%PDF-1.5 % 4 0 obj << /S /GoTo /D (chapter*.3) >> endobj 7 0 obj (Introduction) endobj 8 0 obj << /S /GoTo /D (chapter.1) >> endobj 11 0 obj (Apprentissage de structure de r\351seau \351cologique) endobj 12 0 obj << /S /GoTo /D (section.1.1) >> endobj 15 0 obj (R\351seau \351cologique) endobj 16 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.1.1) >> endobj 19 0 obj (D\351finition) endobj 20 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.1.2) >> endobj 23 0 obj (Notions de th\351orie des graphes) endobj 24 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.1.3) >> endobj 27 0 obj (R\351seau \351cologique et th\351orie des graphes) endobj 28 0 obj << /S /GoTo /D (section.1.2) >> endobj 31 0 obj (Structure d'un r\351seau trophique) endobj 32 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.1) >> endobj 35 0 obj (Mod\350le de cascade) endobj 36 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.2) >> endobj 39 0 obj (Mod\350le de niche) endobj 40 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.3) >> endobj 43 0 obj (Mod\350le de hi\351rarchie imbriqu\351e) endobj 44 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.4) >> endobj 47 0 obj (Mod\350le \340 blocs latents) endobj 48 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.5) >> endobj 51 0 obj (Mod\350le stochastique \340 blocs) endobj 52 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.2.6) >> endobj 55 0 obj (Mod\350les de r\351seaux trophiques et apprentissage) endobj 56 0 obj << /S /GoTo /D (section.1.3) >> endobj 59 0 obj (Apprentissage de r\351seau \351cologique par observation directe des interactions) endobj 60 0 obj << /S /GoTo /D (section.1.4) >> endobj 63 0 obj (Apprentissage de r\351seau \351cologique par inf\351rence) endobj 64 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.4.1) >> endobj 67 0 obj (Programmation logique) endobj 68 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.4.2) >> endobj 71 0 obj (Apprentissage par r\351gression lin\351aire) endobj 72 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.4.3) >> endobj 75 0 obj (Mod\350le graphique gaussien) endobj 76 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.1.4.4) >> endobj 79 0 obj (R\351seau bay\351sien) endobj 80 0 obj << /S /GoTo /D (section.1.5) >> endobj 83 0 obj (Bilan) endobj 84 0 obj << /S /GoTo /D (chapter.2) >> endobj 87 0 obj (Apprentissage de la structure d'un r\351seau bay\351sien) endobj 88 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.1) >> endobj 91 0 obj (Notions de probabilit\351) endobj 92 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.1) >> endobj 95 0 obj (Variable al\351atoire) endobj 96 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.2) >> endobj 99 0 obj (Probabilit\351s jointes et marginales) endobj 100 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.3) >> endobj 103 0 obj (Probabilit\351s conditionnelles) endobj 104 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.4) >> endobj 107 0 obj (Ind\351pendance) endobj 108 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.5) >> endobj 111 0 obj (Probabilit\351 jointe multivari\351e) endobj 112 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.1.6) >> endobj 115 0 obj (Ind\351pendance conditionnelle) endobj 116 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.2) >> endobj 119 0 obj (Mod\350le graphique probabiliste) endobj 120 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.2.1) >> endobj 123 0 obj (R\351seau bay\351sien) endobj 124 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.2.2) >> endobj 127 0 obj (Cha\356ne de Markov) endobj 128 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.2.3) >> endobj 131 0 obj (R\351seau bay\351sien dynamique) endobj 132 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.2.4) >> endobj 135 0 obj (\311quivalence au sens de Markov) endobj 136 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.2.5) >> endobj 139 0 obj (Apprentissage de structure de r\351seaux bay\351siens) endobj 140 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.3) >> endobj 143 0 obj (Algorithmes bas\351s sur des tests d'ind\351pendance conditionnelle) endobj 144 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.3.1) >> endobj 147 0 obj (Algorithmes bas\351s sur la recherche de V-structures) endobj 148 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.3.2) >> endobj 151 0 obj (Algorithmes bas\351s sur la couverture de Markov) endobj 152 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.4) >> endobj 155 0 obj (Algorithmes bas\351s sur un score) endobj 156 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.4.1) >> endobj 159 0 obj (Fonction de score) endobj 160 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.4.2) >> endobj 163 0 obj (Algorithme de recherche exhaustive) endobj 164 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.4.3) >> endobj 167 0 obj (Algorithme Branch and Bound) endobj 168 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.4.4) >> endobj 171 0 obj (Algorithmes d'ordonnancement de variables) endobj 172 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.2.4.5) >> endobj 175 0 obj (Algorithmes bas\351s sur la programmation lin\351aire en nombre entiers) endobj 176 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.5) >> endobj 179 0 obj (Apprentissage de r\351seaux bay\351siens dynamiques) endobj 180 0 obj << /S /GoTo /D (section.2.6) >> endobj 183 0 obj (Bilan) endobj 184 0 obj << /S /GoTo /D (chapter.3) >> endobj 187 0 obj (Mod\351lisation d'un multi-processus de contact par r\351seau bay\351sien \351tiquet\351) endobj 188 0 obj << /S /GoTo /D (section.3.1) >> endobj 191 0 obj (Dynamique d'esp\350ces dans un r\351seau \351cologique) endobj 192 0 obj << /S /GoTo /D (section.3.2) >> endobj 195 0 obj (R\351seau bay\351sien \351tiquet\351) endobj 196 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.2.1) >> endobj 199 0 obj (Mod\350le de base) endobj 200 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.2.2) >> endobj 203 0 obj (Gestion de l'affaiblissement des probabilit\351s par covariable) endobj 204 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.2.3) >> endobj 207 0 obj (Int\351gration d'\351tiquettes de force diff\351rente) endobj 208 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.2.4) >> endobj 211 0 obj (Int\351gration de plusieurs forces de probabilit\351s ind\351pendantes et d'affaiblissement par covariables) endobj 212 0 obj << /S /GoTo /D (section.3.3) >> endobj 215 0 obj (R\351seau bay\351sien dynamique \351tiquet\351) endobj 216 0 obj << /S /GoTo /D (section.3.4) >> endobj 219 0 obj (Comparaison \340 des mod\350les connus) endobj 220 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.4.1) >> endobj 223 0 obj (Mod\350les Noisy-OR et Noisy-AND) endobj 224 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.4.2) >> endobj 227 0 obj (Lien entre mod\350le RBE et mod\350les Noisy-OR et Noisy-AND) endobj 228 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.4.3) >> endobj 231 0 obj (R\351seau bay\351sien qualitatif) endobj 232 0 obj << /S /GoTo /D (section.3.5) >> endobj 235 0 obj (Exemples de processus mod\351lisables par r\351seau bay\351sien dynamique \351tiquet\351) endobj 236 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.5.1) >> endobj 239 0 obj (Processus de contact ou mod\350le SIS sur graphe) endobj 240 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.5.2) >> endobj 243 0 obj (Processus d'\351pid\351miologie SIR) endobj 244 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.5.3) >> endobj 247 0 obj (Gestion de r\351seaux \351cologiques spatiaux avec des actions simultan\351es) endobj 248 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.5.4) >> endobj 251 0 obj (Mod\350le de diffusion et de propagation d'influence interne et externe) endobj 252 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.3.5.5) >> endobj 255 0 obj (Dynamique d'esp\350ces dans un r\351seau \351cologique) endobj 256 0 obj << /S /GoTo /D (chapter.4) >> endobj 259 0 obj (Apprentissage de la structure d'un r\351seau bay\351sien \351tiquet\351) endobj 260 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.1) >> endobj 263 0 obj (Vraisemblance d'un RBDE) endobj 264 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.2) >> endobj 267 0 obj (Apprentissage dans un RBDE) endobj 268 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.2.1) >> endobj 271 0 obj (Algorithme d'apprentissage de RBDE) endobj 272 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.2.2) >> endobj 275 0 obj (\311tape d'estimation) endobj 276 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.2.3) >> endobj 279 0 obj (\311tape de restauration) endobj 280 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.3) >> endobj 283 0 obj (Expression de l'\351tape de restauration comme un programme lin\351aire en nombres entiers) endobj 284 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.3.1) >> endobj 287 0 obj (D\351finition du PLNE) endobj 288 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.3.2) >> endobj 291 0 obj (Nombre de variables et de contraintes) endobj 292 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.4) >> endobj 295 0 obj (Mod\350le stochastique \340 blocs pour l'apprentissage de RBDE) endobj 296 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.4.1) >> endobj 299 0 obj (Int\351gration dans un RBDE) endobj 300 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.4.4.2) >> endobj 303 0 obj (Exemple : niveaux trophiques dans un r\351seau \351cologique) endobj 304 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.5) >> endobj 307 0 obj (\311valuation de l'\351tape d'estimation des param\350tres) endobj 308 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.6) >> endobj 311 0 obj (\311valuation de l'\351tape d'apprentissage de structure d'un RBDE) endobj 312 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.7) >> endobj 315 0 obj (\311valuation de l'algorithme d'apprentissage) endobj 316 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.8) >> endobj 319 0 obj (Performance de l'algorithme d'apprentissage avec ajout de connaissances) endobj 320 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.9) >> endobj 323 0 obj (Choisir un nombre d'arcs dans le graphe consensus) endobj 324 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.10) >> endobj 327 0 obj (Apprentissage sur des donn\351es r\351elles : esp\350ces marines dans des for\352ts de kelp) endobj 328 0 obj << /S /GoTo /D (section.4.11) >> endobj 331 0 obj (Bilan) endobj 332 0 obj << /S /GoTo /D (chapter.5) >> endobj 335 0 obj (Cas d'\351tude : r\351seau d'esp\350ces d'arthropodes dans des cultures) endobj 336 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.1) >> endobj 339 0 obj (Description des donn\351es) endobj 340 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.2) >> endobj 343 0 obj (Analyse des donn\351es) endobj 344 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.2.1) >> endobj 347 0 obj (\311tude de corr\351lations) endobj 348 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.2.2) >> endobj 351 0 obj (Abondances par pi\350ges) endobj 352 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.2.3) >> endobj 355 0 obj (Distribution des abondances et seuil de pr\351sence) endobj 356 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.2.4) >> endobj 359 0 obj (Donn\351es de pr\351sence/absence utilis\351es pour l'apprentissage) endobj 360 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.3) >> endobj 363 0 obj (Apprentissage de r\351seau) endobj 364 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.3.1) >> endobj 367 0 obj (Mod\351lisation) endobj 368 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.3.2) >> endobj 371 0 obj (Apprentissage par graphe consensus) endobj 372 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.3.3) >> endobj 375 0 obj (Int\351gration des tailles des individus comme niveau trophique et apprentissage par vraisemblance g\351n\351ralis\351e) endobj 376 0 obj << /S /GoTo /D (subsection.5.3.4) >> endobj 379 0 obj (Apprentissage par vraisemblance g\351n\351ralis\351e et connaissance des niveaux trophiques) endobj 380 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.4) >> endobj 383 0 obj (Diff\351rences entre cultures) endobj 384 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.5) >> endobj 387 0 obj (Comparaison avec les pr\351c\351dents travaux) endobj 388 0 obj << /S /GoTo /D (section.5.6) >> endobj 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