METAVIRAL - Evaluation de l’apport de la métagénomique clinique par 3ème génération de séquençage pour l’identification de virus émergents

• Directeurs de thèse : Jean-Luc Guérin (IHAP, INRAE, ENVT), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
• Début de thèse : 1er Décembre 2025
• École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
• Établissement : Université de Toulouse
• Financement : Région Occitanie

Résumé : Les maladies virales représentent un risque sanitaire de premier plan, chez l’homme et l’animal. L’identification et le typage rapide et robuste des agents viraux est une priorité scientifique et médicale et fait appel à des « pipelines » qui associent technologies de biologie moléculaire et algorithmes bioinformatiques pour assembler, annoter et comparer les génomes. Le projet METAVIRAL vise à développer et évaluer un système de surveillance basé sur des protocoles de métagénomique clinique faisant appel aux technologies de séquençage de 3ème génération, depuis la prise en charge de l’échantillon biologique jusqu’à la validation biologique d’un résultat. Le projet de thèse (laboratoires IHAP et MIAT) portera sur l’identification sans a priori de virus dans différentes matrices.