Version du 4 décembre 2017 à 08:48

Au delà des offres affichées ici, n'hésitez pas à contacter les membres de l'unité pour une candidature spontanée

Offres d'emploi

• Un poste de Chargé de Recherche INRA (CRNo) portant sur l'apprentissage (machine learning) et l'optimisation convexe pour la biologie et l’écologie prédictives est susceptible d'être ouvert en 2018 à Toulouse. Nous attirons votre attention sur le fait que seule la publication de textes réglementaires à venir viendra confirmer ce recrutement par concours externe. Les informations sur les profils effectivement ouverts et les modalités de recrutement seront alors disponibles sur le site Web de l'INRA http://www7.international.inra.fr, rubrique "Carrières & Emplois / Concours, mobilité et handicap"

Sujets de stage et post-docs proposés

• Développement d’un cadre décisionnel BDI articulant buts, plans et modèles mentaux du décideur au sein de la plateforme multi-agent GAMA. Stage de M2 encadré par Patrick Taillandier et Roger Martin-Clouaire (MIAT).
• Contrainte pondérée d'acyclicité pour l'apprentissage de réseaux bayésiens. Stage de M2 encadré par Simon de Givry et George Katsirelos (MIAT).
• Analyse des fonctions moléculaires d’Eomes par RNA-Seq et CHIP-Seq. Stage de M2 encadré par A. Dejean (CPTP) et M. Zytnicki (MIAT).
• Réseau bayésien étiqueté pour l'apprentissage de la structure d'un réseau d'intéractions écologiques. Stage de M2 encadré par M.-J. Cros et N. Peyrard (MIAT).
• Apprendre en faisant : Approches de type "bandits manchots" pour l'apprentissage et le contrôle de réseaux bayésiens dynamiques. Stage de M2 encadré par N. Peyrard et R. Sabbadin (MIAT).
• Sélection de variables dans les données climatiques pour les modèles agro-écologiques. Stage de M2 encadré par V. Picheny, N. Villa-Vialaneix (MIAT) et R. Servien (InTheRes, INRA Toulouse).
• Classification hiérarchique sous contrainte de contiguïté pour l’analyse de données Hi-C. Stage de M2 encadré par N. Villa-Vialaneix (MIAT) et P. Neuvial (Institut de Mathématiques de Toulouse).

Sujets traités les années précédentes

Thèses et post-doc équipe MAD et équipe SaAB

Stages :

2017 :

• Analyse statistique d’une protéine impliquée dans les problèmes d’obésité en relation avec l’expression des gènes, encadré par Alyssa Imbert, Nathalie Viguerie et Nathalie Villa-Vialaneix
• Modélisation multi-agent complexe pour l'évaluation d'impacts cumulés sur la ressource marine d'un système socio-écologique corallien, encadré par Joachim Claudet (CRIOBE) et Patrick Taillandier (MIAT)
• Relaxation lagrangienne et optimisation de réseaux de fonctions de coûts, Fransico Ribeiro Eckardt Serpa, encadré par George Katsirelos (MIAT) et Matthias Zytnicki (MIAT).
• Analyse par ChIP-séquençage de la répartition de la marque histone H4K5ac sur le génome neuronal suite à l’infection par le virus de la maladie de Borna, Leila Khajavi, encadré par Cécile Malnou (CPTP) et Matthias Zytnicki (MIAT).

2016 :

• Analyse de données biologiques cycliques : dosages de progestérone dans le lait chez la vache laitière, co-encadré par S. Chastant-Maillard, R. Servien et N. Villa-Vialaneix (ENVT)
• Analyse de données métabolomiques, encadré par N. Villa-Vialaneix, M. San Cristobal et L. Liaubet (INRA, GenPhySE)
• Reconstruction exacte de réseau bayésien par une approche contraintes, encadré par S. de Givry et George Katsirelos (MIAT), à partir de février 2016
• Gestion des symétries dans un solveur Max-SAT, co-encadré par G. Katsirelos et M. Zytnicki (MIAT)
• Développement d’une stratégie pour l’alignement de lectures courtes à partir de données de sRNAseq, Aurélien Cottin, co-encadré par C. Gaspin et M. Zytnicki (MIAT).
• Comparaison de bibliothèques pour l'inférence dans un réseau bayésien dynamique en Matlab, encadré par MJ Cros (MIAT).

2015 :

• DiOGenes Clinical Data Analysis, co-encadré par N. Viguerie (I2MC, INSERM) et N. Villa-Vialaneix
• Analyse par simulation de l'interaction climat/rendement, co-encadré par V. Picheny, N. Villa-Vialaneix (MIAT)
• Étude de la réponse au lipopolysaccharide chez le porcelet, co-encadré par L. Liaubet (INRA, GenPhySE), V. Sautron et N. Villa-Vialaneix
• Méthodes d'analyse de sensibilité de modèles pour entrées climatiques, co-encadré par R. Faivre, R. Trépos et V. Picheny (MIAT)
• Modélisation de la dynamique des adventices dans un agrosystème, Matthieu Pluntz, ENSAE
• Analyse du compromis rendement/biodiversité sur un cas d’étude : système culture/adventices/pollinisateurs, Romain Alexandre, M2 IMAT
• Inférence de la structure d'un réseau trophique par optimisation de fonction score, Etienne Auclair,, M2 Extraction des Connaissances à partir de Données, Lyon 2
• Méthode approchée en programmation mathématique, co-encadré par S. de Givry et Gauthier Quesnel (MIAT)

2014 :

• Optimisation de variétés de tournesol sous incertitude climatique. Bastien Poublan, Master MSDI 2 Univ. de Pau et des Pays de l'Adour
• Mise au point d'une stratégie d'analyse de la dynamique évolutive des petits ARNs non-codants d'une espèce bactérienne. Franck Cerutti, M2 Microbiologie et Agrobiosciences Mention Bioinformatique et Biologie des Systèmes.
• Modèle SIS pour la conception d'un réseau d'épidémio surveillance. Jean-Noël Baka, M1 SID
• Apprendre ou gérer? Modélisation et résolution d'un problème d'optimal stopping pour la gestion d'un processus stochastique sur réseau. Vincent Courjault-Rade, M2 IMAT
• Estimation de l'affinité entre deux molécules à l'aide des réseaux de fonctions de coûts.
• Algorithme approché d'optimisation par propagation de messages avec application à la conception de vergers maraîchers.
• Assemblage de génomes à l'aide des réseaux de fonctions de coûts. Philippe Leleux, M2R IAICI, rapport
• Substitution de voisinage approchée dans les réseaux de fonctions de coûts.
• Filtrage d'une contrainte globale pondérée de circuit avec application au Problème du Voyageur de Commerce.
• Analyse et visualisation de politiques dans le cadre des Processus Décisionnels de Markov sur Graphe. Simon Corde, M1 TSE
• Normalisation et analyse de données RNASeq, Sayma Besbes, M1 Economics and Statistics, Toulouse School of Economics
• Analyse bioinformatique de la Méthylation chez le poulet, Julien Plennecassagne, M2 Bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.

2013 :

• Comprendre le processus de prise de décision d'un agriculteur face aux risques. Jean-François Dinh
• Réalisation d'une toolbox Matlab sur les Processus Décisionnels de Markov sur Graphe. Geoffroy Janvier, M2 IMAT
• Développement d'interfaces graphiques pour le module de décision.
• Développement d'interfaces graphiques facilitant la construction de modèles individu-centré.
• Conception et développement d'un modèle basé sur des règles de décision pour la gestion durable d’une flore adventice plurispécifique. Intégration au modèle prédictif FLORSYS modèle.
• Conception et développement d'un modèle d’élevage générique. Application aux systèmes d’élevage ovins allaitants.
• Mise en oeuvre et comparaison de méthodes d'optimisation par simulation. Application à la conception par simulation d'idéotypes.
• Optimisation de l'échantillonnage dans les Markov Logic Networks. Gabriel Sirvent, M2 IARF
• Réseaux de contraintes valués et contraintes globales
• Le choix en rationalité limitée : une revue de la littérature des différentes classes de modèles.
• Algorithme VBEM pour l'estimation du processus de Cox log gaussien. Julia Radoszycki, INSA 5ème année
• Intégration de données pour la classification non supervisée de données biologiques. Florian Brunet, Master 2 Econométrie et Statistique, Toulouse School of Economics.
• Prédiction des cibles des ARN non-codants chez les bactéries. Anaïs Painset , INSA Lyon 5ème année, Biosciences – Bioinformatique et Modélisation.

2012 :

• Fonctions de coûts globales pour les réseaux de contraintes pondérés
• Substitution de voisinage dans les réseaux de fonctions de coûts.
• Algorithmes pour l'équilibre de charges de simulations parallélisées de modèles à structures dynamiques DEVS.
• Conception et implémentation d'un simulateur de parcellaire d'une exploitation agricole de grande culture.
• Analyse exploratoire des caractéristiques du génome et du transcriptome de Lactococcus lactis.

2011 :

• Réalisation d'une boite à outils sur les Processus Décisionnels de Markov. Alexandre Crayssac, L3 TSE
• Etude de la robustesse aux informations de structure et d'apparentement de nouvelles mesures de déséquilibre de liaison.
• Identification de miRNA à partir de données NGS.
• Développement d'outils pour la localisation et l'analyse de structures secondaires stables dans les séquences codantes et non-codantes. Paul Siguier, INSA Lyon 5ème année, Bioinformatique et Modélisation.
• Modélisation et Inférence de réseaux de régulation.Magali Champion, Master 2 Recherche de Mathématiques Appliquées, Université Toulouse III Paul Sabatier.
• Annotation de SNPs et interface web, Frédéric Escudié, Master Pro bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.