Ingénieur-e d'étude en développement d'application : construction et exploitation de pangénomes

01 sept. 2024

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Depuis sa création INRAE a une mission de collecte et de stockage de graines ou de gamètes afin de conserver un large échantillon de la diversité des variétés et des races d’intérêt agricole. Ces collections comportent des individus adaptés à différents environnements et peuvent donc être mises à profit pour identifier et apporter des caractères d’adaptation à des lignées ou des races actuelles pour les rendre plus résilientes aux grands changements en cours. Même si ce matériel est conservé, l’institut ne dispose souvent pas d’une connaissance fine de ces caractères. Les technologies de séquençage rendent aujourd’hui possible l’amélioration de cette connaissance fine par la caractérisation des collections d’intérêt au niveau génomique.

Le projet auquel vous serez associé, a pour objectif la prise en charge d’une partie des analyses pour une grande quantité de données de séquençage concernant les génomes de plusieurs variétés végétales et races animales. Ces données existent ou sont en cours de production dans le cadre d’un projet financé par le PEPR Agroécologie et Numérique (ANR, France 2030). Les analyses porteront sur l’assemblage et l’annotation de génomes et la construction et l’exploitation de graphes de pangénomes.

Vous intégrerez la structure en charge de la mise en place et de la mise en œuvre des outils d’analyse. Cette structure est pilotée par des chercheurs et ingénieurs de trois départements dont les thématiques sont : Génétique, Diversité et Écophysiologie des Céréales, Diversité, Evolution et génomique des Interactions biotiques et, Mathématiques et Informatique Appliquées.

Cette structure se dote d’une équipe de trois ingénieur.e.s d’étude durant le temps du projet. Votre activité au sein de cette équipe concernera les tâches suivantes :

  • Test d’outils de génération de graphes de pangénomes,
  • Mise en oeuvre d’outils de construction de graphes de pangénome pour une dizaine d’espèces
  • Mise en place d’animation et de formations autour de ces différents outils
  • Vous serez accueilli.e dans le laboratoire MIAT à Auzeville Tolosane pour une durée d’au moins 12 mois.

En relation avec les producteurs de données et les équipes de recherche, vous contribuerez notamment à la construction de graphes de pangénomes.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Les compétences souhaitées :

  • maîtrise de l’environnement Unix/Linux
  • maîtrise d’un des langages de programmation Python
  • expérience souhaitée en assemblage, annotation de génome ou analyse de pangénomes
  • expérience appréciée dans la mise en œuvre de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow ou autre)

Capacités personnelles :

  • Diplôme minimum souhaité : BAC +3 info/ bio-informatique
  • Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation
  • Envie de travailler en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

Information pratiques

  • Lieu d’accueil : INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan
  • Contrat : Mission temporaire
  • Date de début : 01/12/2024
  • Durée : 12 mois
  • Rémunération : De 2244.79€ à 3332.73€ (selon expérience)
  • Date limite : 29/09/2024

Contacts

Modalités pour postuler : lien fiche emploi


Mission temporaire IE Informatique