Intégration de données hétérogènes complexes à partir de tableaux de tailles déséquilibrées

• Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (MIAT, INRA) et Nathalie Viguerie (I2MC, INSERM)
• Soutenue le : 19/10/2018
• Ecole doctorale : MITT
• Etablissement : Université Toulouse Capitole (Toulouse I)
• Financement : 50% Methodomics - 50% région

Durant sa thèse, Alyssa Imbert a travaillé sur la prise en compte des individus manquants dans les problèmes d’inférence de réseaux de gènes et a mis au point une méthode d’imputation de type « hot deck ». Elle a appliqué ses travaux à l’étude des changements transcriptomiques et cliniques lors d’une intervention diététique chez des obèses. Son travail a donné lieu à plusieurs publications :

• Imbert, A., Vialaneix, N., Marquis, J., Vion, J., Charpagne, A., Metairon, S., Laurens, C., Moro, C., Boulet, N., Walter, O., Lefebvre, G., Hager, J., Langin, D., Saris, W. H. M., Astrup, A., Viguerie, N., & Valsesia, A. (2022). Network analyses reveal negative link between changes in adipose tissue GDF15 and BMI during dietary induced weight loss. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 107(1), e130–e142.

• Imbert, A., Valsesia, A., Le Gall, C., Armenise, C., Lefebvre, G., Gourraud, P.-A., Viguerie, N., & Villa-Vialaneix, N. (2018). Multiple hot-deck imputation for network inference from RNA sequencing data. Bioinformatics, 34(10), 1726–1732.

• Imbert, A., & Vialaneix, N. (2018). Décrire, prendre en compte, imputer et évaluer les valeurs manquantes dans les études statistiques : une revue des approches existantes. Journal De La Société Française De Statistique, 159(2), 1–55.

à des communications dans des conférences (Rencontres R 2018, ECCB 2018, Rencontres R 2016, JdS 2016) ainsi qu’au développement d’un package R package: RNAseqNet.