Catégorie:SaAB

De MIAT INRA
Aller à : navigation, rechercher

Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB)

L'équipe a pour objectif de développer et de mettre à disposition des biologistes des méthodes mathématiques, statistiques et informatiques permettant de contribuer à la compréhension du vivant. C'est plus particulièrement la localisation et l'identification d'éléments fonctionnels dans les génomes des bactéries, plantes et animaux qui caractérise les activités de recherche de l'équipe et ce, à différents niveaux:

  • au niveau génétique: un génome est essentiellement perçu au travers de petites régions caractérisées (les marqueurs moléculaires) qui forment des balises. Il s'agit alors de positionner ces balises sur les chromosomes (cartographie génétique et d'hybrides irradiés: Carthagène) pour ensuite localiser des régions liées à des caractères d'intérêt (résistances aux maladies, rendement...) par rapport à ces balises (localisation de QTL ou Quantitative Trait Loci: MCQTL). Ces données peuvent être ensuite utilisées en sélection de variétés combinant plusieurs caractères désirables.
  • au niveau moléculaire: c'est directement la séquence d'ADN du génome qui est analysée pour la décoder et identifier les régions fonctionnelles dans la séquence. Il peut s'agir de gènes codant pour des protéines (dans des génomes bactériens: FrameD ou eucaryotes: EuGène) ou de gènes non traduits et codant pour des ARNs fonctionnels (MilPat, DARN!). La comparaison de génomes d'espèces différentes et l'identification des évènements fondamentaux qui les séparent (remaniements) peut permettre le transfert d'information entre génomes.
  • au niveau de l'expression de gènes: l'utilisation de données de type "puce à ADN" permet de partiellement observer l'activité cellulaire à un instant donné. Il est alors possible d'établir un lien entre les conditions d'observation de la cellule (maladie, milieu pollué) et les gènes qui sont sur (ou sous) exprimés. Ce lien peut permettre de remonter aux gènes liés à la maladie ou permettre un diagnostic.

Pour ce faire l'équipe mobilise et développe des méthodes en mathématiques, statistiques, probabilités (modélisation, inférence, modèles de mélanges, processus) et en informatique (modélisation, optimisation combinatoire, algorithmique) avec le but de de capturer les méthodes développées dans des outils logiciels directement utilisables par nos partenaires biologistes et rendant compte le mieux possible de la complexité et de la variété des données utilisables.

Des liens solides lient également l'équipe aux laboratoires proches de Génétique Cellulaire, d'Interactions Plantes/Micro-organismes et de Génétique Animale.

Publications 2005-09 de l'équipe SaAB

Accueil

Cette catégorie ne contient actuellement aucune page ni fichier multimédia.

Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
IMABS
Outils personnels