Version du 8 avril 2019 à 09:37

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Offres d'emploi

Sujets de stage, thèse et post-docs proposés

Nouveau : Thèses débutant à l'automne 2019

• Algorithmique des jeux pour la gestion en agroécologie. Thèse co-encadrée par R. Sabbadin (INRA-MIAT) et H. Fargier (IRIT-Université de Toulouse).

Stages de Master 2019:

• Modèles à blocs stochastiques pour la caractérisation de la biodiversité. Stage de M2 (2019) encadré par Nathalie Peyrard (MIAT -INRA), Alain Franc (BioGeCo INRA et Pleiade INRIA), Olivier Coulaud (Hiepacs - INRIA). POURVU
• Parallélisation d'une recherche arborescente hybride et partielle. Stage de M2 (2019) encadré par David Allouche et Simon de Givry (MIAT). POURVU
• Jeux difficiles: Algorithmique des calculs d'équilibre dans les jeux hypergraphiques et les jeux bayésiens. Stage de M2 (2019) encadré par Régis Sabbadin (MIAT) et Hélène Fargier (IRIT).

• Développement d’un cadre décisionnel BDI articulant buts, plans et modèles mentaux du décideur au sein de la plateforme multi-agent GAMA. Stage de M2 encadré par Patrick Taillandier et Roger Martin-Clouaire (MIAT).
• Analyse des fonctions moléculaires d’Eomes par RNA-Seq et CHIP-Seq. Stage de M2 encadré par A. Dejean (CPTP) et M. Zytnicki (MIAT).
• Sélection de variables dans les données climatiques pour les modèles agro-écologiques. [pourvu] Stage de M2 encadré par V. Picheny, N. Villa-Vialaneix (MIAT) et R. Servien (InTheRes, INRA Toulouse).
• Classification hiérarchique sous contrainte de contiguïté pour l’analyse de données Hi-C. Stage de M2 encadré par N. Villa-Vialaneix (MIAT) et P. Neuvial (Institut de Mathématiques de Toulouse).
• Exploration du comportement d'un simulateur individu-centré de fonctionnement du troupeau caprin laitier : analyse de sensibilité globale et exploration de la résilience du troupeau. Stage de M2 encadré par L. Puillet (MoSAR), P. Chabrier et V. Picheny (MIAT)

Sujets traités les années précédentes

Thèses et post-doc équipe MAD et équipe SaAB

Stages :

2018 :

• Contrainte pondérée d'acyclicité pour l'apprentissage de réseaux bayésiens. Fulya Ural, stage de M2 encadré par Simon de Givry et George Katsirelos (MIAT).
• Réseau bayésien étiqueté pour l'apprentissage de la structure d'un réseau d'intéractions écologiques. Stage de M1  encadré par M.-J. Cros et N. Peyrard (MIAT).
• Apprendre en faisant : Approches de type "bandits manchots" pour l'apprentissage et le contrôle de réseaux bayésiens dynamiques. Stage de M2 encadré par N. Peyrard et R. Sabbadin (MIAT).

2017 :

• Analyse statistique d’une protéine impliquée dans les problèmes d’obésité en relation avec l’expression des gènes, encadré par Alyssa Imbert, Nathalie Viguerie et Nathalie Villa-Vialaneix
• Modélisation multi-agent complexe pour l'évaluation d'impacts cumulés sur la ressource marine d'un système socio-écologique corallien, encadré par Joachim Claudet (CRIOBE) et Patrick Taillandier (MIAT)
• Relaxation lagrangienne et optimisation de réseaux de fonctions de coûts, Fransico Ribeiro Eckardt Serpa, encadré par George Katsirelos (MIAT) et Matthias Zytnicki (MIAT).
• Analyse par ChIP-séquençage de la répartition de la marque histone H4K5ac sur le génome neuronal suite à l’infection par le virus de la maladie de Borna, Leila Khajavi, encadré par Cécile Malnou (CPTP) et Matthias Zytnicki (MIAT).

2016 :

• Analyse de données biologiques cycliques : dosages de progestérone dans le lait chez la vache laitière, co-encadré par S. Chastant-Maillard, R. Servien et N. Villa-Vialaneix (ENVT)
• Analyse de données métabolomiques, encadré par N. Villa-Vialaneix, M. San Cristobal et L. Liaubet (INRA, GenPhySE)
• Reconstruction exacte de réseau bayésien par une approche contraintes, encadré par S. de Givry et George Katsirelos (MIAT), à partir de février 2016
• Gestion des symétries dans un solveur Max-SAT, co-encadré par G. Katsirelos et M. Zytnicki (MIAT)
• Développement d’une stratégie pour l’alignement de lectures courtes à partir de données de sRNAseq, Aurélien Cottin, co-encadré par C. Gaspin et M. Zytnicki (MIAT).
• Comparaison de bibliothèques pour l'inférence dans un réseau bayésien dynamique en Matlab, encadré par MJ Cros (MIAT).

2015 :

• DiOGenes Clinical Data Analysis, co-encadré par N. Viguerie (I2MC, INSERM) et N. Villa-Vialaneix
• Analyse par simulation de l'interaction climat/rendement, co-encadré par V. Picheny, N. Villa-Vialaneix (MIAT)
• Étude de la réponse au lipopolysaccharide chez le porcelet, co-encadré par L. Liaubet (INRA, GenPhySE), V. Sautron et N. Villa-Vialaneix
• Méthodes d'analyse de sensibilité de modèles pour entrées climatiques, co-encadré par R. Faivre, R. Trépos et V. Picheny (MIAT)
• Modélisation de la dynamique des adventices dans un agrosystème, Matthieu Pluntz, ENSAE
• Analyse du compromis rendement/biodiversité sur un cas d’étude : système culture/adventices/pollinisateurs, Romain Alexandre, M2 IMAT
• Inférence de la structure d'un réseau trophique par optimisation de fonction score, Etienne Auclair,, M2 Extraction des Connaissances à partir de Données, Lyon 2
• Méthode approchée en programmation mathématique, co-encadré par S. de Givry et Gauthier Quesnel (MIAT)

2014 :

• Optimisation de variétés de tournesol sous incertitude climatique. Bastien Poublan, Master MSDI 2 Univ. de Pau et des Pays de l'Adour
• Mise au point d'une stratégie d'analyse de la dynamique évolutive des petits ARNs non-codants d'une espèce bactérienne. Franck Cerutti, M2 Microbiologie et Agrobiosciences Mention Bioinformatique et Biologie des Systèmes.
• Modèle SIS pour la conception d'un réseau d'épidémio surveillance. Jean-Noël Baka, M1 SID
• Apprendre ou gérer? Modélisation et résolution d'un problème d'optimal stopping pour la gestion d'un processus stochastique sur réseau. Vincent Courjault-Rade, M2 IMAT
• Estimation de l'affinité entre deux molécules à l'aide des réseaux de fonctions de coûts.
• Algorithme approché d'optimisation par propagation de messages avec application à la conception de vergers maraîchers.
• Assemblage de génomes à l'aide des réseaux de fonctions de coûts. Philippe Leleux, M2R IAICI, rapport
• Substitution de voisinage approchée dans les réseaux de fonctions de coûts.
• Filtrage d'une contrainte globale pondérée de circuit avec application au Problème du Voyageur de Commerce.
• Analyse et visualisation de politiques dans le cadre des Processus Décisionnels de Markov sur Graphe. Simon Corde, M1 TSE
• Normalisation et analyse de données RNASeq, Sayma Besbes, M1 Economics and Statistics, Toulouse School of Economics
• Analyse bioinformatique de la Méthylation chez le poulet, Julien Plennecassagne, M2 Bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.

2013 :

• Comprendre le processus de prise de décision d'un agriculteur face aux risques. Jean-François Dinh
• Réalisation d'une toolbox Matlab sur les Processus Décisionnels de Markov sur Graphe. Geoffroy Janvier, M2 IMAT
• Développement d'interfaces graphiques pour le module de décision.
• Développement d'interfaces graphiques facilitant la construction de modèles individu-centré.
• Conception et développement d'un modèle basé sur des règles de décision pour la gestion durable d’une flore adventice plurispécifique. Intégration au modèle prédictif FLORSYS modèle.
• Conception et développement d'un modèle d’élevage générique. Application aux systèmes d’élevage ovins allaitants.
• Mise en oeuvre et comparaison de méthodes d'optimisation par simulation. Application à la conception par simulation d'idéotypes.
• Optimisation de l'échantillonnage dans les Markov Logic Networks. Gabriel Sirvent, M2 IARF
• Réseaux de contraintes valués et contraintes globales
• Le choix en rationalité limitée : une revue de la littérature des différentes classes de modèles.
• Algorithme VBEM pour l'estimation du processus de Cox log gaussien. Julia Radoszycki, INSA 5ème année
• Intégration de données pour la classification non supervisée de données biologiques. Florian Brunet, Master 2 Econométrie et Statistique, Toulouse School of Economics.
• Prédiction des cibles des ARN non-codants chez les bactéries. Anaïs Painset , INSA Lyon 5ème année, Biosciences – Bioinformatique et Modélisation.

2012 :

• Fonctions de coûts globales pour les réseaux de contraintes pondérés
• Substitution de voisinage dans les réseaux de fonctions de coûts.
• Algorithmes pour l'équilibre de charges de simulations parallélisées de modèles à structures dynamiques DEVS.
• Conception et implémentation d'un simulateur de parcellaire d'une exploitation agricole de grande culture.
• Analyse exploratoire des caractéristiques du génome et du transcriptome de Lactococcus lactis.

2011 :

• Réalisation d'une boite à outils sur les Processus Décisionnels de Markov. Alexandre Crayssac, L3 TSE
• Etude de la robustesse aux informations de structure et d'apparentement de nouvelles mesures de déséquilibre de liaison.
• Identification de miRNA à partir de données NGS.
• Développement d'outils pour la localisation et l'analyse de structures secondaires stables dans les séquences codantes et non-codantes. Paul Siguier, INSA Lyon 5ème année, Bioinformatique et Modélisation.
• Modélisation et Inférence de réseaux de régulation.Magali Champion, Master 2 Recherche de Mathématiques Appliquées, Université Toulouse III Paul Sabatier.
• Annotation de SNPs et interface web, Frédéric Escudié, Master Pro bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.