Algorithmes pour la recherche de liens génotype et phénotype sur graphes de pangénomes et sans alignement

• Directeurs de thèse : Benjamin Linard (INRAE, MIAT), Séverine Bérard (ISEM, Univ. Montpellier),
• Début de thèse : 1er Octobre 2026
• École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
• Établissement : Université de Toulouse
• Financement : ANR PanQueSt (50%) + Dpt MathNum INRAE (50%)

Résumé : La recherche de liens génotype-phénotype est au cœur de nombreux projets de génétique. Il est aujourd’hui possible d’établir ce lien à partir du mapping de séquences requêtes sur un graphe de pangénome suivi d’une inférence statistique du génotype associé. Le mapping sur un graphe est toutefois un processus coûteux, constitutionnellement parlant.

La thèse cherchera à développer une méthode originale basée sur des comptages k-mers et une estimation statistique des génotypes sur la base de ces comptages projetés sur un graphe de pangénome. Le but des algorithmes qui seront développés sera d’ouvrir de nouvelles possibilités dans l’analyse phénotypique pour de très larges volumes de données.