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De MIAT INRA
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Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA) de Toulouse

L'Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA) est une unité propre (UR875) du département de Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA) (MIA) de l'INRA (INRA). Comme toutes les unités de MIA, l'UBIA a pour mission scientifique de développer et mettre en œuvre des méthodes mathématiques et/ou informatiques pertinentes pour résoudre des problèmes identifiés avec nos collaborateurs qui sont issus principalement d'autres départements de l'INRA. L'unité comporte actuellement (depuis janvier 2005) deux équipes de recherche : Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB) et Modélisation des Agro-écosystèmes et Décision (MAD). Elle héberge d'autre part la plate-forme de bioinformatique du GIS GENOTOUL (Génopole Toulouse Midi-Pyrénées). Ci dessous un organigramme de l'unité fin juin 2009. Organigramme (fin juin 2009)

Relever le défi des sciences du vivant suppose de développer les relations entre calcul, modélisation et ces sciences (biologie, agronomie, écologie, sciences de l'environnement) afin de favoriser et d'accélérer les recherches exploratoires in silico sur des objets allant du gène à l'écosystème. L'informatique, la statistique et, plus généralement, les mathématiques sont indispensables pour organiser les données sur ces objets et en permettre l'accès, représenter les modes d'organisation et simuler les interactions au sein de systèmes complexes qu'ils sont ou dans lesquels ils s'inscrivent, concevoir des outils formels et calculatoires d'analyse de données, de prédiction, d'optimisation à des fins de recherche de sens, de compréhension des fonctionnements des systèmes et de pilotage ou gestion de ceux de nature anthropique. Ces besoins sont la source pour des chercheurs en mathématiques et informatique d'applications originales des outils de ces disciplines ainsi que des développements nouveaux. La mission de l'unité est de contribuer à apporter une réponse à ces besoins. Ces recherches s'accompagnent d'une activité de production de logiciels pour leur valorisation et d'une activité de formation pour leur diffusion.


Plus particulièrement les recherches menées concernent :

  • l'apprentissage et l'optimisation de stratégies mises en œuvre par les acteurs des agro-écosystèmes
  • la construction de modèle de décision dans les agrosystèmes et leur simulation par couplage avec des modèles biophysiques
  • la conception d'échantillonnage spatial adaptatif pour la cartographie
  • la modélisation et la résolution de problèmes de décision spatialisée (contrôle d'épidémie, gestion forestière...).
  • la construction de cartes génétiques et physiques (hybrides irradiés)
  • la détection de régions du génome associées à un caractère quantitatif (QTL) sur la base de l'analyse de liaison ou de déséquilibre de liaison
  • l'inférence et l'étude des réseaux de régulations et d'interactions sur la base de données d'expression, de phénotype et du polymorphisme (génétique génomique)
  • la recherche dans les séquences génomiques de gènes de protéines et d'ARN.


L'unité poursuit clairement une double ambition de production disciplinaire sur ses domaines de compétence et de production finalisée en construisant des projets et en collaborant avec des biologistes et des agronomes au sens large. Par rapport au centre INRA de Toulouse, l'UBIA est fortement impliquée dans deux d'entre eux intitulés "Génome et Biotechnologie" et "Territoire et Produits". Le premier axe étudie l'organisation et le fonctionnement de gènes d'animaux et de végétaux et, pour ce qui concerne l'UBIA, développe des outils bioinformatiques nécessaires aux approches génomiques. L'axe Territoire et Produits s'intéresse entre autres à l'ingénierie et à la gestion des productions agricoles, à l'utilisation raisonnée d'intrants, à la gestion/préservation des ressources naturelles et biologiques. Notre insertion dans cet axe se fait à travers le développement de méthodes et d'outils pour la compréhension des dynamiques des agro-écosystèmes et l'aide à leur conception.

 

LES EQUIPES

Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
IMABS
Outils personnels