Séminaires

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Sommaire

Séminaires de l'unité MIAT

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Le séminaire de l'équipe MIAT d'INRAe Toulouse est un endroit d'échanges scientifiques et techniques entre les membre de l'unité et des experts en mathématiques, informatique, agro-écosystèmes, bioinformatique, etc. Les présentations peuvent être sur des travaux en cours, des projets finalisés hautement spécialisés ou à valeur plus éducative / informationnelle. Les aspects mis en avant peuvent être d'ordre méthodologique ou applicatif.

Les présentations peuvent être en français ou en anglais pour une durée d'une heure (45min + questions). Sauf contre-indication, les séminaires ont lieu dans la salle de réunion MIAT à 10h30 le vendredi. L'accès à l'unité MIAT d'INRAe Auzeville/Castanet est indiqué ici (nous sommes à moins de 30 mètres de la réception !).

Séminaires de l'année en cours et séminaires futurs

17/12/2021 : Titre à venir Timothée Vergne (ENVT)

10/12/2021 : Séminaire des doctorants

26/11/2021 : Titre à venir Séminaire interne (Scidyn)

19/11/2021 : Titre à venir Céline Bougel (visiteuse scientifique IMABS, INRAE)

29/10/2021, 05/11/2021 et 12/11/2021 : Vacances scolaires et pont de la Toussaint - pas de séminaire

22/10/2021 : Titre à venir Maxime Garnault (INRAE AGIR)

15/10/2021 : Séminaire interne (SaAB)

08/10/2021 : Titre à venir Charlotte Pelletier

01/10/2021 : Some ideas to reconcile orthology with deep learning to predict regulatory regions using convolutional and graph neural networks Raphaël Mourad (IBCG, Université Toulouse 3 & Délégation INRAE MIAT)

Résumé : Current deep learning methods, eg CNNs, for functional element prediction are aimed to be trained on one species (eg human) and to predict on the same species (eg human). This is a very strong limit of such model for annotating newly sequenced genomes. Formalizing the annotation task as a GNN connecting species allows to generalize CNNs to predict annotations across species, in a very natural way.

24/09/2021 8h50-12h30 : Journée « Impact carbone de la recherche et du numérique » dans le cadre des animations IMABS

17/09/2021 : SHAMAN: a user-friendly website for metataxonomic analysis from raw reads to statistical analysis Amine Ghozlane (Institut Pasteur) diaporama

Résumé : Comparing the composition of microbial communities among groups of interest (e.g., patients vs healthy individuals) is a central aspect in microbiome research. It typically involves sequencing, data processing, statistical analysis and graphical display. Such an analysis is normally obtained by using a set of different applications that require specific expertise for installation, data processing and in some cases, programming skills. Here, we present SHAMAN, an interactive web application we developed in order to facilitate the use of (i) a bioinformatic workflow for metataxonomic analysis, (ii) a reliable statistical modelling and (iii) to provide the largest panel of interactive visualizations among the applications that are currently available. SHAMAN is specifically designed for non-expert users. A strong benefit is to use an integrated version of the different analytic steps underlying a proper metagenomic analysis. The application is freely accessible at http://shaman.pasteur.fr/, and may also work as a standalone application with a Docker container (aghozlane/shaman). The source code is written in R and is available at https://github.com/aghozlane/shaman.
Référence

10/09/2021 : Détection de méthylation de l’ADN à partir de lecture ONT Paul Terzian (Séminaire interne, plateforme Bioinformatique)

Résumé : Les modifications de l’ADN et en particulier la méthylation des cytosines en 5mC sont un sujet d’étude important en épigénomique. En effet, il a été montré que cette modification pouvait avoir le rôle de marqueur épigénétique chez les animaux, c’est-à-dire avoir un rôle dans le contrôle de l’expression de gènes. Jusqu’à présent, la méthode de détection de méthylation de référence est le WGBS qui nécessite de traiter chimiquement l’ADN et qui ne produit que des lectures courtes.
Aujourd’hui nous nous intéresseront au séquençage par nanopore (ONT) qui permet de séquencer des longues lectures et de détecter les modifications de l’ADN, dont la méthylation des cytosines, simultanément et sans traitement de l’ADN au préalable. En revanche cette approche reste encore instable, aussi bien en matière de matériel de séquençage qu’en matière de logiciel. Dans cette présentation j’introduirais le concept de séquençage nanopore ainsi que son apport pour les analyses de méthylation. Je parlerais ensuite de notre travail visant à acquérir une expertise sur ces nouvelles méthodes et à améliorer la qualité des résultats obtenus (entraînement de nouveaux modèles de prédictions). Ce travail est réalisé dans le cadre du projet SeqOccIn, porté par les plateformes Get et Bioinfo de Genotoul.

03/09/2021 : Interconnexion de réseaux de régulation cellulaire - Application au cycle de division et à l'horloge circadienne Laurent Tournier (INRAE, MaIAGE)

Résumé : Les systèmes dynamiques discrets, en particulier les réseaux Booléens asynchrones, constituent un outil intéressant pour modéliser la dynamique de réseaux de régulation cellulaire. Ils permettent une analyse qualitative, bien adaptée pour capturer certains comportements asymptotiques clés de ces réseaux. Ils sont utilisés notamment pour représenter des réseaux de décision (survie/mort cellulaire) ou encore, plus récemment, des oscillateurs biologiques. Dans cette présentation, nous décrirons le cadre des réseaux Booléens asynchrones et nous verrons comment les utiliser pour modéliser des réseaux cellulaires. Nous proposons en particulier deux méthodes originales pour interconnecter plusieurs réseaux entre eux. Nous appliquons ces résultats à deux oscillateurs biologiques centraux dans les cellules mammifères : le cycle de division et l’horloge circadienne. Ces travaux, encore en cours, sont réalisés en partie dans le cadre du projet ANR ICycle (2017-21).

Séminaires reportés à une date ultérieure

KeOps: Kernel Operations on the GPU, with autodiff, without memory overflows. Benjamin Charlier (Université de Montpellier, ARAMIS)

Résumé : The KeOps library lets you compute generic reductions of large 2d arrays whose entries are given by a mathematical formula. It is perfectly suited to the computation of convolutions (or more generally to Kernel dot products) and the associated gradients (with an automatic differentiation engine).
KeOps is fast as it allows you to compute Gaussian convolution up to 40 times faster than a standard tensor algebra library that use GPU. KeOps is scalable and can be used on large data (typically from n=10^3 to n=10^7 number of rows/columns): it combines a tiled reduction scheme and works even when the full kernel matrix does not/fit into the GPU memory. Finally, KeOps is easy to use as it comes with its Matlab, Python (NumPy or PyTorch) and R bindings.
Web site: http://www.kernel-operations.io

Séminaires passés / Past seminars

Lien vers la Liste des séminaires passés de l'unité MIAT.

Contacts

Si vous souhaitez présentez vos travaux durant le séminaire MIAT, n'hésitez pas à contacter Nathalie Vialaneix ou Sandra Plancade.

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