 10.1186/s12859-017-1816-4
• Annotation: doi: 10.1371/journal.pone.0231738
• Expression différentielle: doi: 10.1371/journal.pone.0256196

Le but du stage sera de proposer un pipe-line en combinant ces outils avec NextFlow ( https://www.nextflow.io ).

Nous recherchons un étudiant en Master bio-informatique, ayant des connaissances en:

• Linux,
• bases de programmation (notamment R),
• compréhension en Anglais.

Information pratiques:

• Lieu d'accueil: INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan;
• Rémunération: gratification;
• Date de début: début 2023;
• Durée souhaitée: 6 mois;
• Modalité pour postuler: envoyer CV et lettre de motivation à matthias.zytnicki@inrae.fr

Sujets de postdoc

Offre de post-doc de 18 mois à pouvoir dès que possible (avant juin 2023) à INRAE MIAT Toulouse, équipe SaAB, sur la thématique de l'inférence de réseaux.

https://jobs.inrae.fr/ot-17231

https://miat.inrae.fr/site/images/8/8a/Subtilnet.pdf

https://miat.inrae.fr/site/images/e/ee/Subtilnet_eng.pdf