Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots

• Soutenue le : 28/11/2011
• Directeur de thèse : Thomas Schiex
• Co-directeur : Thomas Faraut (Laboratoire de Génétique Cellulaire, INRA Toulouse)
• Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
• Mots clés : Duplication, Tandem, Annotation, Graphe, Flot, ADN, Evolution
• Manuscrit : Manuscrit (français)

Résumé : L’arrivée massive de séquences complètes de génomes nécessite des méthodes efficaces d’annotation : comment est structurée l’information le long de la séquence d’ADN. Après s’être concentrée sur la détection de séquences codantes, les gènes, l’annotation a élargi son champ d’investigation à d’autres éléments fonctionnels (ncRNA, transposons, …). Nous proposons d’annoter la séquence en identifiant les régions dupliquées, plus précisément dupliquées en tandem, en raison de l’importance du phénomène de duplication dans l’évolution des génomes. Nous avons développé un algorithme à base de graphes, s’inspirant de la théorie des flots, qui détecte les régions dupliquées en tandem, ainsi que chacune des unités dupliquées, exploitation la seule information de la séquence d’ADN. Cette méthode a été testée sur un génome de plante possédant de nombreuses duplications en tandem : Arabidopsis thaliana. La méthode a fait l’objet d’une implémentation dans un logiciel, ReD, disponible pour la communauté scientifique.