2024
février
Ronan Lenain (INRAE,TSCF, ROMEA)
janvier
Cécile Barnaud (Dynafor)
2023
novembre
Jilles S. Dibangoye (University of Groningen) [distanciel]
Résumé: In our daily lives, we interact with others and make decisions that impact not only us but also those around us. It is important to recognize that these decisions can have both immediate and long-term consequences. >>
octobre
Pierre-Emmanuel Sugier (Université de Pau) [distanciel]
Résumé : One major finding from genome-wide association studies (GWAS) era is that pleiotropy – that occurs when one gene influence two or more unrelated traits - is a widespread phenomenon in human complex traits. >>
Christophe Klopp (Séminaire interne, plateforme Bioinfo)
Résumé : La plate-forme bioinfo genotoul accompagne des équipes de recherche dans leurs projets en réalisant du traitement de séquences et en leur mettant à disposition des résultats leur permettant d’extraire de connaissances scientifiques. >>
septembre
David Métivier (MISTEA, INRAE Montpellier)
Résumé : Given a simulation budget of N points to calculate an expectation/integral, and some confidence level, what is the optimal confidence interval one can build? For which estimator? The classic Monte Carlo method builds intervals of size proportional to the inverse squared root of N and of the confidence level. >>
juin
Cassio Fraga-Dantas (Tetris, INRAE, Montpellier)
Résumé : Enhancing the interpretability of AI techniques is paramount for increasing their acceptability, especially in highly interdisciplinary fields such as remote sensing, in which scientists and practitioners with diverse backgrounds work together to monitor the Earth’s surface. >>
mai
Alain Dutech (Université de Nancy)
Résumé : L’apprentissage par renforcement occupe une part de plus en plus grande dans la société mais aussi dans les recherches en IA ou Apprentissage Automatique. Actuellement l’accent est mis sur les techniques d’apprentissage “profond”, présenté comme une solution à toutes les difficultés. >>
David Makowski (MIA Paris-Saclay, INRAE) [distanciel]
Résumé : Depuis le milieu des années 90, la méta-analyse a connu un succès croissant. Cette approche statistique consiste à synthétiser un ensemble d’expérimentations - réalisées de manière indépendante dans des conditions variées - pour tester des hypothèses et estimer des paramètres dans le but de répondre à une ou plusieurs questions scientifiques, souvent à forts enjeux sociétaux. >>
avril
Darcy Jones (séminaire interne, équipe SaAB)
Résumé : Parastagonospora nodorum is a major necrotrophic pathogen of wheat, causing substantial yield and economic loss in Australia (estimated $100M AUD per annum). Robust management of the disease requires an in-depth understanding of both the molecular and evolutionary dynamics involved in infection and pathogen populations. >>
mars
Arnaud Dragicevic (CIRANO, Chulalongkorn University) [distanciel]
Résumé : Herein we study a weighted multilayered socio-ecological network system in sustainability, in which a policy reform is applied to one or more layers of the network. We investigate the knock-on effect from this reform and the influence of centrality of nodes in spreading the reform. >>
Changement climatique et travail scientifique : quantifier le coût environnemental de la recherche ?
Antoine Hardy (Sciences Po Bordeaux)
Résumé : Depuis novembre 2020, Antoine Hardy mène, dans le cadre d’une thèse de science politique, une enquête auprès de Labos 1point5, cette initiative qui vise à faire changer les pratiques de recherche au nom de l’urgence environnementale, notamment à travers le développement et la circulation d’un calculateur d’empreinte carbone. >>
Didier Laborie (séminaire interne plateforme bio-info)
Résumé : La plateforme Bioinfo GenoToul vient de faire l’acquisition d’une nouvelle infrastructure de calcul pour remplacer ses équipements vieillissants.
Il s’agit d’un cluster de calcul fonctionnant à travers SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management) composé de : >>
février
Ronan Trepos (séminaire interne, équipe Record)
Résumé : L’equipe RECORD vient de redéfinir, avec l’appui du département MathNum, les contours de son projet structurant autour de la modélisation et de la simulation des agroécosystèmes. Depuis 12 ans, l’equipe développe des outils génériques pour la modélisation et la simulation d’agroécosystèmes. >>
janvier
Christine Brun (TAGC, Université Aix-Marseille)
Résumé : Je présenterai certains challenges de la biologie des réseaux. Je les illustrerai par nos travaux actuels d’analyse des réseaux d’interactions proteine-proteine et protéine-ARN sur: (i) les fonctions cellulaires des petits ORFs, (ii) les perturbations de réseaux dans les relations hôte-microbes, (iii) la prise de décision en signalisation. >>
Romain Couillet (Université Grenoble-Alpes)
Résumé : La civilisation occidentale est engagée depuis 10,000 ans dans un processus technicien, aujourd’hui verrouillé par une ontologie naturaliste (cette vision du monde qui fait de la “nature” le grand supermarché de l’humanité) qui entraîne dans son sillon les dynamiques exponentielles des consumérisme, extractivisme et colonialisme. >>
2022
décembre
Stanislav Vakaruk (Université de Madrid, visiteur à MIAT)
Résumé Machine Learning and Deep Learning methods can be applied in almost any field to solve some type of problem, usually requiring a labeled dataset (preferably large). In addition to the fact that these techniques or models learn to solve problems without explicit programming, they can solve them fast enough to be incorporated into a real-time solution. >>
Elise Maigné et Nathalie Vialaneix (Séminaire interne SAaB)
Résumé Dans cette présentation, on vous parlera de l’application ASTERICS https://asterics.miat.inrae.fr (pour réaliser des analyses statistiques exploratoires et intégratives) ainsi que des solutions techniques que l’on a sélectionnées pour la développer et la déployer avec docker. >>
novembre
Sophie Thiebaud-Roux et Pierre-Yves Pontalier (LCA, INRAE) [présentiel]
Résumé Le Laboratoire de chimie agro-industrielle est une unité de recherche qui travaille sur la valorisation de la biomasse végétale, principalement les coproduits et les résidus des industries agricoles. C’est une unité à forte vocation expérimentale qui essaye de développer des nouveaux procédés plus respectueux de l’environnement. >>
octobre
Jean Mainguy, MIAT, plateforme Bioinformatique
Depuis la fin des années 2000, on utilise des gènes marqueurs pour étudier la composition des communautés microbiennes dans les écosystèmes d’intérêt. Il s’agit du métabarcoding. L’un des gènes les plus communément utilisé est le gène de l’ARN 16S, mais les technologies de séquençage suffisamment précises pour ce type d’étude ne permettaient d’en obtenir qu’une petite partie (< 500pb). >>
septembre
Sophie Donnet (MIA Paris-Saclay, INRAE)
Let a collection of networks represent interactions within several (social or ecological) systems. Two main issues arise: identifying similarities between the topological structures of the networks or clustering the networks according to the similarities in their structures. >>
Laurent Noel et Emmanuelle Lauber (LIPME, INRAE)
Les déterminants de la pathogénie et de la spécificité d’hôte des bactéries pathogènes des plantes sont méconnus et pourraient faire intervenir des facteurs de virulence tels que le système de sécrétion de type 3 (T3SS) et ses protéines effectricess associées (ET3). >>
juin
Élise Maigné et Jérôme Mariette (MIAT, INRAE)
On va vous présenter l’empreinte carbone du laboratoire MIAT estimées sur les années 2019 et 2020, réalisées en utilisant la méthodologie développé par Labos 1point5 à travers l’outil GES 1point5. Nous vous proposons de regarder collectivement les résultats données par l’outil sur 2 voire 3 ans pour certains modules. >>
Frédéric Gosselin (EFNO Ecosystèmes Forestiers, INRAE)
De nombreux auteurs ont insisté sur le fossé important existant entre gestion des milieux naturels et développement des connaissances. Nous proposons ici de réfléchir sur cette articulation entre monde de la gestion et celui de la recherche en biologie de la conservation à partir du cas de la chouette tachetée nordique, une sous-espèces de chouette forestière, vivant dans le Nord-Ouest des Etats-Unis (et le Sud-Ouest du Canada). >>
avril
Benjamin Charlier (IMAG, Université de Montpellier)
In this talk I will present the KeOps library, which allows to compute arbitrary operations implying M*N pairwise interactions between M ‘source’ and N ’target’ data points or features in a very efficient way, benefitting from Cpu or Gpu parallelization and automatic differentiation. >>
Régis Sabbadin (Séminaire interne, équipe Scidyn)
Dans cet exposé, je vous raconterai le début d’une collaboration avec Alice Cleynen et Benoite de Saporta, statisticiennes à l’IMAG (Montpellier). Alice et Benoite travaillent depuis quelques temps déjà sur un modèle de suivi et de traitement de rechutes de patients atteints de myélomes multiples (données Cancéropole Toulouse). >>
mars
Méthodes Exactes pour l'Apprentissage de la Structure d'un Réseau Bayésien et les Réseaux de Fonctions de Coûts
février
janvier
Juliette Chevallier (INSA Toulouse/IMT)
The expectation-maximization (EM) algorithm is a powerful computational technique for maximum likelihood estimation in incomplete data models. When the expectation step cannot be performed in closed form, a stochastic approximation of the EM algorithm (SAEM) can be used. >>
Arnaud Di-Franco (Séminaire interne, plateforme Bioinformatique)
The differences in DNA sequences between individuals make us who we are. These variations only represent a small proportion of our genome but can greatly influence our phenotype. They appear in different sizes and types and each have been proven to be link to various disease. >>
2021
novembre
Patrick Taillandier et Stephane Couture (Séminaire interne Scidyn)
Nous présenterons la manière dont les incertitudes et les risques sont appréhendés dans certaines approches développées au sein de l’équipe SCIDYN. Plus précisément nous ciblerons deux approches, portant sur la modélisation et la simulation des comportements d’agents décisionnels, les Processus Décisionnels de Markov et la Simulation à base d’Agents. >>
Céline Bougel (visiteuse scientifique IMABS, INRAE) [présentiel]
Contexte : Les essais cliniques demeurent le gold standard pour évaluer l’efficacité d’un traitement, y compris dans le domaine de la prévention. Un essai non concluant se traduit souvent par l’absence d’effet du traitement, alors qu’une méthodologie non optimale peut être en cause. >>
octobre
Simon de Givry et Nathalie Rousse (Séminaire interne, équipe SaAB)
Nous montrons comment un problème d’optimisation sous contraintes peut se modéliser sous forme d’un réseau de fonctions de coûts. Après avoir introduit ce cadre de modélisation par rapport à d’autres cadres existants, nous prenons comme exemple le problème de conception d’un emploi du temps dans une université. >>
Charlotte Pelletier (IRISA, Université Bretagne Sud)
Time-series data, which are ordered sequences of numerical or symbolic values, are nowadays ubiquitous. They are growing in quantity and velocity as the number of sensors (weather stations, surgical robots, body sensors, and many more) increases. >>
Raphaël Mourad (IBCG, Université Toulouse 3 & Délégation INRAE MIAT)
Current deep learning methods, eg CNNs, for functional element prediction are aimed to be trained on one species (eg human) and to predict on the same species (eg human). This is a very strong limit of such model for annotating newly sequenced genomes. >>
septembre
Paul Terzian (Séminaire interne, plateforme Bioinformatique)
Les modifications de l’ADN et en particulier la méthylation des cytosines en 5mC sont un sujet d’étude important en épigénomique. En effet, il a été montré que cette modification pouvait avoir le rôle de marqueur épigénétique chez les animaux, c’est-à-dire avoir un rôle dans le contrôle de l’expression de gènes. >>
juillet
« Quantification automatique de métabolites dans un spectre RMN et application à la description de la maturité périnatale chez le porc »
Parmi les nombreuses données omiques qui décrivent le fonctionnement biologique d’un organisme, le métabolome suscite un intérêt croissant car il est plus proche des phénotypes d’intérêt et qu’il a donc avoir un potentiel important pour la recherche de \emph{biomarqueurs}. >>
juin
Nathalie Peyrard (Séminaire interne, équipe SciDyn)
Le cadre HSMM est une extension du cadre HMM, où les durées de séjour dans les états cachés sont modélisées explicitement.Je présenterailes travaux en cours dans SCIDyn sur le thème de l’inférence dans les HSMM avec des applications en croissance des plantes et en inférence de chemins migratoires chez les oiseaux, ainsi que le projet HSMM-INCA soumis cette année à l’ANR. >>
mai
Patrick Chabrier (équipe RECORD, séminaire interne)
L’équipe RECORD administre et développe le site web SIWAA pour l’analyse et la simulation de modèles dans le périmètre des agroécosystèmes. Ce site web repose sur le framework Galaxy qui est déployé à la fois sur des ressources informatiques INRAE et sur le mésocentre de l’université de Montpellier. >>
avril
Matthias Zytnicki et Andreea Dréau (équipe SAaB, Séminaire interne)
L’assemblage est le processus, complexe, de reconstruction de génomes. Lors du séminaire d’unité présenté par Clément Birbes, vous avez vu qu’il fait intervenir de nombreuses technologies, apportant chacune une information parcellaire, à assembler de façon à reconstruire l’intégralité du génome, qui dépasse, dans les cas d’intérêts, le milliard de nucléotides (les A, C, G, T du génome). >>
mars
Christophe Denis (LAMA, Université Paris-Est Marne-la-Vallée)
Motivated by an application to the clustering of milking kinetics of dairygoats, we propose in this talk a novel approach for functional data clustering. This issue is of growing interest in precision livestock farming that has been largely based on the development of data acquisition automation and on the development of interpretative tools to capitalize on high-throughput raw data and to generate benchmarks for phenotypic traits. >>
Vincent Rocher (CBI, Université Paul Sabatier)
G-Quadruplex (G4) are alternative DNA secondary structures composed of Guanine-rich DNA sequences which can form a four-stranded structure based on a simple strand, and let the second one free. These structures have been found initially on telomeres, but more recent studies found an enrichment of theses structures on promoters of active genes, and suggest an active role in transcription of these genes. >>
Clément Birbes (plateforme bio-info, Séminaire interne)
Résumé : Le projet Sequencage Occitanie Innovation (SeqOccIn) a pour but de développer davantage l’expertise bio-informatique et bio-statistique indispensable aux analyses en génomique, une source majeure d’innovation pour la recherche publique et pour les entreprises. >>
janvier
Luis-Felipe Vargas-Rojas (LEPSE, INRAE)
In recent years, plant phenomics has produced massive datasets involving experiments performed in the field and controlled conditions, concerning hundreds of genotypes at different scales of organisation. Taken together, these datasets are unprecedented resources for identifying and testing novel mechanisms and models (Tardieu et al. >>
Marko Bohanec et Sašo Džeroski (Jožef Stefan Institute, Ljubljana)
In the last decade, decision support and data mining approaches have become indispensable tools for researchers and practitioners in agronomy and related fields. Decision modelling is aimed at developing models, usually through collaboration of decision makers and experts, for suggesting and justifying solutions of the problem at hand. >>