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(Sujets de stage et post-docs proposés)
(Sujets de master)
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= Offres d'emploi =
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= Sujets de master =
  
= Sujets de stage et post-docs proposés =
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*[[Media:sujetM2_SBM4biodiv.pdf|Modèles à blocs stochastiques pour la caractérisation de la biodiversité]]. Stage de M2 (2019) encadré par Nathalie Peyrard (MIAT -INRA), Alain Franc (BioGeCo INRA et Pleiade INRIA), Olivier Coulaud (Hiepacs - INRIA). POURVU
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'''Stages de master débutant au printemps 2021'''
*[[Media:Stage_parallelisme2019.pdf|Parallélisation d'une recherche arborescente hybride et partielle]]. Stage de M2 (2019) encadré par Simon de Givry (MIAT).
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* [[Media:M2_biodiv_SBM_2020.pdf|Caractérisation fine de la biodiversité via les paramètres d'un modèle statistique : exemple sur la diversité moléculaire des arbres de Guyane.]] Encadré par A. Franc et N. Peyrard (lieu du stage : MIAT ou INRAE Bordeaux)
*[[Media:BayesianGraphicalGamesM2_2.pdf|Jeux difficiles: Algorithmique des calculs d'équilibre dans les jeux hypergraphiques et les jeux bayésiens]]. Stage de M2 (2019) encadré par Régis Sabbadin (MIAT) et Hélène Fargier (IRIT).
 
  
*[[Media:StageM2-BDI.pdf|Développement d’un cadre décisionnel BDI articulant buts, plans et modèles mentaux du décideur au sein de la plateforme multi-agent GAMA]]. Stage de M2 encadré par Patrick Taillandier et Roger Martin-Clouaire (MIAT).
 
*[https://www.sfbi.fr/content/analyse-des-fonctions-moléculaires-d’eomes-par-rna-seq-et-chip-seq Analyse des fonctions moléculaires d’Eomes par RNA-Seq et CHIP-Seq]. Stage de M2 encadré par A. Dejean (CPTP) et M. Zytnicki (MIAT).
 
*[[Media:Sujet_stage_sensiClim.pdf|Sélection de variables dans les données climatiques pour les modèles agro-écologiques]]. [pourvu] Stage de M2 encadré par V. Picheny, N. Villa-Vialaneix (MIAT) et R. Servien (InTheRes, INRA Toulouse).
 
*[[Media:StageINRA-HiC.pdf|Classification hiérarchique sous contrainte de contiguïté pour l’analyse de données Hi-C]]. Stage de M2 encadré par N. Villa-Vialaneix (MIAT) et P. Neuvial (Institut de Mathématiques de Toulouse).
 
*[http://jobs.inra.fr/offers/detail/241237 Exploration du comportement d'un simulateur individu-centré de fonctionnement du troupeau caprin laitier : analyse de sensibilité globale et exploration de la résilience du troupeau]. Stage de M2 encadré par L. Puillet (MoSAR), P. Chabrier et V. Picheny (MIAT)
 
  
= Sujets traités les années précédentes =
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'''Stages de master débutant au printemps 2020'''
  
Thèses et post-doc [http://carlit.toulouse.inra.fr/wikiz/index.php/Catégorie:Membres_non-permanents équipe MAD] et [http://carlit.toulouse.inra.fr/wikiz/index.php/Thèses/Post-docs/CDD équipe SaAB]
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*[http://www.nathalievialaneix.eu/docposts/sujet_stage_metahcol_2020.pdf Intégration de données omiques pour l’étude de l’impact des contaminants alimentaires sur le métabolisme et le développement de cancers] (pouvant éventuellement déboucher sur un CDD Ingénieur), encadré par Nathalie Vialaneix '''SUJET POURVU'''
  
Stages :
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*[[Media:MasterANITI1.pdf|Optimisation convexe dans les modèles graphiques]] (pouvant éventuellement déboucher sur une thèse), encadré par Thomas Schiex, Simon de Givry et George Katsirelos '''SUJET POURVU'''
  
2018 :
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*[[Media:MasterANITI2.pdf|Contraintes linéaires et réseau de fonctions de coûts]] (pouvant éventuellement déboucher sur une thèse), encadré par George Katsirelos, Simon de Givry et Thomas Schiex '''SUJET POURVU'''
  
*[[Media:Stage_bnlearn2017.pdf|Contrainte pondérée d'acyclicité pour l'apprentissage de réseaux bayésiens]]. Fulya Ural, stage de M2 encadré par Simon de Givry et George Katsirelos (MIAT).
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*[https://www.sfbi.fr/node/12018 Algorithmes d’assemblage de génomes complexes], encadré par Matthias Zytniki '''SUJET POURVU'''
*[[Media:SujetMasterFoodwebBN.pdf|Réseau bayésien étiqueté pour l'apprentissage de la structure d'un réseau d'intéractions écologiques]]. Stage de M1  encadré par M.-J. Cros et N. Peyrard (MIAT).
 
*[[Media:BanditsRBD-1.pdf|Apprendre en faisant : Approches de type "bandits manchots" pour l'apprentissage et le contrôle de réseaux bayésiens dynamiques]]. Stage de M2 encadré par N. Peyrard et R. Sabbadin (MIAT).
 
  
2017 :
+
*[[Media:stage_M2_cryo_EM_optimisation.pdf|Optimisation du positionnement de chaînes latérales de protéines sous contraintes d'observations Cryo-EM.]] encadré par [http://www7.inra.fr/mia/T/dallouche/ David Allouche] '''SUJET POURVU'''
  
*[http://www.nathalievilla.org/docposts/sujetStage_Diogenes.pdf Analyse statistique d’une protéine impliquée dans les problèmes d’obésité en relation avec l’expression des gènes], encadré par Alyssa Imbert, Nathalie Viguerie et Nathalie Villa-Vialaneix
+
= Sujets de thèse =
*[[Media:StageMasterABM.pdf|Modélisation multi-agent complexe pour l'évaluation d'impacts cumulés sur la ressource marine d'un système socio-écologique corallien]], encadré par Joachim Claudet (CRIOBE) et Patrick Taillandier (MIAT)
 
*[[Media:Internship-x-2016.pdf|Relaxation lagrangienne et optimisation de réseaux de fonctions de coûts]], ''Fransico Ribeiro Eckardt Serpa'', encadré par George Katsirelos (MIAT) et Matthias Zytnicki (MIAT).
 
*[https://www.sfbi.fr/content/analyse-chip-seq?destination=node%2F8708 Analyse par ChIP-séquençage de la répartition de la marque histone H4K5ac sur le génome neuronal suite à l’infection par le virus de la maladie de Borna], ''Leila Khajavi'', encadré par Cécile Malnou (CPTP) et Matthias Zytnicki (MIAT).
 
  
2016 :
+
 
  
*[http://www.nathalievilla.org/docposts/sujetStage_ReproductionVache.pdf Analyse de données biologiques cycliques : dosages de progestérone dans le lait chez la vache laitière], co-encadré par S. Chastant-Maillard, R. Servien et N. Villa-Vialaneix (ENVT)
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'''Thèses débutant à l'automne 2019'''
*[http://www.nathalievilla.org/docposts/sujetStage_metabolome.pdf Analyse de données métabolomiques], encadré par N. Villa-Vialaneix, M. San Cristobal et L. Liaubet (INRA, GenPhySE)
 
*[https://mia.toulouse.inra.fr/images/0/06/M2R_INRA_BNLEARN.pdf Reconstruction exacte de réseau bayésien par une approche contraintes], encadré par S. de Givry et George Katsirelos (MIAT), à partir de février 2016
 
*[[Media:Stage_katsirelos_maxsat_sym.pdf|Gestion des symétries dans un solveur Max-SAT]], co-encadré par G. Katsirelos et M. Zytnicki (MIAT)
 
*[[Media:Propositiondesujetdestage.pdf|Développement d’une stratégie pour l’alignement de lectures courtes à partir de données de sRNAseq]], ''Aurélien Cottin'', co-encadré par C. Gaspin et M. Zytnicki (MIAT).
 
*[[Media:SujetStage2016_MJ.pdf|Comparaison de bibliothèques pour l'inférence dans un réseau bayésien dynamique en Matlab]], encadré par MJ Cros (MIAT).
 
  
2015 :
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*[[Media:These_jeux_graphiques.pdf|Algorithmique des jeux pour la gestion en agroécologie]]. '''SUJET POURVU.'''
  
*[http://www.nathalievilla.org/doc/pdf/MPCaldas_report.pdf DiOGenes Clinical Data Analysis], co-encadré par N. Viguerie (I2MC, INSERM) et N. Villa-Vialaneix
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thèse co-encadrée par R. Sabbadin (INRA-MIAT) et H. Fargier (IRIT-Université de Toulouse).<br/> &nbsp;
*[http://www.nathalievilla.org/doc/pdf/RKpekouTossou_report.pdf Analyse par simulation de l'interaction climat/rendement], co-encadré par V. Picheny, N.&nbsp;Villa-Vialaneix (MIAT)
 
*[http://www.nathalievilla.org/doc/pdf/CYdier_slides.pdf Étude de la réponse au lipopolysaccharide chez le porcelet], co-encadré par L. Liaubet (INRA, GenPhySE), V. Sautron et N. Villa-Vialaneix
 
*[[Media:PropositionStage2015MexicoRecordIUMA.pdf|Méthodes d'analyse de sensibilité de modèles pour entrées climatiques]], co-encadré par R. Faivre, R. Trépos et V. Picheny (MIAT)
 
*[[Media:SujetStageAdventices_201415.pdf|Modélisation de la dynamique des adventices dans un agrosystème]], ''Matthieu Pluntz, ENSAE''
 
*[[Media:SujetStageAbeille_SG.pdf|Analyse du compromis rendement/biodiversité sur un cas d’étude&nbsp;: système culture/adventices/pollinisateurs]], ''Romain Alexandre, M2 IMAT''
 
*[[Media:Stage-foodwebinference.pdf|Inférence de la structure d'un réseau trophique par optimisation de fonction score]], ''Etienne Auclair,, M2 Extraction des Connaissances à partir de Données, Lyon 2''
 
*[[Media:Stage_plne_vergerm.pdf|Méthode approchée en programmation mathématique]], co-encadré par S. de Givry et Gauthier Quesnel (MIAT)
 
  
2014&nbsp;:
+
*[[Media:Proposition_these_MIAT-LIPM-0719.pdf|Modélisation et contrôle du priming de l’immunité végétale par stimulation sonore]].  '''SUJET POURVU.'''
  
*[http://www6.inra.fr/record/Media/fichiers/RapportBastienPoublan.pdf Optimisation de variétés de tournesol sous incertitude climatique.] ''Bastien Poublan, Master MSDI 2 Univ. de Pau et des Pays de l'Adour''
+
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thèse co-encadrée par F. Garcia (INRA-MIAT) et A. Barbacci (INRA-LIPM).
*Mise au point d'une stratégie d'analyse de la dynamique évolutive des petits ARNs non-codants d'une espèce bactérienne. ''Franck Cerutti'', ''M2 Microbiologie et Agrobiosciences Mention Bioinformatique et Biologie des Systèmes.''
 
*[[Media:Stage_VESPA_final.pdf|Modèle SIS pour la conception d'un réseau d'épidémio surveillance]]. ''Jean-Noël Baka'', ''M1 SID''
 
*[[Media:Stage_MANAE_final.pdf|Apprendre ou gérer? Modélisation et résolution d'un problème d'optimal stopping pour la gestion d'un processus stochastique sur réseau.]] ''Vincent Courjault-Rade'', ''M2 IMAT''
 
*[http://www.irit.fr/~Jerome.Mengin/iaici/stages-2013-2014/inra-6.pdf Estimation de l'affinité entre deux molécules à l'aide des réseaux de fonctions de coûts].
 
*[http://www.irit.fr/~Jerome.Mengin/iaici/stages-2013-2014/inra-5.pdf Algorithme approché d'optimisation par propagation de messages avec application à la conception de vergers maraîchers].
 
*[http://www.irit.fr/~Jerome.Mengin/iaici/stages-2013-2014/inra-3.pdf Assemblage de génomes à l'aide des réseaux de fonctions de coûts]. ''Philippe Leleux'', ''M2R IAICI'', [http://www.inra.fr/mia/T/degivry/LeleuxMaster2014.pdf rapport]
 
*[http://www.irit.fr/~Jerome.Mengin/iaici/stages-2013-2014/inra-4.pdf Substitution de voisinage approchée dans les réseaux de fonctions de coûts].
 
*[http://www.irit.fr/~Jerome.Mengin/iaici/stages-2013-2014/inra-2.pdf Filtrage d'une contrainte globale pondérée de circuit avec application au Problème du Voyageur de Commerce].
 
*[http://carlit.toulouse.inra.fr/wikiz/images/2/2d/StagePDMG14.pdf Analyse et visualisation de politiques dans le cadre des Processus Décisionnels de Markov sur Graphe]. ''Simon Corde'', ''M1 TSE''
 
*[http://www.nathalievilla.org/doc/pdf/SBesbes_report.pdf Normalisation et analyse de données RNASeq], ''Sayma Besbes'', ''M1 Economics and Statistics, Toulouse School of Economics''
 
*Analyse bioinformatique de la Méthylation chez le poulet, ''Julien Plennecassagne'', ''M2 Bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.''
 
  
2013&nbsp;:
+
= Sujets de postdoc =
  
*Comprendre le processus de prise de décision d'un agriculteur face aux risques. ''Jean-François Dinh''
+
&nbsp;
*[http://carlit.toulouse.inra.fr/wikiz/images/8/87/StagePDMG13.pdf Réalisation d'une toolbox Matlab sur les Processus Décisionnels de Markov sur Graphe]. ''Geoffroy Janvier, M2 IMAT''
 
*Développement d'interfaces graphiques pour le module de décision.
 
*Développement d'interfaces graphiques facilitant la construction de modèles individu-centré.
 
*Conception et développement d'un modèle basé sur des règles de décision pour la gestion durable d’une flore adventice plurispécifique. Intégration au modèle prédictif FLORSYS modèle.
 
*Conception et développement d'un modèle d’élevage générique. Application aux systèmes d’élevage ovins allaitants.
 
*Mise en oeuvre et comparaison de méthodes d'optimisation par simulation. Application à la conception par simulation d'idéotypes.
 
*[[Media:Stage_EchantillonnageLogique_2012INRA.pdf|Optimisation de l'échantillonnage dans les Markov Logic Networks]]. ''Gabriel Sirvent, M2 IARF''
 
*[http://www.lirmm.fr/~bessiere/PUBLIC/sujet3.txt Réseaux de contraintes valués et contraintes globales]
 
*[[Media:PropositionStageM2MSECouture.pdf|<span class="internal">Le choix en rationalité limitée&nbsp;: une revue de la littérature des différentes classes de modèles</span>]].
 
*Algorithme VBEM pour l'estimation du processus de Cox log gaussien. Julia Radoszycki, INSA 5ème année
 
*[http://www.nathalievilla.org/doc/pdf/FBrunet_report.pdf Intégration de données pour la classification non supervisée de données biologiques]. ''Florian Brunet'', ''Master 2 Econométrie et Statistique, Toulouse School of Economics.''
 
*Prédiction des cibles des ARN non-codants chez les bactéries. ''Anaïs Painset'' , ''INSA Lyon 5ème année, Biosciences – Bioinformatique et Modélisation.''
 
  
2012&nbsp;:
+
'''Postdocs débutant à l'automne 2019'''
  
*[https://www.greyc.fr/node/199 Fonctions de coûts globales pour les réseaux de contraintes pondérés]
+
*[[Media:PostDocANITI.pdf|Postdoc ANITI en Intelligence Artificielle et Apprentissage automatique]] (financement de 1 à 4 ans), encadré par Simon de Givry et Thomas Schiex
*[[Media:Stage_substituability.pdf|<span class="internal">Substitution de voisinage dans les réseaux de fonctions de coûts</span>]].
 
*[[Media:Sujet-equ-charge.pdf|Algorithmes pour l'équilibre de charges de simulations parallélisées de modèles à structures dynamiques DEVS]].
 
*[[Media:Offre_de_stage_INRA.pdf|Conception et implémentation d'un simulateur de parcellaire d'une exploitation agricole de grande culture]].
 
*[[Media:Rapport_Stage_2012_Beatrice_Wiklund.pdf|Analyse exploratoire des caractéristiques du génome et du transcriptome de Lactococcus lactis]].
 
 
 
2011&nbsp;:
 
 
 
*[[Media:Stage_pure_2012.pdf|Réalisation d'une boite à outils sur les Processus Décisionnels de Markov]]. ''Alexandre Crayssac, L3 TSE''
 
*Etude de la robustesse aux informations de structure et d'apparentement de nouvelles mesures de déséquilibre de liaison.
 
*Identification de miRNA à partir de données NGS.
 
*Développement d'outils pour la localisation et l'analyse de structures secondaires stables dans les séquences codantes et non-codantes. ''Paul Siguier, INSA Lyon 5ème année, Bioinformatique et Modélisation.''
 
*Modélisation et Inférence de réseaux de régulation.''Magali Champion, Master 2 Recherche de Mathématiques Appliquées, Université Toulouse III Paul Sabatier.''
 
*Annotation de SNPs et interface web, ''Frédéric Escudié'', Master Pro bioinformatique, Université Toulouse III Paul Sabatier.
 

Version du 15 septembre 2020 à 07:17

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Sujets de master

 

Stages de master débutant au printemps 2021


Stages de master débutant au printemps 2020

Sujets de thèse

 

Thèses débutant à l'automne 2019

       Thèse co-encadrée par R. Sabbadin (INRA-MIAT) et H. Fargier (IRIT-Université de Toulouse).
 

       Thèse co-encadrée par F. Garcia (INRA-MIAT) et A. Barbacci (INRA-LIPM).

Sujets de postdoc

 

Postdocs débutant à l'automne 2019

Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
IMABS
Outils personnels