Identification et caractérisation de nouveaux ARN non codant chez l'archée hyperthermophile Pyrococcus abyssi

• Soutenue le :18/03/2011
• Directrice de thèse : Béatrice Clouet-d’Orval (Laboratoire de Microbiologie et de Génétique Moléculaire, Université Toulouse III)
• Co-directrice : Christine Gaspin
• Co-encadrante : Annick Moisan
• Ecole doctorale : Biologie - Santé - Biotechnologies (Toulouse III)
• Mots-clés : ARN non codant, Pyrococcus abyssi, Thermococcales, Bio-informatique, Complexes ribonucléoprotéiques
• Manuscrit : Manuscrit (français)

Résumé : Les ARN non codant (ARNnc) possèdent des fonctions vitales dans les trois domaines du vivant. En plus des ARNr et les ARNt, de nouveaux ARNnc régulateurs de l’expression génique ont été identifiés et caractérisés dans des génomes d’organismes eucaryotes et bactériens par des approches biologiques que bioinformatiques. Peu d’études du même type sont parues chez les génomes d’archées. L’objectif de cette thèse est d’identifier de nouveaux ARNnc dans le génome d’une archée hyperthermophile de l’ordre des Thermococcales, Pyrococcus abyssi. Une approche bioinformatique combinant deux méthodes complémentaires a été utilisée pour cribler les régions intergéniques de la séquence génomique de cette archée. Cette recherche a abouti à la prédiction de nombreuses régions candidates dont 82 ont été retenues pour une validation expérimentale par Northern Blot. Des transcrits ont été détectés pour 24 prédictions dont 16 sont de nouveaux ARN qui n’ont jamais été décrits. Pour chaque nouvel ARN, les extrémités 5’ et 3’ ont été identifiées par des analyses d’extension d’amorce et en Circular RACE. Des motifs promoteurs ont été proposés pour neuf d’entre eux. Une analyse comparative des séquences étendue à l’ensemble des Thermococcales, intégrant l’analyse des alignements de séquences orthologues a amené à proposer des structures secondaires conservées pour huit ARN. Les données acquises ont permis d’émettre des hypothèses quant à la fonction de ces ARN dans la cellule. Deux d’entre eux sont capables de former des complexes ribonucléoprotéiques (RNP) avec la protéine ribosomale L7Ae, composante de RNP chez les archées, suggérant que ces ARN feraient partie de complexes RNP fonctionnels.